Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.

Liste des annonces

Post-doctoral position in Medical Image Processing (18 months)

The Computer-Assisted Medical Interventions (CAMI) team of the TIMC laboratory (Grenoble, France) is
looking for a highly motivated postdoctoral candidate with a strong background in medical image processing
(registration and segmentation) and experience in deep learning approaches with a focus on ultrasound imaging.
The candidate will work on the development of a multimodal deep learning registration method between pre-
operative 3D MR images and intraoperative 3D transrectal ultrasound images. This method should be able to
provide a deformation eld to link the two images. The candidate will be expected to publish his/her research
in leading international journals and conferences in the eld, participate in the supervision of PhD students and
contribute to the collaborative projects within the laboratory.
The TIMC laboratory is located minutes away from the Grenoble University Hospital, allowing for a close and
effective collaboration with clinical & industrial partners. Grenoble is a welcoming student city at the heart of
the French Alps.
DURATION : 18 months (as soon as possible from 01/2023)

Post-Doctoral Position on Development of a 3D platform for Passive Acoustic Mapping of cavitation

Therapeutic ultrasound offers great perspectives for minimally invasive surgery, enhanced drug delivery or cancer immunotherapy. It now addresses an extensive range of indications, from prostate or brain tumors to glaucoma. Among other mechanisms, various emerging applications rely on the phenomenon of ultrasound cavitation, which represents the oscillation of ultrasound-induced microbubbles. In any of these applications, monitoring the treatment in real-time is required for potential clinical applications. While active ultrasound B-mode imaging is well suited to monitor thermal or mechanical permanent alteration of tissues, the microbubble activity – directly actuated by high-intensity ultrasound – cannot be characterized in real-time using an active ultrasound scanner because of dazzling effects.

To localize and quantify the cavitation activity, Passive Acoustic Mapping (PAM) beamforming techniques have been used, but they suffer from weak spatial resolution in the axial direction, perpendicular to the array, when conventional imaging arrays are used. This is even more critical for applications requiring a 3D monitoring of the cavitation activity. Indeed, even if a few works have demonstrated the feasibility of 3D passive acoustic mapping of cavitation, especially in the context of transcranial therapy with very specific hemispherical arrays, 3D mapping with conventional matrix arrays suffers from very low axial resolutions due to diffraction effects associated to the low apertures of the probes. Adaptive beamformers have proven to be an effective way to enhance PAM resolution but do not entirely compensate for those diffraction effects and complimentary research avenues such as dual array mapping have to be considered to achieve millimetric or sub-millimetric resolutions in any direction.


Within the CAVIIAR ANR Project framework, the candidate will have to evaluate the feasibility of a dual-probe
mapping based on two commercial matrix arrays with electromagnetic tracking of their positions. He will then develop a 3D navigation and imaging platform combining one or two open ultrasound scanners connected to two matrix arrays, a tracking unit giving translational and rotational data of each probe, a 7-axis robot that will give reference positions of the probes in an evaluation step, and a 3D navigation station providing tools for communication with other devices, reconstruction and visualization in a 3D virtual environment with fusion capability of active and passive US images. The platform will aim at providing dual-array 3D PAM of cavitation events triggered in agar-based phantoms with millimetric or sub-millimetric resolution in any direction using two commercial matrix-array probes.

Poste de chaire de professeur.e junior en Innovation en neurotechnologie

L'Inserm en partenariat avec Sorbonne Unviersité propose au sein du Laboratoire d'Imagerie Biomédicale (LIB, U1146) un poste de chaire de professeur.e junior en Innovation en neurotechnologies pour une meilleure probabilité de dispositifs médicaux.
Afin de renforcer les recherches dans ce domaine au sein du LIB, nous recherchons un profil de chercheur/chercheuse en sciences des données appliquées au traitement des signaux et images.

La date limite de candidature est fixée au 14 avril 2023 (13h). Toutes les informations à l'adresse : https://www.lib.upmc.fr/chaires-inserm-2023-rejoignez-lequipe-ncp/

Ingénieur-e en neuro-imagerie : Ingénieur-e en charge du traitement et de l’analyse de bases d’images issues de protocoles de recherche pré-clinique.

Activités :
• Formaliser les besoins en traitement d'images des chercheurs, doctorants
• Concevoir et développer des méthodes d’analyse d’images IRM (fonctionnelle, de diffusion, etc.) pour répondre aux besoins exprimés
• Assurer le traitement de données issues de protocoles de recherche pré-clinique via les chaînes de traitements développées jusqu'à la présentation et l'aide à l'interprétation des résultats obtenus
• Transférer des développements méthodologiques pour l’analyse de données issues des équipes de recherche d’ICube (IMIS, IMAGeS)
• Adapter, optimiser et mettre en œuvre les traitements pour des moyens de calcul intensif
• Gérer le cycle de vie des données en entrée et en sortie des chaînes de traitements
• Accompagner les utilisateurs lors de l’analyse et l'interprétation des résultats
• Assurer la documentation et la maintenance des méthodes et outils développés
• Former les personnels (chercheurs, doctorants, etc..) à l'utilisation de bibliothèques de traitement d'images biomédicales
• Assurer une veille technologique et scientifique

Contrat :
CDD de 1 an, reconductible.
Temps complet.
Salaire à partir de 2400€ brut mensuel, ajustable selon l’expérience.
Prise de fonctions dès que possible

Associate Professor in Computer Assisted Medical Interventions – CAMI

Eco-system and context :
IMT Atlantique internationally recognized for the quality of its research, is a leading technological university under the authority of the Ministry of Industry and Digital Technologies, ranked in the three main international rankings (THE, SHANGHAI, QS).
The position is open on the campus of Brest within the Image & Information Processing department.

IMT Atlantique has privileged relationships with major industrial national and international partners, as well as a dense network of SMEs, start-ups, and innovation networks. With 290 permanent faculty members, 2000 students among which 300 PhD students, IMT Atlantique produces every year 1000 publications and raises 18M€ of research funding.

The research activity is part of the Medical Information Processing Laboratory – LaTIM INSERM U1101, within the IMAGINE team, Axis "Data-based surgical management". He will therefore have access to the US Interventional Imaging Platform - Averoes and the Platform for the Design and Evaluation of Innovative Medical Devices - PLaTIMed.

Education :
The education program of IMT Atlantique has been recognized as amongst the most innovative in French High Education and Research and offers large possibilities of developing innovative engineering curriculum and educational approach.

The candidate will contribute to the teaching “Healthcare Engineering”. He will be invited to propose related new educational projects, programs and methodologies, especially inspired by and supported by industrial requirements and partnerships. He will be closely associated with future Digital Health training programs.

He will be invited to propose new projects, programs, and related pedagogical methodologies, particularly the development of pedagogical innovations: digital content, E-learning, mixed reality platform for immersive distance learning due to the constraints of the clinical setting. The recruited person may be required to teach in French and English.

Specifically, he will be involved in teaching related to "CAMI", "Medical devices and sensors", "Connected medical devices", relying on the platforms made available and promoting learning through practice and projects.

Documents to apply:
- Application file to download HERE
- CV + cover letter
- integration project on the 3 axes Teaching / Research / Development
- photocopy of identity card or passport
- photocopy of diplomas or a certificate of success
- report of the thesis defense
- reports from the two thesis jurors
- any other element that could support your application

Benefits :
-49 days of annual leave
- Possibility working at home
- Public transportation paid for
- Sustainable mobility package (for carpooling or cycling)
- Family supplement
- Wide range of social benefits

Maître de conférences (F/H) Gestes médicaux-Chirurgicaux Assistés par Ordinateur – GMCAO – CDI

IMT Atlantique, reconnue internationalement pour la qualité de sa recherche, est une grande d’école d’ingénieurs de premier plan sous la tutelle du ministère de l'industrie et du numérique, classée dans les trois principaux classements internationaux (THE, SHANGHAI,QS).

Le poste est ouvert sur le campus de Brest au sein du département Image & Traitement de l’Information – ITI.

IMT Atlantique entretient des relations privilégiées avec de grands partenaires industriels nationaux et internationaux, ainsi qu'avec un réseau dense de PME, de start-ups et de réseaux d'innovation. Avec 290 enseignants permanents, 2000 étudiants dont 300 doctorants, IMT Atlantique produit chaque année 1000 publications et lève 18M€ de fonds de recherche.

L’activité de recherche s’inscrit au sein du Laboratoire de Traitement de l’Information Médicale – LaTIM INSERM U1101 (https://latim.univ-brest.fr), dans l’équipe IMAGINE, Axe «Gestion chirurgicale basée sur les données ». Il aura de ce fait accès aux Plateformes d’imagerie interventionnelle US – Averoes et la Plateforme pour la conception et l’évaluation de dispositifs médicaux innovants - PLaTIMed, https://platimed.fr

Formation :
Le programme de formation d'IMT Atlantique a été reconnu comme l'un des plus innovants de l'enseignement supérieur et de la recherche en France et offre de larges possibilités de développement de programmes d'ingénierie et d'approches pédagogiques innovants.

La personne recrutée contribuera à différentes formations (ingénieur, master, aussi bien dans sa spécialité (« Ingénierie de la santé ») que dans des enseignements de tronc commun ou des activités transverses en lien avec le monde socio-économique : tutorat de projets / stages, soutenances, accompagnement, etc. Il/elle sera associé(e) étroitement aux nouveaux projets de formation.

Elle sera invitée à proposer de nouveaux projets, programmes et méthodologies pédagogiques connexes, particulièrement le développement d’innovations pédagogiques : contenus numériques, E-learning, plateforme de réalité mixte pour l’apprentissage immersif à distance du fait des contraintes du milieu clinique. La personne recrutée pourra être amenée à enseigner en français et en anglais.

De manière spécifique, il/elle s’impliquera dans les enseignements en lien avec les "GMCAO", "Dispositifs médicaux et capteurs", "Dispositifs médicaux connectés", en s’appuyant sur les plateformes mises à disposition et favoriser l’apprentissage par la pratique et les projets.

Documents pour candidater :
Dossier de candidature à télécharger - CV + Lettre de motivation projet d’intégration sur les 3 axes Enseignement / Recherche / Valorisation - photocopie de la carte d'identité ou du passeport - photocopie des diplômes ou une attestation de réussite - rapport de la soutenance de thèse - rapports des deux rapporteurs de thèse - tout autre élément pouvant appuyer votre candidature

Avantages :
49 jours de congés annuels et RTT - Télétravail partiel possible - Prise en charge des transports en commun - Forfait mobilité durable (pour le covoiturage ou les trajets à vélo) - Complément familial - Large gamme de prestations sociales

Mentions légales : Nature du contrat : CDI de droit public Les postes offerts au recrutement sont ouverts à toutes et tous avec, sur demande, des aménagements pour les candidats en situation de handicap - Emploi ouvert également aux fonctionnaires et contractuels de la fonction publique - Toute candidature peut faire l'objet d'un contrôle administratif

Ingénieur en mesures physiques, instrumentation et techniques expérimentales CDD de 3 ans

Les contraintes économiques et sociétales nouvelles exigent une conception plus rationnelle et des méthodes alternatives de synthèse, de formulation et de mise en forme des polymères pour répondre aux besoins d'une plus grande durabilité et d'une gestion plus vertueuse de leur fin de vie, tout en maintenant des performances optimales en application. La découverte de nouveaux polymères entraînera de nouvelles méthodologies pour leur conception, leur transformation et l’évaluation de leurs propriétés à toutes les échelles d’analyse. Le développement récent des méthodes à haut débit (HTP) et d'intelligence artificielle (IA) ouvre d'énormes possibilités pour relever ces défis. Alors que de telles méthodes émergent en chimie, elles n'ont pas encore été mises en œuvre en France dans le domaine de la Science des Polymères. Ainsi, l’ingénieur(e) recruté(e) aura en charge de développer la plateforme d’élaboration et de caractérisation haut débit qui permettra la synthèse HTP et la méthode de caractérisation mises en œuvre à l'échelle moléculaire, macromoléculaire et des matériaux. Les données issues de l'analyse HTP seront utilisées pour alimenter des approches d'apprentissage automatique afin de déterminer la meilleure combinaison avec les multiples propriétés ciblées.


L’ingénieur(e) recruté(e) sera en charge de monter la plateforme des méthodes haut débit :
-Recherche des équipements HTP commerciaux existants
-Gestion des approvisionnements et des relations avec les fournisseurs
-Conception, montage et adaptation de dispositifs expérimentaux
-Coordination et conduite d’expérimentations
-Rédaction de procédures d’utilisation et de rapports d’analyse
-Formation des utilisateurs à la mise en œuvre des dispositifs expérimentaux et au respect des règles d’hygiène et sécurité
-Gestion et maintenance des équipements
-Participation aux projets de recherche attachés à la plateforme

Postdoctoral researcher position at IRCM Montpellier

High-grade serous ovarian cancer (HGSOC) is the most common subtype of ovarian cancer. For the initial management, no personalized interventions have been established, while HGSOC is very heterogeneous. There is a critical need for new biomarkers that capture this heterogeneity and support new target discovery for individualized therapy. Limitations in time and space of invasive biopsies might be overcome by imaging. Radiomics has the potential for “whole tumor virtual sampling” using non-invasive examinations [1]. To date, no study has evaluated the value of MRI radiomics at macroscopic and microscopic scales to examine whether radiomics habitats are underpinned by tumor biology in HGSCO. This project MR O MICS, funded by an ERC Sarting Grant, aims at developing radiomics signatures and evaluating their associations with tumor heterogeneity. It will also investigate if radiomics allow the identification of distinct tumor areas that may underpin tumor biology.

The "Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier" (IRCM - U1194) is a research centre located on the Val d'Aurelle Hospital Campus of the Montpellier Regional Cancer Institute (ICM). The institute is represented by a major theme and two unifying programs: molecular targets and cancer therapies. Research projects in basic and translational biology are carried out in close collaboration with the clinical services and the clinical research department of ICM. The IRCM is constituted to 16 teams and 205 people.

The team is working as well in close collaboration with the Micro Imaging platform which include one vertical 4T, one 3T,one 9.4T and a nanoPETCT.

Start date November 2023

References :
[1] Tardieu, Marion, et al. "Assessing histology structures by ex vivo MR microscopy and exploring the link between MRM-derived radiomic features and histopathology in ovarian cancer." Frontiers in Oncology (2022): 5424.

Ingénieur-e de recherche en imagerie multimodale préclinique CDD

Mission principale :
La personne recrutée aura pour mission d’assurer la conception et l’adaptation de protocoles expérimentaux mettant en œuvre l’IRM et le microTEP/CT.

Activités principales :
• Etudier les besoins en relation avec les objectifs de recherche, évaluer et proposer des stratégies d’étude et méthodes de caractérisation ou d'observations adaptées
• Discuter de cahier des charges fonctionnelles avec les utilisateurs et rédiger le cahier des charges techniques des projets d’imagerie
• Organiser le suivi de la réalisation des projets d’imagerie, valider et qualifier la ou les méthodologies à mettre en œuvre aux différentes étapes de réalisation (revues de projets)
• Conduire la consultation pour la réalisation du projet expérimental en imagerie du petit animal
• Piloter la réalisation des mesures, les interpréter et les valider
• Gérer l'ensemble des moyens humains, matériels et financiers alloués aux expériences
• Assurer la gestion, le maintien opérationnel des systèmes et le développement de l'imagerie du petit animal dans l’unité (IRM et microTEP/CT prioritairement)
• Former, informer, conseiller, sur les principes et la mise en œuvre des dispositifs expérimentaux
• Exercer une veille sur les évolutions technologiques du domaine
• Assurer la sécurité de fonctionnement du système
• Gérer en discussion avec la responsable de service l’ensemble des ressources humaines, techniques et financières allouées au service
• Présenter, diffuser et valoriser les résultats expérimentaux
• Participer à la gestion du service d’exploration non invasive du CREFRE en prenant part activement au maintien de son système documentaire qualité
• Assurer la surveillance du bien-être animal dans le cadre des protocoles d’imagerie

Spécificité(s) et environnement du poste :
• Expérimentation sur le petit animal
• Manipulation de sources radioactives non scellées, scellées et générateurs de rayons X
• Travail en environnement confiné
• Horaires flexibles selon les contraintes du service
• Astreintes weekends possibles

Stage M2 à l’IHU ICAN

Le plateau d’imagerie de l’IHU ICAN est un plateau d’imagerie multimodale comportant une plateforme d’acquisition IRM cardiovasculaire et un core lab de management et de traitement d’images (IRM et scanner). Le plateau d’imagerie travaille conjointement avec le laboratoire d’imagerie biomédicale (LIB UMR 1146) et l’unité d’imagerie cardiothoracique (ICT) de l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière.

Un sujet de stage de Master 2 en gestion de bases de données est proposé par l’IHU ICAN, institut hospitalo-universitaire à Paris et le Laboratoire d’Imagerie Biomédicale (LIB) de Sorbonne Université (SU), INSERM et CNRS.

Ce stage traitera de problématiques d’archivage et accessibilité d’images et de biomarqueurs IRM et scanner au core lab d’imagerie (localisable, accessible, interopérable et retrouvable) issues des protocoles de recherche.

Pour cela, nous proposons de mettre en place une base de données, qui permettra d’accueillir les données issues des différents protocoles de recherche et de gérer leurs droits d’accès conformément aux règles RGPD en cours. Nous proposons d’extraire et publier les métadonnées pertinentes permettant de rendre ces données localisables et retrouvables. Enfin, pour faire le lien avec les traitements qui peuvent être lancés sur ces données, la base de données sera interconnectée avec les différents logiciels d’analyse de données.

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