Emploi

Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.

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2019/04/04 – Thèse : « Etude de la saccade oculaire chez l’Homme par neuroimagerie multi-modale » à Grenoble

Contexte Scientifique :
L’analyse d’une scène visuelle par un observateur humain implique de nombreux mécanismes corticaux et sous-corticaux encore mal connus. Si une très grande majorité des études se concentre sur la fixation oculaire (stabilisation de l’oeil) pour en comprendre sa position spatiale et sa durée lorsque l’on explore une scène visuelle, la saccade oculaire (mouvement rapide) est alors négligée et interprétée comme un simple intervalle de transition entre des fixations successives. Le point de vue dual quant à lui, place la saccade oculaire au coeur du processus actif d’exploration de la scène, où il faut trois - quatre fois par seconde, planifier "quand" et "vers où" déplacer le regard puis exécuter ce mouvement d’une fixation à une autre.
Lors de ce travail de thèse, un focus sera fait sur la programmation de la saccade (vers où et quand déplacer le regard) mais aussi la perception visuelle durant la saccade (intra-saccadique) ; ce second aspect ayant peu été étudié.

Tâches :
La saccade oculaire sera étudiée à l’aide de deux techniques complémentaires de Neuroimagerie non invasives : IRM fonctionnelle (IRMf) et électro-encéphalographie (EEG). Durant la première année de la thèse, il s’agira de mettre en place la méthode de localisation de sources EEG informée par l’IRM/IRMf à partir de l’algorithme développé au laboratoire (Samadi, Soltanian-Zadeh, & Jutten, 2016) et de l’évaluer sur des jeux de données standard, issus de "locolisers". Le principe général de la méthode est d'effectuer en séquence la même expérience en IRMf et en EEG de façon à pouvoir bénéficier d'un alignement temporel des données provenant des deux modalités. Cette méthodologie de localisation de sources (voir figure ci-contre) sera ensuite appliquée pour l’analyse de données expérimentales spécifiques pour l’étude de la saccade oculaire : tâche de choix saccadique (Crouzet, Kirchner, & Thorpe, 2010; Kauffmann, et al. 2019) et perception intra-saccadique (Castet, Masson, 2000). Ces deux expériences ont déjà été répliquées au GIPSA-lab avec l’acquisition conjointe des signaux EEG et oculométriques.

Bibliographie :
Samadi, S., Soltanian-Zadeh, H., Jutten, C. (2016). Integrated Analysis of EEG and fMRI Using Sparsity of Spatial Maps. Brain Topographic, 29(5):661-678. doi:10.1007/s10548-016-0506-2 Castet, E., Masson, G.S. (2000). Motion perception during saccadic eye movements. Nature Neuroscience, 3(2):177-183. doi:10.1038/72124 Crouzet, S.M., Kirchner, H., & Thorpe, S.J. (2010). Fast saccades toward faces: Face detection in just 100 ms. Journal of Vision, 10(4):16. doi:10.1167/10.4.16. Kauffmann, L., Peyrin, C., Chauvin, A, Entzmann, L., Breuil, C., Barthelme, S., Guyader, N. (2019). How do face stimuli influence the programming of saccades? Analysis of saccade amplitude and accuracy. Scientific reports, Scientific Reports, 9: 560. doi: 10.1038/s41598-018-36510-0.

2019/03/12 – Poste de chercheur ouvert en mobilité

Le groupe “Mécanique et Génétique du Développement Embryonnaire et Tumoral” a développé des outils magnétiques permettant de mimer quantitativement des mouvements morphogénétiques embryonnaires dans des contextes déficients (1,2,3), ou des pressions de croissance tumorale (3), in vivo. La mise en œuvre de ces technologies (en collaboration avec Christine Ménager, Phenix-U-Sorbonne), couplées au sein du groupe aux technologies de la génétique inhérentes aux systèmes embryonnaires ou tumoraux étudiés, et aux techniques d’imagerie ultrasonores (en collaboration avec Mickael Tanter, Physique pour la Médecine), ont permis de montrer la régulation mécanique de la différentiation des tissus embryonnaires précoces, et la participation des contraintes de pression de croissance tumorales (4) à la dérégulation biochimique tumorigène, in vivo.

Composé actuellement, en membres permanents, de 3 biologistes et d’un physicien, le groupe souhaite renforcer ses forces d’un membre permanent, formé à la physique et/ou à l’imagerie, dans le cadre de ces thématiques. Il bénéficie pour cela d’un poste Inserm ouvert à la mobilité interne dans l’équipe, une procédure mobilité interne au sein du Cnrs pouvant aussi être envisagée.

1- Desprat, N., Supatto, W., Pouille, P.-A., Beaurepaire, E. & Farge, E. Tissue deformation modulates twist expression to determine anterior midgut differentiation in Drosophila embryos. Developmental Cell 15, 470-477, doi:10.1016/j.devcel.2008.07.009 (2008).

2- Brunet, T. et al. Evolutionary conservation of early mesoderm specification by mechanotransduction in Bilateria. Nature communications 4, doi:10.1038/ncomms3821 (2013).

3- Mitrossilis, D., et al., Mechanotransductive cascade of Myo-II-dependent mesoderm and endoderm invaginations in embryo gastrulation. Nature communications, 8: p. 13883. (2017).

4- Fernandez-Sanchez, M. E. et al. Mechanical induction of the tumorigenic beta-catenin pathway by tumour growth pressure. Nature 523, 92-95, doi:10.1038/nature14329 (2015).

http://umr168.curie.fr/fr/equipe-Farge

http://cvscience.aviesan.fr/cv/818/emmanuel-farge

2019/01/15 – Stage ingénieur / Master2 : Développement de séquences d’IRM de diffusion pour sonder la cytoarchitecture du cortex cérébral

L’équipe Microstructure de l’unité d’IRM et de Spectroscopie (UNIRS) de Neurospin a pour mission de proposer de nouvelles méthodes de cartographie de la cytoarchitecture (ie organisation cellulaire) du cortex cérébral in vivo, fondées sur l’IRM du processus de diffusion de l’eau qui permet de réaliser de véritables « biopsies » non invasives du tissu cérébral.
Les séquences d’IRM pondérées en diffusion, équipant actuellement le plateau technique des IRM de NeuroSpin, ne disposent pas de certaines fonctionnalités permettant d’exploiter de manière approfondie l’ensemble des approches mises au point par les chercheurs de l’équipe.
Citons par exemple :
- la modularité du schéma d’encodage du processus de diffusion limité au module Pulsed Gradient Spin Echo alors qu’il conviendrait de disposer de modules permettant d’implémenter les approches de type OGSE, T-OGSE, Arbitrary Gradient SE ou encore Steady State Free Precession versus Spin Echo,
- la modularité du schéma de lecture du signal : echoplanaire 2D ou 3D, avec ou sans option multishot, présence ou non d’imagerie parallèle et/ou multibande, utilisation d’approches tirant partie de la parcimonie du signal ou non, - la modularité des préparations du signal : inversion récupération, saturation efficace ou sélection de champ de vue, suppression du signal de graisse.
- la prise en compte du niveau de bruit acoustique afin de le réduire au maximum, et ce d’une part pour améliorer le confort du sujet, mais aussi pour faciliter l’imagerie pédiatrique,
- la capacité de reconstruction en ligne des cartographies de la microstructure issue des approches d’apprentissage profond proposées par l’équipe Microstructure.
Ce stage vise donc au développement d’une séquence d’imagerie de diffusion propriétaire intégrant l’ensemble des fonctionnalités citées précédemment, et de démontrer l’apport de la séquence ainsi développée dans le cadre d’une application chez le sujet sain visant à l’établissement d’une cartographie de la cytoarchitecture du cortex cérébral et de la microstructure de la substance blanche.
Au cours du stage, le candidat :
- se formera à la manipulation et à la programmation des IRM cliniques du centre NeuroSpin,
- réalisera le développement d’une séquence d’IRM de diffusion propriétaire,
- validera le bon fonctionnement de la séquence sur fantômes d’imagerie,
- participera à la mise en place d’un protocole d’imagerie à 3T chez l’homme et à l’acquisition d’une cohorte de données d’IRM de diffusion visant à cartographier la cytoarchitecture,
- analysera les données acquises afin de mettre en place la méthodologie visant à établir un premier atlas de la cytoarchitecture de la substance blanche et du cortex cérébral.
Ce sujet s’inscrit naturellement dans une démarche qui permettra au candidat de poursuivre en thèse au sein de l’équipe s’il remplit les critères d’aptitude à la recherche.

2019/01/11- Postdoctoral fellowship in neuro oncology image analysis

Glioblastoma multiforme (GBM) is a lethal disease because of a constant relapse. Among the salvage treatments, hypofractionnated stereotactic reirradiation (hFSRT) is one of the main options. Because irradiation induces a vaccine effect, a partner to this project (team of Elizabeth Moyal based in Toulouse) designed and developed a national PhaseI/II clinical trial randomizing hFSRT versus hFSRT associated with the anti-PDL1 Durvalumab. This trial includes a longitudinal follow-up of patients by multiparametric MR imaging.

The aim of this project is to find predictive imaging biomarkers able to i) discriminate between tumor progression and pseudoprogression and ii) to early detect local tumor relapse in the context of hSFRT and Durvalumab treatment combination. This project will imply to use the most advanced image analysis approaches to automatically extract imaging biomarkers from multiparametric MRI dataset. In the context of MRI and GBMs, the most promising image analyses techniques to quantify the evolution of the intratumor heterogeneity are the voxel-by- voxel, the cluster, the texture (Radiomics approaches) and the deep learning analyses.

Contract: Between 30 and 36 months (depending of experience), start April 1st 2019

2018/12/14 – Ingénieur(e) en imagerie – UFR de Médecine

Un poste d'ingénieur (e) en imagerie est à pourvoir au sein de la Fédération de Recherche en Imagerie Multimodalité (FRIM). Récemment labellisée par l'Inserm US-34 et membre de l'infrastructure nationale France Life Imaging (FLI), cette plateforme propose une offre technologique de pointe en imagerie multimodale, en développant depuis 5 ans une recherche de haut niveau en imagerie fonctionnelle et moléculaire. Elle développe une approche translationnelle innovante entre le domaine préclinique et clinique, offre une ouverture importante sur le développement des interfaces académiques et industrielles. Elle comprend deux IRM 7T, une SPECT/CT, une TEP/IRM et un échographe, l'ensemble dédié au petit animal. Cette plateforme s'appuie sur les savoirs de plusieurs unités Inserm du site dont les thématiques d'organe principales sont l'hépatologie et la pathologie digestive (U1149 - CRI) et le cardio-vasculaire pour l'autre (U1148 - LVTS). Elle offre également une expertise sous la forme de collaborations ou de prestations à des équipes externes et des industriels.

Descriptif de la mission du poste
- Vous possédez une expertise dans l'imagerie nucléaire ou l'IRM et avez une réelle envie de vous investir dans la multimodalité ;
- Vous aurez la responsabilité du fonctionnement optimal et du développement de la plateforme sur le plan de l'instrumentation et du traitement d'images, dans ses composantes actuelles et futures, en particulier autour de l'imagerie hybride TEP-IRM ;
- Vous conduirez un projet de recherche scientifique principalement centré sur le développement de l'imagerie multimodale et les corrections physiques à appliquer en imagerie hybride TEP-IRM. Ce travail sera mené en collaboration avec les équipes INSERM locales et avec des partenaires extérieurs.
- Vous concevrez et développerez des approches méthodologiques en imagerie sur petit animal. Vous serez l'interlocuteur/rice privilégié.e de l'ensemble des utilisateurs de la plateforme technologique, qu'ils soient académiques ou industriels.

Activités principales
- Maintenir et optimiser les technologies existantes au sein de la plateforme.
- Mettre en œuvre les technologies innovantes dans le cadre de l'imagerie du petit animal, en relation avec les projets des utilisateurs ou des partenaires. En établir le cahier des charges technologiques des protocoles.
- Participer à des projets de développement technologique de l'imagerie du petit animal par imagerie nucléaire et IRM
- Prendre en charge la veille scientifique et technologique relative à l'imagerie du petit animal et en assurer la diffusion.
- Conseiller les utilisateurs et les partenaires sur les possibilités et limites des techniques disponibles en étroite collaboration avec les chercheurs et médecins.
- Assurer des activités de formation afin de garantir le transfert technologique auprès des utilisateurs et partenaires scientifiques.
- Gérer les relations avec les industriels pour assurer les maintenances et les développements technologiques.
- Piloter la mise en œuvre la démarche qualité.
Activités associées
- Participer à la diffusion et la valorisation des résultats et des développements technologiques de la plateforme.
- Participer à des réseaux professionnels d'échange de savoirs et de savoir-faire.
- Appliquer et faire appliquer en situation de travail les réglementations du domaine en matière d'éthique, d'hygiène et de sécurité.
- Utiliser des logiciels en rapport avec le pilotage des instruments ou l'acquisition, le traitement et l'analyse des données.
- Suivre la bonne application des contrats avec les partenaires et fournisseurs.
- Adapter des contenus pédagogiques au niveau et aux attentes de ses interlocuteurs
Description du profil recherché
Outils spécifiques à l'activité
- Logiciels constructeurs (Mediso, Bruker, etc.) d'acquisition et de reconstruction des données
- Traitement d'image : logiciel PMOD
- Gestion qualité : Benchsys

2018/11/27- Post-Doctorat en traitement d’images médicales à Paris

Un Post-doctorat d’un an est disponible au PARCC-HEGP (PARIS) pour évaluer la fonction porte à partir de la fonction aortique et obtenir la perfusion hépatique en condition d’acquisition dégradée par le mouvement.

Contexte et profil recherché :
Dans le cadre de son activité de recherche et développement de modélisation et d’analyse de la micro-circulation des tissus par Imagerie par Résonance Magnétique (IRM), le laboratoire recrute un Post-Doctorant (H/F) en traitement d’images à orientation médicale.
Le (la) candidat (e) disposera d'une expérience significative en mathématiques et informatique appliquées et des connaissances approfondies en analyse d’image, propriétés statistiques des images, recalage, « dé-bruitage » etc. Par ailleurs, une maîtrise des environnements techniques Matlab ou Python, est requise.

Les missions confiées au Post-Doctorant (e) seront :
• Analyse de signal au niveau du foie et des vaisseaux larges. Détection automatique ou semi-automatique des clusters de voxels de même cinétique après injection de produit de contraste.
•Développement d’algorithmes permettant d’inférer le comportement cinétique au sein d’un vaisseau (tronc porte) à partir du comportement cinétique au sein des vaisseaux artériels (aorte).
•Validation des algorithmes à partir d’acquisitions déjà obtenus in vivo dans notre laboratoire.
•Aide au portage des algorithmes dans le système final (intégration dans le logiciel Myriam d’Intrasens).
•Rédaction des documents techniques (Document de conception, de validation, etc.).

2018/10/02- Post-doctoral position: MR-Guided Focused Ultrasound in experimental model (18 months)

A full-time18-month postdoctoral position is available at the Center for Neuroimaging Research (CENIR) at ICM (Paris) in collaboration with the Institut Langevin (Paris) and the Neurodegenerative Diseases Research Group (Barcelona, Spain) to work on a new project recently funded by the Agence Nationale pour la Recherche (ANR) untitled “Focused ultrasound modulation of neuromelanin (NM) accumulation in a humanized murine model of Parkinson’s disease (PD)”. The goal of the project is to evaluate whether transcranial focused ultrasound (tFUS), an emerging non-invasive technology, can lower NM levels below their pathogenic threshold in NM-producing PD experimental models and prevent, halt or delay neuronal dysfunction and degeneration. If successful, this proposal will lay the groundwork for the development of a novel disease-modifying therapy for PD based on the modulation of NM levels with tFUS. CENIR is the ICM’s neuroimaging platform directed by Pr. Stéphane Lehéricy. This imaging facility consists primarily of human MRI scanners (3T), a small animal MRI scanner (Bruker Biospec 117/16 USR) equipped with an Image Guided Therapy (IGT) ultrasound system, and MEG, EEG, TMS and PET/MRI systems to study brain structure and function in normal and pathological conditions. Institut Langevin is expert in focused ultrasound technology (Drs. Jean-Francois Aubry and Michael Tanter).
The overall project will involve transversal collaborations between experts in PD, experimental models, MRI and ultrasounds, cellular imaging and histology within and outside the Institute. Pr. Miquel Vila is the principal investigator at the Neurodegenerative Diseases Research Group (Barcelona, Spain) and has developed the NM-producing PD experimental models.
The post-doctoral fellow will be involved in methodological developments of this new approach to trigger and enhance NM clearance. In this framework, the candidate will oversee the acquisition and analysis of data at 11.7T in murine model of Parkinson’s disease. He/She might also be involved in behavioral and histological studies.

Recruitment starting date: October 2018

2018/07/05 – PhD student – Functional Renal Magnetic Resonance Imaging, Geneva

You will be responsible for the acquisition and analysis of renal MRI exams in chronic kidney patients scheduled before their renal biopsy in the 2 centers (Geneva and Lausanne) in collaboration with Dr Menno Pruijm and Pr H. Thoeny. You will develop MR pulse sequences and reconstruction algorithms as well as work on the optimisation of a multiparametric renal MR acquisition protocol. Using the expertise available in the EU COST network, advanced analysis tools in this patient cohort will also be developed. You will work closely with radiologists and nephrologists to interpret the data. You will be located in Geneva but you will travel once a week to Lausanne and Fribourg according to the patient recruitment.

Four year PhD program, full time position, starting in September 2018.

2018/ 06 /28- Research Associate in Medical Image Research (48 months)

SPCCT research Associate in Medical Image Research position requires an individual who is professional, self-learner, with can-do approach, team player with good communication skills. In this role, you will be part of an international research team that is developing a new spectral photon counting CT system (SPCCT).
Responsibilities :
Responsible for preclinical and clinical project of the SPCCT and the IQon system:
- Coordinate and execute research plans performed on both systems.
- Organize all experimental Animal and Human studies described in the European Project Horizon 2020 involving the SPCCT and IQon according to the relevant French, European Union and International legislations (ethical committee, IRB etc)
- Assist scanning of humans when part of clinical research projects
- Conduct quality assurance for scanner performance; identify and escalate system problems to appropriate staff
- Managing all images transferred/stored in PACS or other archival systems

2018/06/13 – CDD Spécialiste en traitement des images RMN

Au sein du laboratoire de RMN du Neuromuscular Investigation Center, vous serez en charge des aspects de post‐traitement des données, autant pour le développement de nouvelles techniques que pour la mise en place de méthodes fiables pour le suivi des patients.
Missions:
Développer ou améliorer des méthodes de post‐traitement d’imagerie par RMN pour  le cas spécifique des muscles. 
Contribuer  à  l’amélioration  des  techniques  d’acquisition,  notamment  par  l’implémentation  de  méthodes  modernes  de  reconstruction  d’images  de  type  compressed sensing et fingerprinting. 
Garantir la qualité des mesures réalisées dans le cadre d’études cliniques par la mise en place et le maintien d’outils informatiques pour le suivi des patients par des méthodes quantitatives.  

CDD temps plein de 18 mois

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