FLI
Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.
Liste des annonces
2016/09/19 Chef de projet pour le réseau REMI
CDD 1 an temps plein. Démarrage au plus tard au 1/1/2017
Le chef de projet aura pour mission d'aider à la mise en place de ce réseau académique d'entraide, que ce soit sur les aspects outils, organisation ou communication.
• Soutien à la création d’un réseau IRM académique d’entraide
• Animation du réseau et des relations externes
• Suivi et participation aux groupes de travail (bonnes pratiques, suivi qualité machine, ...)
• Soutien à la mise en place et à la maintenance du site web
• Organisation des rencontres dans les congrès français (JFR, SFRMBM, AFPPE, ...)
• Recensement des besoins pour les études méthodologiques
Compétences / connaissances
• Connaissances sur les principes physiques de l’IRM
• Connaissance de la recherche clinique en imagerie
• Des connaissances ou un intérêt pour le design de site web seraient un plus
• Compréhension de l’anglais scientifique
Savoir être
• Facilité de contact
• Capacité d’écoute
• Capacité de synthèse et de rédaction
• Capacité d’organisation et rigueur
• Autonomie
2016/09/19 Chef de projet pour le réseau REMI
CDD 1 an temps plein. Démarrage au plus tard au 1/1/2017
Le chef de projet aura pour mission d'aider à la mise en place de ce réseau académique d'entraide, que ce soit sur les aspects outils, organisation ou communication.
• Soutien à la création d’un réseau IRM académique d’entraide
• Animation du réseau et des relations externes
• Suivi et participation aux groupes de travail (bonnes pratiques, suivi qualité machine, ...)
• Soutien à la mise en place et à la maintenance du site web
• Organisation des rencontres dans les congrès français (JFR, SFRMBM, AFPPE, ...)
• Recensement des besoins pour les études méthodologiques
Compétences / connaissances
• Connaissances sur les principes physiques de l’IRM
• Connaissance de la recherche clinique en imagerie
• Des connaissances ou un intérêt pour le design de site web seraient un plus
• Compréhension de l’anglais scientifique
Savoir être
• Facilité de contact
• Capacité d’écoute
• Capacité de synthèse et de rédaction
• Capacité d’organisation et rigueur
• Autonomie
2016/09/08 Post-doctorat en physique de l’IRM et développement de Biomarqueurs, Paris
Un poste de post‐doctorant est ouvert pour 18 mois à temps plein au Centre de Neuroimagerie de Recherche (CENIR) à l’ICM (Paris) dans le cadre d’un projet financé par l’IHU‐A‐ICM (Projet « MAXIMS », Big Brain Theory, Janvier 2016).
L’objectif de ce projet est d’évaluer la spécificité de nouveaux biomarqueurs IRM de la microstructure de la matière blanche avec des validations histologiques et de microscopie électronique chez des modèles expérimentaux d’axonopathie et de myélinopathie.
Le CENIR est la plate-forme de neuroimagerie de l’ICM dirigée par le Pr. Stéphane Lehéricy. Ce plateau technologique est constitué notamment d’IRM cliniques (3T), d’une IRM expérimentale (Bruker Biospec 117/16 USR), ainsi que de systèmes MEG, EEG, TMS et TEP/IRM pour l’étude de la structure et fonction du cerveau dans des conditions saines ou pathologiques.
Le projet global implique des collaborations transversales entre experts en modélisations mathématiques, imagerie par IRM, imagerie cellulaire et histologie au sein et à l’extérieur de l’Institut. Une collaboration étroite est établie entre le CENIR et le groupe « Athena » de l’INRIA (Sophia‐Antipolis, France) dirigé par le Pr. Richard Deriche.
Le post‐doctorant sera impliqué dans les développements méthodologiques de nouveaux biomarqueurs de la matière blanche en IRM de diffusion et en diffusion spectroscopique. Dans ce cadre, le candidat sera en charge des acquisitions et des analyses des données à 11.7T chez des modèles rongeur d’axonopathie et myélinopathie. Le candidat sera potentiellement aussi impliqué dans les analyses de données de microscopie électronique ainsi que d’établir des corrélations avec les données IRM.
2016/09/08 Post-doctorat en physique de l’IRM et développement de Biomarqueurs, Paris
Un poste de post‐doctorant est ouvert pour 18 mois à temps plein au Centre de Neuroimagerie de Recherche (CENIR) à l’ICM (Paris) dans le cadre d’un projet financé par l’IHU‐A‐ICM (Projet « MAXIMS », Big Brain Theory, Janvier 2016).
L’objectif de ce projet est d’évaluer la spécificité de nouveaux biomarqueurs IRM de la microstructure de la matière blanche avec des validations histologiques et de microscopie électronique chez des modèles expérimentaux d’axonopathie et de myélinopathie.
Le CENIR est la plate-forme de neuroimagerie de l’ICM dirigée par le Pr. Stéphane Lehéricy. Ce plateau technologique est constitué notamment d’IRM cliniques (3T), d’une IRM expérimentale (Bruker Biospec 117/16 USR), ainsi que de systèmes MEG, EEG, TMS et TEP/IRM pour l’étude de la structure et fonction du cerveau dans des conditions saines ou pathologiques.
Le projet global implique des collaborations transversales entre experts en modélisations mathématiques, imagerie par IRM, imagerie cellulaire et histologie au sein et à l’extérieur de l’Institut. Une collaboration étroite est établie entre le CENIR et le groupe « Athena » de l’INRIA (Sophia‐Antipolis, France) dirigé par le Pr. Richard Deriche.
Le post‐doctorant sera impliqué dans les développements méthodologiques de nouveaux biomarqueurs de la matière blanche en IRM de diffusion et en diffusion spectroscopique. Dans ce cadre, le candidat sera en charge des acquisitions et des analyses des données à 11.7T chez des modèles rongeur d’axonopathie et myélinopathie. Le candidat sera potentiellement aussi impliqué dans les analyses de données de microscopie électronique ainsi que d’établir des corrélations avec les données IRM.
2016/09/02 Post-doctoral position : Diffusion-weighted MR spectroscopy methods to measure brain metabolites diffusion
The present offer is for a post-doctoral position in MIRCen’s magnetic resonance group. Position is funded by a grant from the European Research Council (INCELL project, PI: Julien Valette). It is available now and secured until November 2018. The post-doc will work in close collaboration with the PI on the development of diffusion-weighted MRS strategies to measure brain metabolite diffusion over several orders of magnitude of diffusion time, in order to explore brain intracellular compartments over vastly different spatial scales. In particular, the potential of long-lived spin states and 13C-labeled metabolites with long T1 will be investigated to reach diffusion times up to ~10 seconds. The post-doc will also work on the development of diffusion-weighted spectroscopic imaging.
Methods will be evaluated in the healthy rodent brain, including advanced data modeling as developed in the group to extract information about cellular morphology, and comparison with confocal microscopy data. Methods will then be applied in rodent models of neurodegeneration to assess cellular alterations.
2016/08/31 PhD student in protease imaging by Dynamic Nuclear Polarization, Bordeaux
TITLE : In vivo proteolysis mapping using Overhauser-enhanced MRI
Proteases, tightly regulated under physiological conditions, become overexpressed in several situations. Any non-invasive tools are welcome to understand such processes in vivio, both for their fundamental features and for diagnosis of related diseases.
The project deals with molecular imaging and is at the crossroad of developmental physics, biochemistry and medicine. The work to be performed is two-fold. First, DNP-NMR (Magnetic Resonance enhanced by Dynamic Polarization) developments are still needed to enhance imaging performance (image quality and acquisition time). MRI sequence developments in acquisition and reconstruction are expected. Second, new DNP-MRI-visible nitroxide probes (developed in collaboration) shall be evaluated for their targeting of certain proteases that can occur in various diseases (cancer, inflammation). The goal is then to target in vivo abnormal proteolysis through DNP-MRI.
2016/08/31 PhD student in protease imaging by Dynamic Nuclear Polarization, Bordeaux
TITLE : In vivo proteolysis mapping using Overhauser-enhanced MRI
Proteases, tightly regulated under physiological conditions, become overexpressed in several situations. Any non-invasive tools are welcome to understand such processes in vivio, both for their fundamental features and for diagnosis of related diseases.
The project deals with molecular imaging and is at the crossroad of developmental physics, biochemistry and medicine. The work to be performed is two-fold. First, DNP-NMR (Magnetic Resonance enhanced by Dynamic Polarization) developments are still needed to enhance imaging performance (image quality and acquisition time). MRI sequence developments in acquisition and reconstruction are expected. Second, new DNP-MRI-visible nitroxide probes (developed in collaboration) shall be evaluated for their targeting of certain proteases that can occur in various diseases (cancer, inflammation). The goal is then to target in vivo abnormal proteolysis through DNP-MRI.
2016/08/19 Ingénieur en imagerie, Lyon
Définition générale de la fonction
• Définition des orientations stratégiques en recherche technologique avec le praticien responsable du pôle puis mise en œuvre
• Assurer un soutien technique des équipes para médicales et médicales du PAM dans le cadre des projets de recherche
• Assurer l’interface scientifique auprès des différents constructeurs d’imagerie
• Assurer la formation continue technologique des équipes paramédicales et médicales
• Assurer une veille technologique
• Elaboration de tableaux de bord et d’outils de management techniques
• L’Ingénieur en Imagerie bénéficiera des compétences et de l’expertise des médecins radiologues et nucléaires du Pôle d’Activité Imagerie
Principales activités du poste
• Contribution directe aux projets de recherche en cours
• Participer à la conception des études, à la rédaction du protocole avec les investigateurs et les Attachées de Recherche Clinique et à l’acquisition et analyse d’images
• Participer à la rédaction d’articles scientifiques et à l’encadrement des étudiants en thèse de médecine
• Développement de nouveaux projets dans les thématiques d’intérêt du PAM Imagerie
• Aider les médecins et les Attachées de recherche Clinique du PAM Imagerie à la mise en place des essais cliniques et assurera le suivi et la qualité scientifique et technique des projets de recherche clinique
• Aider à la conception des cahiers d’observation
• Organiser les réunions de travail et préparer les documents nécessaires à ces réunions
2016/08/19 Ingénieur en imagerie, Lyon
Définition générale de la fonction
• Définition des orientations stratégiques en recherche technologique avec le praticien responsable du pôle puis mise en œuvre
• Assurer un soutien technique des équipes para médicales et médicales du PAM dans le cadre des projets de recherche
• Assurer l’interface scientifique auprès des différents constructeurs d’imagerie
• Assurer la formation continue technologique des équipes paramédicales et médicales
• Assurer une veille technologique
• Elaboration de tableaux de bord et d’outils de management techniques
• L’Ingénieur en Imagerie bénéficiera des compétences et de l’expertise des médecins radiologues et nucléaires du Pôle d’Activité Imagerie
Principales activités du poste
• Contribution directe aux projets de recherche en cours
• Participer à la conception des études, à la rédaction du protocole avec les investigateurs et les Attachées de Recherche Clinique et à l’acquisition et analyse d’images
• Participer à la rédaction d’articles scientifiques et à l’encadrement des étudiants en thèse de médecine
• Développement de nouveaux projets dans les thématiques d’intérêt du PAM Imagerie
• Aider les médecins et les Attachées de recherche Clinique du PAM Imagerie à la mise en place des essais cliniques et assurera le suivi et la qualité scientifique et technique des projets de recherche clinique
• Aider à la conception des cahiers d’observation
• Organiser les réunions de travail et préparer les documents nécessaires à ces réunions
2016/08/19 Python software developer position in functional neuroimaging
Modern non-invasive neuroimaging techniques such as functional Magnetic Resonance Imaging (fMRI) explore brain mechanisms by providing metabolic-related measures of brain activity under controlled cognitive states. The most commonly used fMRI technique relies on the Blood Oxygen-Level Dependent (BOLD) contrast, namely the subsequent increase of oxyhemoglobin rate following the firing of neurons that occurs during an activation experiment along which the participant is submitted to various experimental stimuli. In this context, fMRI indirectly provides maps of neural activity by assuming that the BOLD response, via the HRF for Hemodynamic Response Function, is known and set to a fixed canonical shape. The clinical dissemination of fMRI, to detect functional anomalies is limited since normal ageing [Gauthier, NeuroImage 2013 ; Fabiani, NeuroImage 2013] and numerous pathologies such as Stroke [Attyé, HBM 2013 ; Krainik, Stroke 2005] and Alzeihmers's desease [Cantin, Neuroimage 2011] involve an altered vascular response. The analysis of such data with a canonical model limits the interpretation of the diminution or the absence of BOLD signal (see eg [1]). Unfortunately most currently available software (SPM, FSL, AFNI) do not take into account the variability of the HRF. Hence, we have developed the PyHRF software [2] in Python that implements a joint detection estimation (JDE) approach [3-5] able to jointly estimate activations and the unknown HRF. To build on this improvement, the current proposal therefore aims at overcoming the issues of (i) interpretability of the fMRI results by a better characterization of the neuro-vascular coupling and (ii) providing reliable dynamical functional measures of brain activity, exploitable in a clinical context.
Recently, the PyHRF functionalities have been extended to make it easier to use by non experts and clinicians. Preliminary tests have been carried out on clinical data. Under the supervision of the project partners and in collaboration with neuroradiologists from the Grenoble Institute of Neuroscience (GIN), the work will mainly consists of :
• Continuing the software evaluation and implementing the required modifications ;
• Implementing an interface for a facilitated use, typically by clinicians ;
• Integrating the software into a pipeline for automatic reporting in a clinical context ;
• Participating in the setup of additional clinical experiments.
References:
[1] Badillo S, Vincent T, Ciuciu P. Group-level impacts of within-and between-subject hemodynamic variability in fMRI. Neuroimage. 2013 Nov 15;82:433-48.
[2]Vincent T, Badillo S, Risser L, Chaari L, Bakhous C, Forbes F, Ciuciu P. Flexible multivariate hemodynamics fMRI data analyses and simulations with PyHRF. Frontiers in Neuroscience. 2014;8.
[3] Vincent T, Risser L, Ciuciu P. Spatially adaptive mixture modeling for analysis of fMRI time series. IEEE Transactions on Medical Imaging. 2010 Apr;29(4):1059-74.
[4] Risser L, Vincent T, Forbes F, Idier J, Ciuciu P. Min-max extrapolation scheme for fast estimation of 3D Potts field partition functions. Application to the joint detection-estimation of brain activity in fMRI. Journal of Signal Processing Systems. 2011 Dec 1;65(3):325-38.
[5] Chaari L, Vincent T, Forbes F, Dojat M, Ciuciu P. Fast joint detection-estimation of evoked brain activity in event-related fMRI using a variational approach. IEEE transactions on Medical Imaging. 2013 May;32(5):821-37.