FLI
Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.
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Doctorat en IRM quantitative-LTSI-Rennes
SCIENTIFIC ENVIRONMENT :
LTSI research lies at the interface of topics in the fields of information technology and health. Our researchers aim
at developing methodological, technological and clinical tools to improve interpretation of medical imaging results
or of clinical data in general and to provide decision support. The 'signal-model-image' core concept is the heart of
the LTSI investigations spreading over five teams inside the laboratory. This PhD project will be part of the CINETYKS
team.
The CINETYKS’ research project focuses on the dynamics of large-scale pathological brain networks, in two
neurological disorders: epilepsies and Parkinson’s disease. In both cases, our research aims at improving diagnosis
and therapy, and increasing pathophysiological knowledge. The proposed PhD will be mainly oriented towards
methodological aspects in the context of research on Parkinson's disease.
PhD TITLE :
Development of quantitative CEST and QSM MRI methods at 3 T in the context of Parkinson's disease.
PhD CONTEXT :
The therapeutic management of neurodegenerative diseases is a major public health issue. In recent years,
Parkinson's disease (PD) cases increased a lot, largely related to the aging of the population[1,2]. PD alters regions of
the cortex and basal ganglia, and is characterized not only by a set of motor symptoms, but also by many sensory,
emotional and/or cognitive symptoms. First impairments can begin up to twenty years before motor abnormalities
become detectable[3,4]. During this prodromal phase, several pathophysiological mechanisms are observed:
1/Abnormally high iron levels in the Substantia Nigra (SN) leading to the alteration of dopaminergic neurons[5].
Iron has an essential neurophysiological role but its abnormal accumulation can cause a cascade of oxidative
reactions and neurotoxicity leading to apoptosis of neurons; 2/Accumulation of α-synuclein proteins in neurons
leading to progressive cell death that first affects dopaminergic circuits and then gradually spreads to connected
areas of the cortex, inducing subtle changes in the brain connectivity[6] and leading to a set of patient-specific
motor and/or non-motor symptoms. Some patients will then progress to cognitive decline, which is a contraindication
to deep brain stimulation (DBS) while this surgery remains very effective for properly selected patients.
The search for quantitative and predictive neuromarkers from neuroimaging could improve the early diagnosis
and stratification of patients based on the severity of cognitive decline and thus the identification of "good" and
"bad" candidates for DBS.
PhD OBJECTIVES :
QSM MRI (Quantitative Susceptibility Mapping) quantitatively characterizes the accumulation of iron in tissues[7].
Several studies have shown a significant increase in QSM values in SN in the early stages of PD compared to control
groups, as well as the possibility of differentiating patient groups according to PD stages[8]. CEST MRI (Chemical
Exchange Saturation Transfer) quantitatively characterizes the proportions of different macromolecules,
peptides and circulating proteins by accessing specific chemical groups according to the frequencies used.
APT-CEST (Amine Proton Transfer) MRI acquisitions have targeted the accumulation of α-synuclein proteins in
clinical applications in PD[9,10]. These innovative methods of quantitative neuroimaging are of great interest
compared to standard methods (T1, T2, diffusion) and represent a major advancement in clinical research,
particularly on neurodegenerative pathologies such as PD. These methodological developments will allow us to
acquire clinical data at the state of the art of what is currently disseminated in the scientific community.
Our objective is therefore to develop at 3 T these two innovative quantitative MRI methods, as well as complete
data processing protocols. The clinical application of such quantitative methods requires a significant work on the
acquisition protocol (sequence design, optimization of acquisition parameters) as well as on the image processing
methods in order to extract quantitative information related to targeted pathophysiological changes. A first phase
will be carried out and validated using data acquired on healthy volunteers (3 T MRI, Neurinfo Platform, Rennes)
and specific samples (1.5 T to 7 T MRI, PRISM Platform, Rennes and Angers). This work will represent a preliminary
step before the acquisition at 3 T of QSM and CEST MRI data on a cohort of PD patients as part of a larger study
including multimodal data (MRI, High Resolution-EEG, PET and clinical scores).
REFERENCES :
[1] ER. Dorsey et al. JAMA Neurol (2018). 75:9-10.
[2] A. Kilzheimer et al. Front Neurol (2019). 10:1328.
[3] LV. Kalia et al. Lancet (2015). 386:896-912.
[4] P. Mahlknecht et al. J Park Dis (2015). 5:681-97.
[5] N. Tambasco et al. Neurobiol Aging (2019). 80:91-8
[6] L. Gan et al. Nat Neurosciences (2018). 21:1300-9.
[7] X. Guan et al. NMR Biomed (2017). 30:e3489.
[8] GEC. Thomas et al. J Neurol Neurosurg Psychiatry (2020). 91:418-25
[9] J. Zhou et al. J Magn Reson Imaging (2019). 50:347-64.
[10] C. Li et al. Frontiers Neurosc (2017). 11:489.
Manipula-teur/trice en IRM
Ainsi, la collaboration avec Canon Japon a permis d’installer un équipement IRM 3T dans l’Institut de Bio-Imagerie. Cette collaboration a débuté en 2017 et doit se poursuivre au moins jusqu'à fin 2023. Elle a pour objectif de contribuer au développement de cet équipement IRM 3T avec les équipes du CHU, du l’Université, du CNRS… toutes équipes qui souhaitent participer à cette aventure.
C’est pour travailler sur cet équipement et au sein de cette collaboration que nous sommes à la recherche d'un(e) manipula-teur/trice IRM - des connaissances en recherche clinique seraient un plus. Il/elle travaille 7h30 par jour du lundi au vendredi sous la responsabilité du directeur de l’Institut de Bio-Imagerie et en partenariat avec différentes équipes aussi bien du CHU, du CNRS que de l’Université.
Son contrat d’ingénieur d’études est un CDD avec l’Université de Bordeaux. Le poste mêle travail de manipula-teur/trice et travail de gestionnaire de l’IRM. En effet, le/la manipula-teur/trice gère l’activité de l’IRM et son environnement matériel.
Ingénieur de Recherche en imagerie multimodale préclinique
Activités principales :
· Etudier les besoins en relation avec les objectifs de recherche, évaluer et proposer des stratégies d’étude et méthodes de caractérisation ou d'observations adaptées
· Discuter de cahier des charges fonctionnelles avec les utilisateurs et rédiger le cahier des charges techniques des projets d’imagerie
· Organiser le suivi de la réalisation des projets d’imagerie, valider et qualifier la ou les méthodologies à mettre en oeuvre aux différentes étapes de réalisation (revues de projets)
· Conduire la consultation pour la réalisation du projet expérimental en imagerie du petit
Savoir-faire:
· Maîtriser les techniques et méthodes de l’IRM, définir et optimiser le protocole IRM en
fonction des exigences scientifiques d’un projet.
· Maitrise des techniques de bases d’expérimentation sur le petit animal (préhension,
administration de substances)
· Piloter un projet
· Utiliser les logiciels spécifiques au domaine (programmation C++, Paravision 6, Pmod)
· Animer une réunion
· Conduire une négociation
· Appliquer les procédures d’assurance qualité
· Appliquer les règles d’hygiène et de sécurité
· Gérer un budget
· Appliquer la réglementation des marchés publics
· Assurer une veille technologique et scientifique animal
· Piloter la réalisation des mesures, les interpréter et les valider
· Gérer l'ensemble des moyens humains, matériels et financiers alloués aux expériences
· Assurer la gestion, le maintien opérationnel des systèmes et le développement de l'imagerie du petit animal dans l’unité (IRM et microTEP/CT prioritairement)
· Former, informer, conseiller, sur les principes et la mise en oeuvre des dispositifs expérimentaux
· Exercer une veille sur les évolutions technologiques du domaine
· Assurer la sécurité de fonctionnement du système
· Gérer en discussion avec la responsable de service l’ensemble des ressources humaines, techniques et financières allouées au service
· Présenter, diffuser et valoriser les résultats expérimentaux
Aptitudes :
· Capacité de conceptualisation
· Sens critique
· Sens de l’organisation
· Rigueur
· Communication
Activités associées:
· Participer à la gestion du service d’exploration non invasive du CREFRE en prenant part
activement au maintien de son système documentaire qualité
· Assurer la surveillance du bien-être animal dans le cadre des protocoles d’imager
Spécificité(s) /Contrainte(s) du poste :
Expérimentation sur le petit animal
Manipulation de sources radioactives non scellées, scellées et générateurs de rayons X
Travail en environnement confiné
Horaires flexibles selon les contraintes du service
Astreintes weekends possibles
Expérience souhaitée :
· Expérience antérieure sur IRM préclinique Bruker (stage pratique a minima)
Ultrasound R&D Engineer
- Ensure the active transfer of technologies and know-how related to ultrasounds from public research partners for
the COMPANY benefit..
- Participate in the definition, management, control, and evaluation of R&D projects, related to ultrasound for therapy
and imaging, under his/her responsibility, as well as their technical implementation in line with timelines and
allocated resources, and report to the Hardware Manager.
- Write, update and organize review of requirements specification for the MD.
- Identify and solicit potential public and private partners within the context of COMPANY’s R&D project.
- Participate in the coordination of collaborative research program of the COMPANY.
- Develop close relationship with scientific community.
- Ensure scientific representation of the COMPANY to the Academic and industrial laboratories.
- Participate in defining in vitro and in vivo experimental protocols..
- Participate in writing application patent for the COMPANY, in collaboration with external patent office.
- Participate in writing scientific papers and articles.
- Integrate regulatory requirements in the COMPANY’ R&D research programs.
- Supervise the work of technical and technological suppliers in collaboration with the Hardware Manager and the
Head(s) of R&D and Manufacturing Department(s).
Assist the Hardware Manager and the Head(s) of R&D and Manufacturing Department(s) in the technical
development, the manufacturing and the industrialization of the MD.
- Participate in implementing, maintaining and improving the COMPANY’s Quality Management System (QMS)
- Participate in establishing technical documentation, in collaboration with the Quality and Regulatory affairs
departments.
- Attend national and international scientific congresses.
- Perform documentary and bibliographic researches.
- Ensure scientific surveillance.
Ingénieur R&D Ultrasons
- Assurer le transfert actif de technologies et de savoir-faire en matière d’ultrasons d’organismes de recherche publique au profit de la SOCIETE.
- Participe à la définition, gestion, contrôle et évaluation des projets de recherche et de développement, liés aux ultrasons de thérapie et d’imagerie,
confiés sous sa responsabilité, ainsi que la mise en œuvre technique correspondante, dans le respect des délais et moyens alloués, et rendre compte
- auprès du Responsable Hardware de la SOCIETE.
- Rédige, mets à jour et organise la revue des spécifications d’exigences des DM..
- Identifier et solliciter des partenaires potentiels publics et privés dans le cadre des projets de recherche et de développement de la SOCIETE..
- Participer à la coordination des programmes de recherche collaborative de la SOCIETE.
- Développer des relations étroites avec la communauté scientifique.
- Assurer la représentation scientifique de la SOCIETE auprès des laboratoires académiques et industriels.
- Participer à la définition des protocoles expérimentaux in vitro et in vivo.
- Participer à la rédaction des demandes de brevets de la SOCIETE en étroite collaboration avec les conseils en propriété industrielle de la SOCIETE.
- Participer à la rédaction des articles et publications scientifiques.
- Intégrer les contraintes réglementaires dans les programmes de recherche et de développement de la SOCIETE.
- Superviser le travail des prestataires techniques et technologiques en collaboration avec le Responsable Hardware et le(s) Chef(s) du(des)
Département(s) Recherche & Développement et Fabrication.
- Assister le Responsable Hardware et le(s) Chef(s) du(des) Département(s) Recherche & Développement et Fabrication dans le développement
technique, la fabrication et l’industrialisation des DM.
- Participer à la mise en place, au maintien et à l’amélioration du système de management de la qualité (SMQ) ;
- Participer à la rédaction des dossiers réglementaires, en collaboration avec les départements Qualité & Affaires Réglementaires.
- Participer à des salons et colloques scientifiques nationaux et internationaux.
- Effectuer des recherches documentaires et bibliographiques.
- Assurer la veille scientifique.
Post-doctoral research fellowship in aortic 3D/4D MRI – Sorbonne Université, Paris
The candidate will work on the EIT Health-funded CMRAI project related aiming at investigating the added value of advanced MRI image acquisition and processing in better characterizing and predicting aortic aneurysms.
The applicant will work in a multidisciplinary environment interacting with researchers and radiologists, as well as with two research engineers currently hired within the CMRAI project to design an integrative and accelerated software from our previous developments in aortic MRI quantitative flow and geometry imaging, in collaboration with the Imageens spin-off.
MRI will include high-resolution 3D angiograms and optimized 4D flow datasets, and image processing will focus on volumetric morphology quantification and the extraction of flow-based parameters to better understand hemodynamics-geometry interactions.
The postdoctoral fellow will be responsible of: protocol optimization on a Siemens Sola1.5T MRI scanner, data acquisition and collection, image processing using existing inhouse Matlab processing tools to extract aortic quantitative biomarkers, validation of the newly proposed software features, statistical analyses, drafting documents to submit to the local ethics committee for clinical studies, preparing manuscripts for peer-reviewed journals and communication documents for the CMRAI project, mentoring students, interacting with collaborators and presenting at conferences.
CDD ingénieur en développement de logiciels scientifiques
1) effectuer une revue de synthèse de l’architecture des logicielsAorte 4D et Mimosa et en réaliser les schémas blocs
2) réaliser le portage du code existant sur cette nouvelle librairie
3) interagir régulièrement avec Imageens pour assurer le transfert des codes traduits vers leur plateforme logicielle.
Activités principales :
• Documenter et schématiser les différents blocs logiciels
• Réaliser une cartographie du code pour permettre un partage optimal des tâches
• Définir les librairies Python à mettre en correspondance avec les librairies Matlab du code existant
• Porter le code Matlab existant en Python
• Aider à réaliser les tests unitaires nécessaires pour la certification CE et les tests de comparaison aux résultats issus du code existant
• Rédiger la documentation technique des codes développés
Contrat de 1 an, potentiellement renouvelable 1 an
PhD position in Self-Supervised Learning for Anomaly Detection in Medical Neuroimaging
Scientific context
The vast majority of deep learning architectures for medical image analysis are based on supervised models requiring the
collection of large datasets of annotated examples. Building such annotated datasets, which requires skilled medical experts,
is time consuming and hardly achievable, especially for some specific tasks, including the detection of small and subtle lesions
that are sometimes impossible to visually detect and thus manually outline. This critical aspect significantly impairs
performances of supervised models and hampers their deployment in clinical neuroimaging applications, especially for brain
pathologies that require the detection of small size lesions (e.g. multiple sclerosis, microbleeds) or subtle structural or
morphological changes (e.g. Parkinson disease).
OBJECTIVE AND RESEARCH PROGRAM :
To solve this challenging issue, the objective of this thesis is to develop and evaluate deep self-supervised detection and
segmentation approaches whose training does not require any fine semantic annotations of the anomalies localization. We will
explore different categories of self-supervised methods, including: novel unsupervised auto-encoder based anomaly detection
models leveraging on the recent developments in visual transformers blocks (ViT) or vector quantized variational autoencoders
(VQ-VAE), scalability of Gaussian mixture models as well as weakly supervised models based on scarce annotations.
Key words: Machine learning, Deep Learning; Multidimensional data, Segmentation, Neuroimaging, Self-supervised learning,
Anomaly detection, Unsupervised representation learning
Starting date: Autumn 2022
How to apply: Send an email directly to three supervisors with your CV and persons to contact. Interviews of the selected
applicants will be done on an ongoing basis. Applications will be accepted up to the 30st of June.
CDD Responsable Qualité Inter Plateformes Imagerie Grenoble
CONTEXTE ET STRUCTURE
Le nœud grenoblois de l’infrastructure France Life Imaging est constitué de 6 plateformes associées à 6 laboratoires de recherche. Le nœud de Grenoble offre l’accès à un large panel d’outils de haute technologie pour toutes les modalités d’imagerie de la préclinique à la clinique (notamment imagerie optique, US, TEMP et TEP nucléaires, IRM, Spectroscopie RMN, CT et neurophysiologie). Ce nœud met à disposition des méthodologies spécialisées pour l’homme et l’animal.
A FLI-Grenoble, la recherche méthodologique porte sur (i) les nouveaux équipements optiques, l’imagerie par rayons X et les détecteurs nucléaires, (ii) les nouveaux agents d’imagerie pour la clinique, (iii) les développements méthodologiques en microscopie intra-vitale, en neurophysiologie et (iv), imagerie de perfusion par IRM. La combinaison de ces expertises scientifiques, technologiques et appliquées permet une cohérence à plus grande échelle en imagerie multimodale intégrée pour les nouvelles solutions d’imagerie moléculaire in vivo.
Le nœud comporte 5 plates-formes d’imagerie principales :
- Imagerie optique : Optimal
- Imagerie nucléaire et US : GAIA
- IRM : IRMaGe
- Microscopie optique intravitale linéaire/non-linéaire et photo-acoustique : MIV
- Neurophysiologie, EEG, TMS : https://irmage.univ-grenoble-alpes.fr/equipements/eeg-0
Le poste est au service de l’ensemble des plateformes du nœud.
MISSIONS PRINCIPALES
- Dans le cadre d’un projet financé par l’infrastructure France Life Imaging (FLI), les plateformes grenobloises souhaitent mettre en qualité, rédiger et assurer la mise en œuvre de leurs différents processus de fonctionnement, afin d’aboutir à une certification au niveau national. Le projet prévoit le recrutement d’un ingénieur de recherche sur 34 mois.
- Définir, organiser et mettre en œuvre, les différents processus garantissant la qualité de l’activité de recherche sur les plateformes, contrôler la mise en place de ces processus afin de permettre la certification des plateformes au niveau national.
CDI Technicien.ne cyclotroniste au centre CEA/MIRCen
Vous êtes chargé de piloter le cyclotron pour produire et transférer les radioisotopes à vie brèves (carbone-11/fluor-18) vers le laboratoire de radiochimie. Vous assurez également la maintenance de premier niveau du cyclotron et des automates de sécurité de l’installation destinés à sécuriser l’accès à la casemate où se trouve le cyclotron, sécuriser l’autorisation de générer un tir, et sécuriser celle de réaliser le transfert des radioisotopes produits vers les enceintes de radiochimie. Ces activités impliquent notamment de réaliser des tests techniques, d’approvisionner l’installation en pièces détachées, de gérer des contrats de maintenance et les relations avec les fabricants. Vous gérez enfin la surveillance des contrôles radiologiques de l’installation en lien avec le service de protection radiologique. Vous participez à la mise en place d'un système documentaire et participez à la gestion des contrôles réglementaires.