Emploi

Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.

Liste des annonces

2019/10/09 – Thèse en développement de séquences IRM paramétriques à 3T

Au sein du laboratoire, l’équipe IRM 4D a l’expertise du développement de séquences IRM haute-résolution, à encodage non-cartésien. De plus, notre singularité provient du développement de séquences paramétriques, permettant ainsi la mesure de temps de relaxation.
L’un des objectifs de l’équipe IRM4D est de développer des séquences IRM chez l’homme pour aider au diagnostic, pronostic et suivi des patients. La quantification de paramètres physiques est particulièrement utile pour comparer des patients ou pour évaluer objectivement l’évolution d’une maladie.
Cependant, de nombreux verrous sont à prévoir comme les mouvements respiratoires et/ou la durée des acquisitions, qui doit être drastiquement réduite.
Par exemple, notre équipe a récemment implanté une séquence paramétrique à 3T, combinée à une accélération par Compressed Sensing pour la Neuro-imagerie.
Le doctorant aura pour objectif de poursuivre le développement de cette séquence et de la combiner avec différents modules ou acquisitions afin de surmonter les verrous rencontrés. Il sera en charge du développement des séquences, jusqu’à l’imagerie de volontaires sains.

2019/10/03 – Ingénieur  en  analyse  de  données  cliniques  (Data  science  engineer)   à  Neurospin  (CEA­‐Saclay)  

NeuroSpin cherche  à  renforcer  son  engagement  en   recherche  clinique  en   recrutant  un   Ingénieur.e  de  support  à  l’analyse  de  données  (Data  science  engineer),  à  l’interface  entre  les   équipes  méthodologiques  et  les cliniciens-­‐chercheurs  pour  la  mise  au  point  d’analyses  dédiées   aux  projets  en  neurologie  adulte,  psychiatrie,  et  pathologies  du  développement  cérébral.
Les  équipes  méthodologiques  de  NeuroSpin  sont  à  l’origine du  développement  de  plateformes   de  très  haut  niveau  d’analyse  d’images   cérébrales   anatomiques,  micro-­‐structurelles,   fonctionnelles  et  de  connectivité, pour  la  recherche  en  méthodologie  et  en  neurosciences   cognitives  de  populations  adultes  à  cerveau  ‘normal’  (sujets  sains,  psychiatrie,  etc..).   Cependant,  les  problématiques  de  recherche  clinique,  chez  l’adulte comme  chez  l’enfant,   nécessitent  des  adaptations méthodologiques  plus  ou  moins  complexes  et  l’utilisation  d’outils   multiples  pour  prendre  en  compte  les  atypies  ou  anomalies  de  forme  et/ou  de  signal  des   cerveaux  étudiés   (lésions  cérébrales   -­‐   atrophies,  ou  tumeurs,  anomalies  de  signal,  et   modifications  liées  à  l’immaturité  cérébrale  chez  l’enfant),  les  échantillons  de  petite  taille,  les   données  de  qualité  sous optimale  (mouvements),  les  données  manquantes  (non  coopération   des  sujets  par  ex).
Le  poste  d’ingénieur.e  d’interface  clinique  ,  en  CDI,  a  pour  objectif  de  contribuer  au  transfert  en   recherche  clinique  chez  l’adulte  et  l’enfant  de  méthodes  d’analyse  d’images  cérébrales  à  l’état   de  l’art,  qu’elles soient  développées  à  NeuroSpin  ou  dans  d’autres  centres:  morphométrie,   connectivité  structurelle  et  cyto-­‐architectonie  (diffusion),  IRM   fonctionnelle,  connectivité fonctionnelle,  statistiques  adaptées,  ...   L’ingénieur.e, au  contact  direct  avec  les  cliniciens-­‐chercheurs  au  sein  de  UNIACT,  agira  en  interaction  étroite  avec  les  équipes  méthodologiques  dans  le  cadre  de  la  cellule  transversale  de   support  méthodologique  afin  de faciliter les  interactions  entre  équipes  et  d’enrichir  le  support  à   l’analyse  d’images  (mise  à  disposition,  documentation,  mise  à  jour,  adaptation  éventuelle,  aide   à  la  prise  en  main…  des  outils  méthodologiques  sélectionnés).

2019/10/03 – Thèse en imagerie nucléaire préclinique : « Développement d’agents théranostiques pour la médecine nucléaire ».

L’un des objectifs du laboratoire est de développer des radiopharmaceutiques qui puissent être utilisés aussi bien pour le diagnostic que pour la thérapie des tumeurs, c’est-à-dire de développer des agents théranostiques. Pour réaliser le diagnostic, on couple la molécule à un radioisotope permettant de réaliser de l’imagerie nucléaire (SPECT ou PET), alors que pour réaliser la thérapie on couple cette même molécule avec un radioisotope émetteur de rayonnements beta-. Le laboratoire a récemment développé un ligand de la mésothéline, une protéine surexprimée dans de nombreux cancers et faiblement exprimée dans les tissus sains. Un premier radiotraceur dédié à l’imagerie diagnostique des tumeurs exprimant la mésothéline a pu être validé. Le candidat aura pour objectif de poursuivre le développement de ce radiotraceur et de développer une un agent théranostique à partir de celui-ci. Il sera en charge des évaluations biologiques des radiotraceurs.

2019/10/03 – Ingénieur en charge du développement d’une plateforme d’imagerie de la cytoarchitecture du cerveau H/F

Depuis l’ouverture de NeuroSpin, les équipes de l’UNIRS et de l’UNATI ont activement oeuvré au développement de méthodes d’investigation de la microstructure du tissu cérébral par IRM, s’appuyant sur de nombreux financements externes (projet européen FET-Open CONNECT ainsi que divers financements acquis auprès de l’ANR et de fondation privées qui ont permis le recrutement de nombreux thésards et post-doctorants, et ainsi de constituer une expertise unique en la matière qu’il convient de pérenniser au travers du recrutement d’un ingénieur qui aura pour mission de participer au développement des protocoles d’imagerie par résonance magnétique à haut et très haut-champ et au développement des outils d’analyse associés.
Le conseil scientifique international (SAB) du département NeuroSpin a validé la création de 6 programmes de recherche transversaux dont le programme « Cyto In vivo » visant à cartographier la cytoarchitecture du cortex cérébral chez l’homme et chez le primate non-humain, reposant en grande partie sur l’expertise développée par l’équipe au cours de la décennie passée.
Pour répondre à cet enjeu de la recherche en neuroimagerie, l’équipe de l’UNIRS mise d’une part sur l’utilisation de l’IRM à très haut champ magnétique (7T et 11.7T), mais également sur le développement d’approches nouvelles fondées sur l’utilisation de modèles numériques avancés du signal IRM à même de rendre compte des diverses organisations cellulaires rencontrées au sein du ruban cortical. En effet, même si l’augmentation du champ magnétique permet d’améliorer sensiblement la résolution spatiale des données IRM, elle ne permet cependant pas d’atteindre l’échelle microscopique requise pour étudier la cytoarchitecture du tissu cérébral. Il est nécessaire d’exploiter l’information provenant de processus biophysiques s’opérant à l’échelle microscopique pour sonder cette organisation, à l’instar du processus de diffusion de l’eau ou des métabolites cérébraux, ou des processus de relaxation magnétique.
L’utilisation de simulations à très large échelle du signal IRM associée à des techniques d’apprentissage machine ou profond issues du Big Data permettent aujourd’hui d’aller au-delà des modèles analytiques développés jusqu’à présent, en reposant sur l’’apprentissage de la signature du signal d’IRM pondéré en diffusion et d’IRM quantitative établie à partir de dictionnaires de tissus cérébraux virtuels et de leur signature IRM obtenus par simulation numérique. L’outil de machine learning ainsi entraîné peut alors être utilisé pour décoder l’ultrastructure du tissu cérébral à partir d’un jeu de données IRM acquis à 3T, 7T ou 11.7T.
L’équipe en charge de ces développements participe activement au développement de ces nouvelles approches de cartographie de la cytoarchitecture dans le cadre du projet Human Brain Project et en collaboration étroite avec le centre de calcul intensif du CEA (TGCC, Bruyères-le-Châtel) et le Forchungszentrum Julïch (Allemagne).
Pour poursuivre et péréniser les développements de cette plateforme d’analyse de la cytoarchitecture, l’équipe doit être renforcée par le recrutement d’un ingénieur qui prendra en charge le développement des protocoles de cartographie de la cytoarchitecture sur les IRM cliniques et précliniques de la plateforme de NeuroSpin, contribuera aux développements et assurera la gestion du futur web-service Ginkgo en cours de développement actuellement, assurera l’expoitation de ce web-service et sa maintenant, et apportera formation et support aux équipes utilisatrices. L’ingénieur participera en outre à la formation et à l’encadrement des stagiaires et doctorants de l’équipe.
Ses principales missions seront :
- le développement de protocoles d’imagerie par résonance magnétique de la microstructure sur la plateforme de neuroimagerie de NeuroSpin
- le pilotage de campagnes de simulations à très large échelle au sein du TGCC (Bruyères-le-Châtel) pour constituer des dictionnaires réalistes de tissus virtuels représentatifs du tissu cérébral et de leurs signatures en IRM à l’aide du simulateur MEDUSA développée au sein de l’équipe
- le développement de méthodes d’analyse de la cytoarchitecture du tissu cérébral (cortex et substance blanche) à l’aide d’outils de machine learning permettant d’en extraire des cartographies individuelles,
- la gestion et l’intégration des outils développés dans l’équipe afin de les péréniser à travers un web-service qui sera mis à disposition dans le cadre de l’infrastructure en cours de montage en étroite collaboration avec le TGCC
- la formation et le support aux utilisateurs de cette future plateforme
- l’encadrement des stagiaires et l’encadrement technique des doctorants.
L’ingénieur (H/F) travaillera au contact direct avec les physiciens de l’UNIRS, les experts en traitement du signal et des images de l’UNATI, et sera amené à interagir avec les utilisateurs cliniciens (UNIACT) ou cogniticiens (UNICOG) du département NeuroSpin.

2019/08/19 – Postdoctoral fellowship: Simultaneous photoacoustic and ultrasound 3D tomography for biomedical imaging of therapeutic nanoparticle accumulation.


Context:

The Imaging and targeted therapy development group (IT2D) in the Laboratoire d’Imagerie Biomédicale (LIB) in Paris is looking for a postdoctoral researcher to work within a project on photoacoustic imaging of therapeutic nanoparticles. The project aims to map the bio-distribution of therapeutic nanoparticles in pathological tissue to move towards personalized therapeutic strategies with nanomedicine. The group IT2D is composed of 23 international members including senior researchers, engineers, clinicians, postdoctoral fellows and PhD and Master level students. The group has recently focused part of its research activities on photoacoustic imaging of therapeutic nanoparticles and the development of biomedical 3D photoacoustic and ultrasound imaging methods.

Missions:

The postdoctoral researcher will be in charge of the development of a 3D ultrasound - photoacoustic tomographic system to image the accumulation of nanoparticles in vivo, and its experimental implementation with a nanosecond laser, a fully programmable ultrasound scanner, and high precision motors (already available in the LIB). A tomographic scanning scheme will be implemented. Selected scan parameters must ensure in vivo imaging capabilities. The work also includes full characterization of the imaging system on imaging phantoms. The postdoctoral researcher will conduct preclinical experiments to test and validate the method.

2019/07/25 – PhD Position « Implantable NMR microcoils for metabolic imaging and spectroscopy « , Institut des Sciences Moléculaires (ISM) Bordeaux


A 3 years PhD position is opened in the Molecular MRI team (head Y. Crémillieux) of the Institute of Molecular Sciences (UMR CNRS 5255) in Bordeaux, France.
The PhD project will focus on the development and the application of innovative implantable NMR microcoils for MRS and MRI biomedical studies. In vivo investigations will be carried out in animal models of disease. The transfer to the clinic is part of the objectives of the PhD project. The candidate will work in a multidisciplinary environment including biologists, physicists, MR scientists and radiologists.

Conditions of employment
The duration of the position is 36-months with funding from the Labex TRAIL (https://trail.labex.u-bordeaux.fr/).
Position closing: December 2019

2019/07/25 – Postdoctoral position : “Ultra-high field Quantitative Imaging of bone microarchitecture” (Center for Magnetic Resonance in Biology and Medicine, CRMBM, Marseille)

The CRMBM is seeking to appoint a full-time postdoctoral research fellow (18 months) starting September 2019. The position is in the "MSK Group" headed by D. BENDAHAN. They currently have an opportunity for a talented and enthusiastic Post-doctoral Research Fellow to join them on a project entitled “Ultra-high field Quantitative Imaging of bone microarchitecture”. The aim of the project will be to develop, optimize and evaluate an integrated imaging protocol aiming at quantifying mineral contents in human bone based on systematic comparisons between solid-state MRI at 7T and X-ray synchrotron-based technics. Initial experiments will be performed in anatomical samples using both techniques and the ultimate goal will be to design a specific MRI protocol which will be used in patients.
The candidate is expected to have a solid background in investigative techniques such as MRI and/or X-ray synchrotron-based technics and to be familiar with the field of bone microarchitecture and mineralization.

2019/07/22 Chef de projet « Gestion de données en Neurosciences Cliniques »

Dans le cadre de projets collaboratifs de recherche clinique en neurosciences, la mission de cet ingénieur informaticien est de participer à la mise en place d’une plateforme permettant la gestion de données en neurosciences (données cliniques, données précliniques, neuroimagerie, EEG). Des détails sur cette plateforme sont disponibles ici : https://project.inria.fr/shanoir/
Missions confiées à l'ingénieur sont les suivantes :
1/ Participer à la structuration des données et méta-données associées à différents projets de recherche en neurosciences:
- définir un modèle conceptuel des données et méta-données (données cliniques, données précliniques neuroimagerie, EEG) en s'appuyant sur l'existant,
- rédiger les spécifications techniques d’un tel modèle.
2/ Participer à la construction de la plateforme de gestion de données correspondante en s'appuyant sur l'existant, avec une prise de responsabilité sur la gestion des données neuroimagerie et EEG :
- transmission des données et des méta-données,
- gestion de la sécurité dans le respect du cadre médico-légal en vigueur : anonymisation, relation à l'hôpital et aux sources de données extérieures (cas des cohortes multicentriques), gestion des droits d’accès par personne et par projet,
- peuplement de la base de données simple et adapté à de grande quantité de fichiers,
- requêtes d’accès aux données (construction des requêtes, gestion de la sécurité…).

2019/07/16 MRI Research Engineer at the Institute of image-guided surgery Strasbourg, France

Your responsibilities will be :
- Conception, development and implementation of MRI protocols in clinical and preclinical projects
- MRI user support
- Redaction of proposals and projects technical part
- Interaction with Siemens

2019/07/12 Ingénieur d’étude débutant chargé de la création d’une base de données d’image multimodales

La tomographie par émission de positons (TEP) est une technique d’imagerie fonctionnelle du vivant reposant
sur l’injection dans l’organisme de molécules marquées avec des émetteurs de positons (Fluor 18, Carbone 11,
Oxygène 15) de demi-vie très courte. L’imagerie par résonance magnétique (IRM) est une autre technique
d’imagerie qui peut être anatomique ou fonctionnelle, selon les séquences utilisées. Au CERMEP, nous possédons
l’un des rares appareils d’imagerie combinant l’IRM et la TEP sur le même imageur. Les expériences d’imagerie
multimodale IRM et TEP cérébrale menées sur des primates nous procurent une base de données d’images
considérables.
A partir de données IRM et TEP, nous avons construit des bases d’atlas individuels pour le rat [1] et le macaque
fascicularis [2]. A partir d’une telle base, nous pouvons créer des atlas de maximum de probabilité et segmenter
des cerveaux. Nous distribuons ces atlas à des collaborateurs internationaux.
A partir de données IRM et TEP, nous avons construit des bases d’atlas individuels pour le rat [1] et le macaque
fascicularis [2]. A partir d’une telle base, nous pouvons créer des atlas de maximum de probabilité et segmenter
des cerveaux. Nous distribuons ces atlas à des collaborateurs internationaux.
Le but de ce projet est de compléter les bases d’atlas de cerveau de primate en créant des subdivisions fines
de régions anatomo-fonctionnelles, et d’appliquer les outils de création d’atlas de maximum de probabilité et
de template sur ces bases augmentées.
Le travail comprend la segmentation neuroanatomique manuelle de régions cérébrales, la création de nouveaux
atlas de meilleure résolution, le calcul des indicateurs de performances, et leur analyse statistique.
Ces bases pourra pas exemple servir à réaliser de la classification par des méthodes d’apprentissage profond.
Déroulement
Le travail comportera les tâches suivantes :
- Lire, analyser et comprendre la bibliographie et les documents produits par le laboratoire sur le principe
d’atlas, de template et de méthodes de traitements par multi-atlas pour le primate non-humain
- Apprendre à utiliser les programmes de dessin neuro-anatomique d’atlas
- Réaliser la segmentation manuelle de sous-régions des atlas existants
- Constituer les bases de données pour la création de base d’atlas multimodal de cerveau de primate
- Mettre à jour les scripts de prétraitement et de création d’atlas
- Évaluer les performances de ces nouveaux atlas par le calcul et l’analyse de figures de mérite
Il s’agit d’un travail de neuroanatomie et de traitement d’image dédié à l’imagerie cérébrale. La savoir-faire en
programmation n’est pas nécessaire, mais l’aisance dans l’utilisation de programme informatique en script bash
ou PERL est utile.

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