FLI
Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.
Liste des annonces
Ingénieur pédagogique imagerie et Physique médicale CDD
L’Ingénieur pédagogique imagerie et Physique médicale (H / F) exercera ses missions au sein du LabEx Primes sous la responsabilité hiérarchique de Thomas Grenier et Bruno Montcel.
Organisation du travail : 37h par semaine (temps complet)
Deux lieux de travail sur le campus de la Doua à Villeurbanne:
- Bâtiment Gustave Ferrié, département de Génie Electrique de l'INSA Lyon
- Laboratoire Creatis, Bâtiment Léonard de Vinci.
Missions principales :
La personne recrutée travaillera en interaction avec les responsables de la plateforme pédagogique et avec les chercheurs du LabEx Primes. Elle développera et pérennisera les différentes modalités d’imagerie médicale (IRM, Ultrason, imagerie ionisante, Optique) présentes sur la plateforme. Elle développera les contenus pédagogiques en lien avec les enseignants du LabEx. Elle développera notamment des outils pédagogiques innovants (MOOC…) en lien avec le service d’innovation pédagogique de L’INSA Lyon. Ses missions comprendront notamment :
- Centralisation et bilan de l'existant de la plateforme pédagogique (matériel, logiciel, supports pédagogiques,…), proposition d'évolutions et transfert vers la nouvelle plateforme pédagogique numérique,
- Aide pour les responsables de plateforme pour les échanges liés aux commandes et la mise en fonctionnement du matériel,
- Appui à la création des nouveaux TP et des supports pédagogiques,
- Communications sur la plateforme et son animation,
- Étude d’enseignements à distance et leur mise en œuvre pour les TP,
- Interaction avec la cellule d’innovation pédagogique ATENA (en charge de la pédagogie "avancée" à INSA) et proposition de supports orientés MOOC ou à formation à distance.
CONDITIONS :
Le salaire sera fixé selon l’expérience de la ou du candidat.e, sur la base de la grille de rémunération en vigueur à l’Université de Lyon, entre l’INM 405 et 597 (entre 23k€ et 34k€ brut annuel). L’employeur prend en charge 50% du coût d’un abonnement aux transports publics dans la limite de 86,16 € par mois (tarif en vigueur au 1er janvier 2019), ainsi qu’une participation forfaitaire de 15 € aux frais des cotisations de protection sociale complémentaire destinées à couvrir les frais de santé.
CDD, Catégorie : A, Corps : IE, Durée de 12 mois prise de fonction au plus tôt
Ingénieur·e d’études en traitement et analyse d’images et de signaux en neurosciences
Missions principales :
Sous l'encadrement du Responsable du service "analyse et traitement d’images" à IRMaGe, vous aurez pour missions de :
- Guider les utilisateurs dans la conception puis dans la mise en œuvre de pipelines de traitement de données IRM (priorité 1) et/ou EEG (priorité 2) à l’état de l’art et adaptées aux hypothèses de recherche des projets ;
- Contribuer au développement et à la mutualisation d’outils ou pipelines développés par les utilisateurs pour faciliter la gestion et l’analyse d’images IRM et/ou de signaux EEG ;
- Participer au contrôle qualité sur les données acquises sur les équipements d’IRMaGe.
Activités principales :
Au sein de UMS IRMaGe :
- Définir et paramétrer des « pipelines » de traitement de référence en IRM (notamment IRM fonctionnelle d’activation et de repos, morphométrie IRM, IRM de diffusion et de connectivité, IRM de perfusion, Spectroscopie IRM) et/ou d’analyse de signaux en EEG (localisation de sources, DCM, potentiels évoqués, analyses temps-fréquences, etc.) ;
- Contribuer à la formation de chercheurs (e.g., formation dans les laboratoires, sur la plateforme IRMaGe) et d’étudiants UGA (e.g., à travers des interventions en Master 2) ;
- Assurer une veille scientifique et technologique sur les méthodes d’analyses, les enjeux de recherche et les outils logiciels disponibles, utiles à la plate-forme et à ses utilisateurs ;
- Intégrer certains « pipelines » de traitement identifiés dans un environnement permettant l’intégration multi-logiciels en rendant l’usage abordable par d’autres utilisateurs ;
- S'impliquer scientifiquement dans l’analyse des données en fonction des demandes des utilisateurs ;
- Participer à des tâches d’intérêt collectif sur la plateforme IRMaGe.
*Des déplacements dans les laboratoires utilisateurs, ainsi que pour des conférences, formations sont à prévoir. Des déplacements occasionnels à l'étranger sont à envisager.
Lien de l'annonce : https://emploi.univ-grenoble-alpes.fr/offres/ingenieur-e-d-etudes-en-traitement-et-analyse-d-images-et-de-signaux-en-neurosciences-1134734.kjsp?RH=1135797159702996
Type de recrutement : Poste ouvert en CDD
Quotité de travail : 100%
Niveau d'emploi : A
Durée du contrat : Du 03 octobre 2022 au 02 octobre 2023
OFFRE EMPLOI STAGE M2 – 6 MOIS – IMAGERIE TEP
Le cycle de vie des cellules tumorales est régi par des protéines dérégulées comme p53, FAK ou SK1 qui sont surexprimées ou inactivées dans un grand nombre de cancers et qui sont facteurs de mauvais pronostic. La tomographie par émission de positrons (TEP) est une technique d’imagerie moléculaire extrêmement sensible qui permettrait, grâce au développement de radiotraceurs marqués au fluor-18, de réaliser à la fois une imagerie pronostique et un suivi thérapeutique de ces cancers.
Les objectifs de ce stage à caractère multidisciplinaire seront :
de réaliser la synthèse multi-étapes de plusieurs composés fluorés originaux ainsi que les précurseurs de marquage associés pour les différentes cibles mentionnées
de radiomarquer les composés au fluor-18 et d’automatiser les procédés
de s’impliquer dans l’imagerie TEP préclinique des radiotraceurs synthétisés
CDD Ingénieur-e de recherche en imagerie multimodale préclinique
Le poste poste à pourvoir est un CDD "agents contractuels / Catégorie A / Corps : IR - ingénieur de recherche / Emploi-Type : C1B42 - - Expert-e en développement d’expérimentation "
Mission principale : La personne recrutée aura pour mission d’assurer la conception et l’adaptation de protocoles expérimentaux mettant en ouvre l’IRM et le microTEP/CT.
Activités principales :
Etudier les besoins en relation avec les objectifs de recherche, évaluer et proposer des stratégies d’étude et méthodes de caractérisation ou d'observations adaptées
Discuter de cahier des charges fonctionnelles avec les utilisateurs et rédiger le cahier des charges techniques des projets d’imagerie
Organiser le suivi de la réalisation des projets d’imagerie, valider et qualifier la ou les méthodologies à mettre en œuvre aux différentes étapes de réalisation (revues de projets)
Conduire la consultation pour la réalisation du projet expérimental en imagerie du petit animal
Piloter la réalisation des mesures, les interpréter et les valider
Gérer l'ensemble des moyens humains, matériels et financiers alloués aux expériences
Assurer la gestion, le maintien opérationnel des systèmes et le développement de
l'imagerie du petit animal dans l’unité (IRM et microTEP/CT prioritairement)
Former, informer, conseiller, sur les principes et la mise en œuvre des dispositifs expérimentaux
Exercer une veille sur les évolutions technologiques du domaine
Assurer la sécurité de fonctionnement du système
Gérer en discussion avec la responsable de service l’ensemble des ressources humaines, techniques et financières allouées au service
Présenter, diffuser et valoriser les résultats expérimentaux
Participer à la gestion du service d’exploration non invasive du CREFRE en prenant part activement au maintien de son système documentaire qualité
Assurer la surveillance du bien-être animal dans le cadre des protocoles d’imagerie
Spécificité(s) et environnement du poste :
Expérimentation sur le petit animal
Manipulation de sources radioactives non scellées, scellées et générateurs de rayons X
Travail en environnement confiné
Horaires flexibles selon les contraintes du service
Astreintes weekends possibles
Prise de fonction Novembre 2022 d'une durée 12 mois / Temps plein 38.30 heures .
Avantages :
32 jours de Congés Annuels et 13 jours de RTT
Restauration collective subventionnée sur place
Comité d'action et entraide sociale (prestations sociales, culturelles, sportives)
Transports publics remboursés partiellement
Pour plus d'informations :
Sur l’Inserm : https://www.inserm.fr/ ; site RH : https://rh.inserm.fr/Pages/default.aspx
Sur la politique handicap de l’Inserm et sur la mise en place d’aménagements de poste de travail, contactez la Mission Handicap : emploi.handicap@inserm.fr
Chef-fe de projet imagerie-OFSEP
MISSIONS DU/DE LA CHEF-FE DE PROJET
(1) Mettre en place le transfert des IRM au sein des centres participants :
- Participer à l’installation du logiciel ShanoirUploader en lien avec les services informatiques des centres
- Rédiger les guides utilisateurs et former les utilisateurs à l’utilisation du logiciel
- Administrer la plateforme de stockage Shanoir
(2) Assurer le contrôle qualité des images collectées : identification des images, respect des paramètres d’acquisition, etc.
(3) Participer à la conception et à l’amélioration des outils de l’OFSEP (logiciels de transfert et de stockagedes IRM développés par l’équipe Empenn (Inria) de Rennes : ShanoirUploader et Shanoir ;Plateforme OFSEP : (viewer et post-traitement):
- Recueillir et évaluer les besoins des utilisateurs (fonctionnalité, corrections…)
- Rédiger les cahiers des charges des besoins identifiés
- Participer aux tests des versions livrées
- Effectuer la recette des évolutions et corrections
(4) Participer au pilotage du groupe de travail imagerie :
- Organiser les réunions de suivi
- Suivre les actions et décisions et veiller à tenir les délais
- Assurer le lien entre le groupe imagerie et le CCN et rendre compte aux instances de gouvernance de l’OFSEP
(5) Participer à la démarche qualité de l’OFSEP
POSITIONNEMENT DU POSTE
Le/La chef-fe de projet imagerie est membre du CCN. Il/elle travaille sous la responsabilité directe du Responsable Cohorte et en collaboration avec le reste de l’équipe du CCN (chefs de projets, data-manager…), l’équipe Inria membre du groupe de travail et le Responsable du groupe de travail imagerie de l’OFSEP (Pr François Cotton).
Post-doctoral position on Multimodal Machine Learning for PET/CT and PET/MRI Image Reconstruction
Contexte et mission :
Positron Emission Tomography (PET) is a medical imaging modality that measures in vivo biochemical processes that play a key role in the onset and progression of a disease. Main applications of PET are oncology, neurology and cardiology. PET is a functional modality and is always associated with a complementary anatomical modality such as X-ray Computed Tomography (CT) and Magnetic Resonance Imaging (MRI). PET images are obtained by tomographic reconstruction, which is the task of estimating an image from measurement data collected by the acquisition system. PET reconstruction is an ill-posed inverse problem and poor Signal-to-Noise Ratio (SNR) in the collected data translates into degraded image quality. While shorter acquisitions and low-dose are preferable due to time constraints and patient exposure to radiations, they result in lower SNR. The challenge of image reconstruction is therefore to reconstruct an image from a short/low-dose acquisition with acceptable noise.
Recent machine learning techniques for PET reconstruction have pushed towards less noise [1]. They offer the possibility to reduce the patient dose and the acquisition time without degrading the image quality. These techniques are in their infancy and their utilization mostly limited to single modality images. Multimodal machine learning (MML) aims at buildings models that can process and relate information from multiple modalities.
In the MultiRecon project we develop new machine learning reconstruction techniques for PET/CT and PET/MRI multimodal imaging systems. The hypothesis is that combining the raw data from different modalities with machine learning and deep learning based models can further reduce the noise and improve the image quality. More specifically, the candidate will:
• Contribute to the development of new optimization algorithms for multimodal machine learning image reconstruction;
• Integrate these optimization algorithms in the open-source CASToR reconstruction platform [2];
• Apply and evaluate these techniques to PET/CT and PET/MRI data acquired by the project partners.
Post-doctorat Agent d’imagerie TEP /TEMP
We are looking for a highly motivated candidate for a 12-months, full-time postdoctoral position. A solid background in the field of neurobiology and cerebral imaging is expected. Knowledge in the field of nuclear imaging will be appreciated. This project will include in vitro as well in vivo experimentation.
The "Radiopharmaceutiques Biocliniques" laboratory is a research unit of the French National Health Institute (INSERM UMRS_1039). The objectives of this unit are to develop new radiopharmaceuticals for resolving commonly encountered clinical problems in the setting of diagnostic, prognostic or therapeutic strategies. The different research fields of the laboratory are cardiology, metabolism, oncology and neurodegenerative pathologies (https://lrb.univ-grenoble-alpes.fr).
Screening of applications will begin on September 2022 the 1st and position will remain open until filled. Please email your detailed CV including publication list with copies of the most relevant ones, and the names/contact information of two individuals/supervisors who can provide a detailed account of your accomplishments and abilities.
Team : Neurodegenerative Diseases
AAPG ANR 2020 - PRC 30 mois CE17 - Recherche translationnelle en santé. LINOTTE Ligand pour l'Imagerie Nucléaire des Oligomères de la protéine Tau Ligands for Nuclear Imaging of Tau protein Oligomers
CDD Ingénieur de recherche en neuroimagerie
La plateforme CATI (Centre pour l’Acquisition et le Traitement des Images), dédiée à l’harmonisation et à l’analyse des données de neuroimagerie dans le cadre de projets multicentriques de recherche clinique, a été créée début 2011 dans le cadre du plan Alzheimer. Le démarrage de cette plateforme s’est appuyé sur une grande variété d’expertises provenant de plusieurs équipes de recherche, à Neurospin (CEA, INRIA), à l’Institut du Cerveau (ICM - CNRS, SU, ICM, INRIA) et au Laboratoire d’Imagerie Biomédicale (LIB - SU, Inserm, CNRS). Elle s’appuie aujourd’hui sur un réseau national d’une soixantaine de services d’imagerie (IRM, TEP et TEMP) auquel s’ajoutent une dizaine de centres à l’étranger. Une trentaine de projets de recherche font aujourd’hui appel à ses services, qui s’étendent du design et l’implémentation de protocoles d’acquisition jusqu’à la mise à disposition des données acquises et des résultats d’analyses sur un serveur web sécurisé. Les acquisitions réalisées dans le cadre des projets de recherche sont collectées grâce à une solution sécurisée pour être analysées de manière centralisée à l’ICM, Neurospin et au LIB. Ces analyses sont effectuées avec un niveau de qualité élevé grâce à une organisation systématisée de leur production à partir de logiciels de référence, dont certains ont initialement été conçus au sein des équipes de recherche à l’origine du CATI.
Un poste de chef de projet en CDD est à pourvoir à Paris à l’ICM au sein de l’équipe CATI. Le/la candidat/e sera chargé/e des missions suivantes :
Activités en gestion de projet “production” :
● Coordonner la planification des traitements d’image selon les contraintes des études.
● Coordonner l’intégration des données collectées et des résultats des analyses dans le flux interne CATI en assurant leur cohérence.
● Coordonner la réalisation des missions du CATI pour certaines études (suivi des traitements, communication, cohérence des données, mise à disposition…).
● Participer à la rédaction et/ou maintenance des procédures liées à la production (analyses et leur contrôle qualité, flux interne et mise à disposition).
● Participer à l’identification de nouveaux besoins selon les demandes utilisateurs et aux discussions avec les utilisateurs lors de la définition des besoins.
Activités en production :
● Participer au contrôle qualité des données de neuroimagerie (IRM et/ou TEP/TEMP) collectées dans la plateforme logicielle dédiée.
● Prendre en charge la réalisation des traitements et leur contrôle qualité dans l’environnement logiciel unifié.
Activités en R&D :
● Assurer le fonctionnement et la validité des chaînes de traitements et participer à leur amélioration éventuelle ; coordonner le passage en production de ces améliorations.
● Participer au développement de nouvelles approches de contrôle qualité (données ou résultats) dans l’environnement CATI et à leur validation.
● Participer à la veille bibliographique sur les méthodes d’analyses implémentées ou à ajouter à l’offre CATI, et éventuellement participer à leur implémentation dans l’environnement unifié du CATI.
● Mener des missions d’analyse et de suivi global de la qualité des données et des résultats de certaines chaînes de traitements.
Aspects pratiques
● Des déplacements réguliers à Neurospin (91) sont à envisager.
● Un jour de télétravail hebdomadaire peut être envisagé.
● CDD de 12 mois, renouvelable, salaire selon expérience.
CDD – INGENIEUR CHIMIE ORGANIQUE – RADIOCHIMIE CEA BIOMAPS
Radiomarquages d’anticorps au zirconium-89 pour l’imagerie TEP des réservoirs du VIH.
L’amélioration perpétuelle des thérapies antirétrovirales combinatoires fait aujourd’hui de la rémission
du virus de l’immunodéficience humaine (VIH) une réalité proche. Afin de pouvoir développer les
thérapies du futur, la compréhension des interactions virus/hôte/médicaments et la détermination de la
biodistribution des foyers viraux résistants restent des défis à relever. Dans ce contexte, la tomographie
par émission de positons (TEP) est une technique d’imagerie moléculaire qui permet, grâce à l’utilisation
d’une molécule radioactive appelée radiotraceur, de visualiser des phénomènes biologiques de manière
extrêmement sensible. Les anticorps et leurs fragments (Fab) sont des macromolécules hautement
spécifiques de leur cible et sont donc des vecteurs de choix pour l’imagerie TEP de biomarqueurs du
VIH. Compte-tenu de leur demi-vie biologique longue (plusieurs jours), le zirconium-89 (t1/2 = 78h) est
l’émetteur de positions le plus adapté pour radiomarquer ces anticorps. L’imagerie TEP utilisant des
anticorps (ou Fab) radiomarqués au zirconium-89 permettra alors de détecter les foyers viraux résiduels
post-traitement afin d’accompagner le développement de nouvelles thérapies. Ces nouveaux
radiotraceurs seront dans un premier temps testés en imagerie préclinique avant un transfert à l’Humain.
Les objectifs de ce poste d’ingénieur en CDD sont donc :
de réaliser la fonctionnalisation d’anticorps (ou Fab) avec des complexants du zirconium
de réaliser le radiomarquage de ces anticorps fonctionnalisés avec du 89Zr ainsi que leur contrôle
qualité
de participer à la mise en place de l’imagerie TEP préclinique avec les outils développés
Profil du candidat :
Ingénieur (ou Master 2) en chimie organique,
Une spécialisation en biochimie et des compétences en bioconjuguaison seraient appréciées
Une appétence pour les projets translationnels et une capacité à travailler en autonomie dans un
environnement hautement collaboratif seront demandées
Recrutement prévu pour Janvier 2023. Contrat de 12 mois.
Post-Doc position (organic chemistry and photophysics) – ICMUB – Dijon
The candidate will be recruited by the Université de Bourgogne and his/her research will be conducted within the context of an European project named "CoDaFlight" and led by a cross-disciplinary consortium (electronic and biomedical-engineers, physicists, chemists, medical scientists, and clinicians). The primary goal of this project is to develop a cutting-edge approach for multi-domain fluorescence imaging based on lifetime measurements , to address challenges in medical diagnosis.
Specifically, the aim of the post-doc work is to design, synthesize and perform structural optimization of emerging/promising classes of NIR-emissive organic-based fluorophores, especially derived from those developed in our group (Bodipys or aza-Bodipys , diketopyrrolopyrroles (DPPs) ), that will be used as lifetime-tunable fluorescent contrast agents. Ability of these novel fluorescent markers to act as effective biolabeling reagents and/or valuable scaffolds for the construction of bioanalyte-responsive fluorogenic probes, will also be explored.
Candidate profile :
Ph.D. in organic chemistry with a good theoretical and practical knowledge in photophysics, truly interested in organic synthesis and analytical chemistry, in particular the chromatographic techniques (semi-preparative HPLC, HPLC-MS, ...) and advanced spectroscopic techniques (steady-state and time-resolved fluorescence, ...). Rigor and care in the experimental work (small scale syntheses, handling of high added-value compounds, ...), proactive attitude towards problem solving and scientific watch, acute sense of ethics and organization, and good drafting/communication skills are required. A first meaningful research experience in chemistry and photophysics of fluorophores and/or "smart" fluorescent probes, may be a valuable asset but not mandatory.
Application documents : detailed CV (+ 2-3 references), a brief summary of research works and a detailed covering letter.
Please visit website of the analytical platform PACSMUB :
http://wpcm.fr/index.php?page=presentation-generale