Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.

Liste des annonces

Post-doctoral research fellowship in aortic 3D/4D MRI – Sorbonne Université, Paris

The candidate will work on the EIT Health-funded CMRAI project related aiming at investigating the added value of advanced MRI image acquisition and processing in better characterizing and predicting aortic aneurysms.

The applicant will work in a multidisciplinary environment interacting with researchers and radiologists, as well as with two research engineers currently hired within the CMRAI project to design an integrative and accelerated software from our previous developments in aortic MRI quantitative flow and geometry imaging, in collaboration with the Imageens spin-off.
MRI will include high-resolution 3D angiograms and optimized 4D flow datasets, and image processing will focus on volumetric morphology quantification and the extraction of flow-based parameters to better understand hemodynamics-geometry interactions.

The postdoctoral fellow will be responsible of: protocol optimization on a Siemens Sola1.5T MRI scanner, data acquisition and collection, image processing using existing inhouse Matlab processing tools to extract aortic quantitative biomarkers, validation of the newly proposed software features, statistical analyses, drafting documents to submit to the local ethics committee for clinical studies, preparing manuscripts for peer-reviewed journals and communication documents for the CMRAI project, mentoring students, interacting with collaborators and presenting at conferences.

CDD ingénieur en développement de logiciels scientifiques

1) effectuer une revue de synthèse de l’architecture des logicielsAorte 4D et Mimosa et en réaliser les schémas blocs
2) réaliser le portage du code existant sur cette nouvelle librairie
3) interagir régulièrement avec Imageens pour assurer le transfert des codes traduits vers leur plateforme logicielle.

Activités principales :
• Documenter et schématiser les différents blocs logiciels
• Réaliser une cartographie du code pour permettre un partage optimal des tâches
• Définir les librairies Python à mettre en correspondance avec les librairies Matlab du code existant
• Porter le code Matlab existant en Python
• Aider à réaliser les tests unitaires nécessaires pour la certification CE et les tests de comparaison aux résultats issus du code existant
• Rédiger la documentation technique des codes développés

Contrat de 1 an, potentiellement renouvelable 1 an

PhD position in Self-Supervised Learning for Anomaly Detection in Medical Neuroimaging

Scientific context

The vast majority of deep learning architectures for medical image analysis are based on supervised models requiring the
collection of large datasets of annotated examples. Building such annotated datasets, which requires skilled medical experts,
is time consuming and hardly achievable, especially for some specific tasks, including the detection of small and subtle lesions
that are sometimes impossible to visually detect and thus manually outline. This critical aspect significantly impairs
performances of supervised models and hampers their deployment in clinical neuroimaging applications, especially for brain
pathologies that require the detection of small size lesions (e.g. multiple sclerosis, microbleeds) or subtle structural or
morphological changes (e.g. Parkinson disease).


To solve this challenging issue, the objective of this thesis is to develop and evaluate deep self-supervised detection and
segmentation approaches whose training does not require any fine semantic annotations of the anomalies localization. We will
explore different categories of self-supervised methods, including: novel unsupervised auto-encoder based anomaly detection
models leveraging on the recent developments in visual transformers blocks (ViT) or vector quantized variational autoencoders
(VQ-VAE), scalability of Gaussian mixture models as well as weakly supervised models based on scarce annotations.

Key words: Machine learning, Deep Learning; Multidimensional data, Segmentation, Neuroimaging, Self-supervised learning,
Anomaly detection, Unsupervised representation learning

Starting date: Autumn 2022

How to apply: Send an email directly to three supervisors with your CV and persons to contact. Interviews of the selected
applicants will be done on an ongoing basis. Applications will be accepted up to the 30st of June.

CDI Technicien.ne cyclotroniste au centre CEA/MIRCen

Vous êtes chargé de piloter le cyclotron pour produire et transférer les radioisotopes à vie brèves (carbone-11/fluor-18) vers le laboratoire de radiochimie. Vous assurez également la maintenance de premier niveau du cyclotron et des automates de sécurité de l’installation destinés à sécuriser l’accès à la casemate où se trouve le cyclotron, sécuriser l’autorisation de générer un tir, et sécuriser celle de réaliser le transfert des radioisotopes produits vers les enceintes de radiochimie. Ces activités impliquent notamment de réaliser des tests techniques, d’approvisionner l’installation en pièces détachées, de gérer des contrats de maintenance et les relations avec les fabricants. Vous gérez enfin la surveillance des contrôles radiologiques de l’installation en lien avec le service de protection radiologique. Vous participez à la mise en place d'un système documentaire et participez à la gestion des contrôles réglementaires.

PhD in Imaging and Molecular analysis of Takotsubo syndrome

We are looking for a candidate for a science thesis in Cardiovascular Imaging and Pharmacology. Our laboratory is interested in the non-destructive imaging analysis of energy metabolism and vascularization (Sourdon J et al. Theranostics 2017, Theranostics 2021). We have recently introduced a new non-invasive imaging technique to simultaneously study these two phenomena and their interactions (PETRUS, Provost J et al Nature Biomed Eng 2018, Perez-Liva M. et al. Phys Med Biol 2018, Mol Im Biol 2020, Facchin C et al. Theranostics 2020). Applied to the exploration of cardiac pathologies, the integration of PETRUS with molecular and functional analyses provides in-depth information on their mechanisms and pharmacological targets for treatment.

Takotsubo syndrome is a stress-induced cardiomyopathy affecting mostly women. The clinical picture is that of an infarction without coronary artery obstruction, its prevalence is increasing and it exposes to fatal recurrences. There is no treatment. We have identified the metabolic pathways involved, making them potential therapeutic targets. Our objective is to explore these new therapeutic avenues by in vivo imaging and proteomic and transcriptomic approaches.

The main axes of this research topic are (1) to identify and/or confirm therapeutic targets by PETRUS imaging and molecular analysis, notably by Nanostring and p by mass spectroscopy, in order to (2) experimentally treat Takotsubo syndrome with drugs against the identified targets in the case of (a) a single stress and (b) repeated stress.
Work on small laboratory animals.

Post-doctoral Position in Ultrasound Imaging BioMaps CEA Paris Saclay

The research project ULTRADIAPH aims to develop an ultraportable solution relying on ultrafast ultrasound (US) providing innovative biomarkers of respiratory muscle function and improving the reliability of existing biomarkers. We intend to use this new tool to improve knowledge regarding respiratory muscle structure and function within the Intensive Care Unit (ICU) with the ultimate goal to improve the management of these patients. Three different aims will be addressed:
- Aim 1: To develop a handheld ultraportable ultrasound device for assessing the respiratory muscles within the ICU.
- Aim 2: To develop innovative ultrasound-based biomarkers for the assessment of respiratory muscle structure and function.
- Aim 3: Improving the assessment of the respiratory muscles using ultrasound within the ICU, improving patient-ventilator interaction.

The successful candidate will be mostly in charge to build and implement new US sequences on an ultraportable ultrafast US device. These new US sequences should be implemented to speed-up the acquisition rate and to optimize the setup sensibility and efficiency. Then implementation of new algorithms to build new biomarker maps should be also developed.


Dr. Jean-Luc Gennisson (jean-luc.gennisson@universite-paris-saclay.fr, BIOMAPS), Dr. Damien Bachasson (Institut de Myologie), Dr. Martin Dres (Hôpital La Pitié Salpetrière), Dr. Claude Cohen-Bacrie (eScopics).

Post-doc CEA Paris Saclay : conception d’un dispositif médical ultrasonore

La mesure de paramètres physiologiques est essentielle pour le diagnostic d’une pathologie chronique ou le suivi de son évolution en réponse à un traitement. L’évaluation de ces paramètres dans la vie quotidienne est un défi technologique pour la médecine personnalisée. Depuis quelques années, les systèmes portés se multiplient, que ce soit à des visées médicales ou pour le bien être. Ils sont performants en terme d’ergonomie et d’autonomie, mais la robustesse décevante de la mesure reste problématique d’un point de vue médical. Depuis plusieurs années, l’équipe du LETI/DTBS/LS2P développe des systèmes de mesures de paramètres physiologiques portés sur la personne, fondés sur différentes modalités (optique, électrique, accéléromètre,…). L’approche portée par le projet DIAMAND est d’associer à ces différentes modalités une mesure par ultrasons de paramètres physiologiques, et notamment du diamètre de l’artère. L’objectif est de proposer et de tester une architecture et une stratégie d’acquisition minimalistes pour obtenir des mesures de diamètre d’artère par ultrasons avec une grande précision (qqs μm). Cet aspect « minimaliste » permettra de limiter l’encombrement global du dispositif, sa consommation énergétique, et la quantité de données générées, pour pouvoir par la suite intégrer cette mesure dans un dispositif multimodal de mesure de paramètres physiologiques.


La première phase du projet consistera à optimiser, par simulation, les paramètres de la sonde et le protocole d’acquisition associé, en considérant une configuration simple (géométries canoniques, absence de bruit, interfaces parfaites, …). Cette optimisation sera menée avec les outils de simulation de CIVA, incluant la génération et la réception des ondes par un capteur quelconque, sa propagation au sein de milieux hétérogènes et/ou anisotropes, sa diffraction par la structure ou des défauts. Le modèle de propagation du type « rayon » prend en compte i/ les phénomènes de réfraction et de
réflexion, avec et sans conversion de mode aux différentes interfaces, II/les sondes multiéléments et les différents modes d’acquisition et d’imagerie associés, III/ toute la complexité fréquentielle du signal d’émission car le calcul est réalisé en réponse impulsionnelle. Un algorithme de traitement devra également être développé pour extraire, à partir des mesures simulées, le diamètre de l’artère. Les contraintes imposées concerneront notamment l’encombrement global du dispositif, sa consommation, et la quantité de données générées et à traiter. Les performances attendues seront exprimées en termes d’erreur de mesure acceptée et de fréquence de répétions des mesures. Les paramètres attendus pour ce premier dimensionnement seront le nombre d’éléments, leur disposition, les fréquences centrales et d’échantillonnage des signaux utilisés ainsi que le mode d’acquisition (émission/réception confondues ou séparées, avec ou sans focalisation, avec l’ensemble des éléments ou non…). A l’issue, un cahier des charges sera rédigé en vue de la fabrication d’un premier prototype avec une technologie piézoélectrique.
La seconde phase sera dédiée à une étude de sensibilité des performances de ce design. Nous définirons ainsi un certain nombre de paramètres incertains, par exemple la vitesse de propagation dans le sang, une éventuelle déformation de l’artère, une erreur de positionnement de la sonde, la présence d’un bruit lié à la complexité des tissus traversés ou le bruit généré par les composants, ainsi qu’une plage de variation associée, pour générer une base de données simulées. Grâce à une technologie de métamodèle et d’outils d’analyse statistique disponibles dans CIVA, différentes études de sensibilité seront alors réalisées afin d’estimer l’influence des différents paramètres et leurs conséquences sur les performances de mesures, notamment l’erreur commise.
La troisième phase sera dédiée à la validation expérimentale du prototype de sonde piézo-électrique fabriqué à partir du cahier des charges. Les premières acquisitions seront réalisées in vitro sur des fantômes dont les paramètres géométriques et ultrasonores, notamment les vitesses de propagation, seront parfaitement maîtrisés. L’objectif sera notamment d’établir les puissances électriques nécessaires afin d’obtenir un le rapport signal sur bruit satisfaisant et d’estimer la précision nominale de mesure du diamètre de l’artère. Enfin, une étude de sensibilité sera menée dans des conditions comparables à celle réalisée lors de l’étude en simulation, afin d’en confirmer les conclusions en termes d’évolution de performances de la mesure du diamètre de l’artère. Une seconde campagne sera menée in vivo. Des mesures de diamètre d’une artère humaine réalisées avec ce prototype seront comparées à celles réalisées avec des échographes ultrarapides disponibles à BIOMAPS.
Enfin, une campagne de validation in vivo sera menée avec un capteur PMUT ou CMUT, existant ou spécifiquement réalisé dans le cadre du projet, dont les dimensions auront pu être adaptées en fonction des résultats des études précédentes. L’objectif sera de s’assurer que ce système minimaliste permet d’obtenir des performances attendues en conditions réalistes.

Postdoctoral or Research Engineer Position – MEG-CERMEP-Lyon

Full-time post-doctoral / research engineer position in the Lyon CERMEP MEG lab.

The position is for a methodologically-oriented person to test different MEG sensors based on Optically Pumped Magnetometers (OPMs), to develop and to evaluate new multimodal OPM data analysis approaches to correct artefacts and to perform source localisation. We are currently running both clinical studies (mainly on epilepsy) and neuroscience studies.

Our ultimate goal is to build a fully featured OPM MEG Lab in Lyon by the end of 2024.
This position will allow the postdoctoral fellow to gain expertise early in a new technology which promises to be very relevant for human neuroscience and clinical research for some time to come: OPMs are wearable MEG sensors which can be placed near the scalp allowing a 3-8 fold increase in SNR of neuromagnetic activity recording. Thus they open a vast new field of applications: these systems with a light, conformable array of sensors will be of great interest for exemple for paediatric patients and to record the foetal brain activity.
More specifically, the postdoctoral fellow will work with a promising and very original alternative to classical OPMs: Our partner, Mag4Health is developing beyond the state-of-the-art OPM using Helium gas . This OPMs have unique advantages as compared to classical OPMs: i) they operate at room temperature without heating, ii) they have a large dynamic range allowing for lightweight shielding and subject’s movement and a large frequency bandwidth adapted to the brain electrical activity (0-2kHz), iii) They output a 3D vectorial measure of the magnetic field giving access to previously non-recorded brain activities.

Concours pour le poste de maître de conférence IUT GEII-LYON 1 – CREATIS

Ouverture au concours du poste de maître de conférence au CNU61, IUT-LYON 1/ CREATIS en Génie électrique : Automatismes / Informatique Industrielle / Traitement du signal et de l’image / méthodes d’optimisation /IRM et optique biomédicale

RECHERCHE : Méthodologie et Optimisation numérique pour l’acquisition et le traitement des données d’imagerie IRM et optique.
L’équipe MAGICS : « RMN et Optique, de la mesure aux biomarqueurs » s’inscrit dans une démarche de développement de nouveaux concepts, instruments et méthodes pour l’acquisition des signaux RMN et optique pour l’étude du vivant. Dans ce cadre, elle prend une part active dans le workpackage 2 « technique d’imagerie innovante » du labex PRIMES (Physique, Radiobiologie, Imagerie Médicale et Simulation) qui portent sur la génération d’informations multidimensionnelles et multimodales par la conception de nouveaux instruments, protocoles ou concepts d’acquisition.
Les développements de nouvelles méthodes en IRM ou en optique biomédicale réalisés dans l’équipe repose sur des méthodes d’optimisation mathématiques et de modélisation que ce soit au moment de l’acquisition ou du traitement. Avec ces méthodes de nouveaux concepts et stratégies d’acquisition peuvent être proposées. Une fois les données acquises, une phase de traitements des données nécessite le développement et la mise en œuvre d’analyse quantitative dédiées, fondées sur le traitement d’image et du signal et sur des méthodes d’optimisation mathématique pour l’ajustement paramétrique. En IRM, l’équipe s’est appuyé sur la théorie du contrôle optimal pour proposer de nouveaux schémas d’acquisition afin de générer de nouveaux contrastes ou des alternatives à certaines techniques d’acquisition conventionnelles. En optique, l’équipe se distingue en développant des méthodologies d’imagerie optique interventionnelle et cherche à les intégrer dans un protocole d’IRM clinique.
L’activité de la personne recrutée devra permettre d’amplifier les développements en séquences IRM (imagerie anatomique, diffusion, élastographie) fondées sur des optimisations et/ou de renforcer les projets où la multi-modalité IRM/optique requiert des traitements des données et d’images dédiés. Une expérience en imagerie biomédicale est fortement souhaitée. Ces développements devront bénéficier à des applications cliniques de l’équipe (cancers, neuro-dégénérescences, dommages musculaires et myocardiques).

La personne recrutée s’intégrera dans l’équipe pédagogique responsable des enseignements du département GEII (Génie Electrique et Informatique Industrielle) de l’IUT Lyon 1.
La personne devra intervenir dans le pôle Automatisme et Informatique Industrielle ainsi que le pôle mathématique du département GEII de l’IUT Lyon 1 à Villeurbanne. Elle aura pour tâche de participer à l’enseignement des cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques du B.U.T. ainsi que dans les licences professionnelles portées par le département. L\'enseignant recruté aura à cœur de développer ou d\'initier le développement de nouvelles manipulations afin de rendre ces disciplines les plus attractives possible pour les étudiants. Il devra avoir de solides connaissances technologiques en génie électrique du fait du public qu\'accueille le département et du caractère professionnalisant des formations.
La création du Bachelor Universitaire de Technologie (B.U.T.) GEII, ainsi que le parcours anglophone envisagé au sein du département, engendreront une impulsion de création de nouveaux cursus notamment dans les technologies émergeants (tels que la robotique, l’industrie du futur, les IOT…). Un investissement particulier est donc attendu. On attend également de la personne qu'elle s'investisse dans la gestion administrative et le rayonnement du département en s’engageant en fonction des besoins du département.

Postdoctoral Positions Early Development of Auditory temporal Processing

Postdoctoral Research position in the neuroscience of rhythm perception in neonates using EEG/fNIRS signal processing in INSERM lab, Groupe de Recherches sur l'Analyse Multimodale de la Fonction Cérébrale, directed by Prof. Fabrice Wallois.
The principal research topic aims to address the neural correlates of auditory rhythm processing in premature neonates. The research will include developing experimental protocols, extracting information and characterizing the neural response by developing complex neural data processing approaches, and addressing the role of early development in rhythm coding and perception. The neural signals to be analyzed consist of (but are not limited to) high resolution EEG and high density fNIRS. The research includes also participation in data recording, although this task is mainly conducted by research technicians at the lab. Publications of high quality are expected contributing to novel analytical approaches as well as to basic questions about the underlying neural mechanisms of rhythm perception and auditory development.

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