Emploi

Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.

Liste des annonces

2019/06/19 – Intravital imaging of infection at the Institut Pasteur

Infectious diseases leading to colonization of the blood by the infectious agent are a major burden to society and lead to a wide array of devastating clinical manifestations including septic shock, hemorrhagic syndromes and infection of the brain (meningitis). The main goal of the proposed project is to decipher the pathophysiological processes underlying these infections focusing on the innate immune response to intravascular colonization by the bacterium Neisseria meningitidis. A xenograft-based humanized mouse model of infection by this bacterium will enable in vivo characterization of the innate immune response (Bonazzi et al. and Melican et al.). The experimental approach will be based in particular on dedicated in-house spinning disk confocal microscopy-based intravital imaging allowing fast, high resolution multicolor imaging.

Bonazzi D, Lo Schiavo V, Machata S, Djafer-Cherif I, Nivoit P, Manriquez V, Tanimoto H, Husson J, Henry N, Chaté H, Voituriez R, Duménil G (2018) Intermittent pili-mediated forces fluidize Neisseria meningitidisaggregates promoting vascular colonization. Cell 174, 1–13, June 28, 2018.
Melican K, Michea Veloso P, Martin T, Bruneval P, Dumenil G (2013) Adhesion of Neisseria meningitidis to dermal vessels leads to local vascular damage and purpura in a humanized mouse model. PLoS Pathog 9: e1003139.

2019/05/23 – Doctorat en imagerie biomédicale : IRM quantitative de la stéatohépatite non alcoolique

Dans le contexte du projet de recherche hospitalo-universitaire « QUID-NASH », l’équipe « LBI, Laboratoire des Biomarqueurs en Imagerie » du Centre de Recherche sur l’Inflammation (CRI, UMR 1149 Inserm - Université de Paris, Bichat) ouvre au recrutement un poste de doctorat en imagerie.

Sujet:
Le sujet de thèse porte sur le développement de la stéatohépatite non alcoolique et vise à étudier l’importance de la mécanotransduction dans l’inflammation et la fibrogenèse. Ce travail se situe dans le cadre du projet QUID-NASH qui porte sur le développement de marqueurs multi-omiques de la stéatohépatite non alcoolique dans le diabète. Dans le cadre du groupe de travail préclinique, le doctorant participera aux acquisitions en IRM multiparamétrique à 7T (relaxométrie, élastographie, quantification et caractérisation de la graisse) dans des modèles murins d’hépatopathies stéatosiques. Ces acquisitions visent à établir des biomarqueurs d’imagerie pour le diagnostic et la caractérisation de la stéatohépatite non-alcoolique chez la souris. Le doctorant sera en charge du traitement des données d’imagerie. Il devra également prendre en charge la collection de tissus et procéder à leur analyse morphométrique et biologique, en relation avec les plateaux techniques du site. Le projet se fera en parallèle du bras clinique du projet QUID-NASH, avec lequel de nombreux transferts technologiques seront menés. La formation d’expérimentation animale de niveau « Concepteur » sera proposée.

2019/05/23 – Post-doctorat en IRM quantitative de la stéatohépatite non-alcoolique

Dans le contexte du projet de recherche hospitalo-universitaire « QUID-NASH », l’équipe « LBI, Laboratoire des Biomarqueurs en Imagerie » du Centre de Recherche sur l’Inflammation (CRI, UMR 1149 Inserm - Université de Paris, Bichat) ouvre au recrutement un poste de postdoctorant en IRM.

Contexte et objectifs:
Les patients atteints de diabète de type 2 peuvent présenter une stéatohépatite non alcoolique (ou NASH), une pathologie où l’inflammation et la fibrose jouent un rôle prépondérant. L’IRM quantitative est un outil potentiellement essentiel pour le diagnostic de la NASH, de par les informations qu’elle permet de recueillir sur ces modifications tissulaires. Au sein de notre laboratoire, le projet QUID-NASH a pour but de développer et valider des biomarqueurs multimodaux non-invasifs pour la NASH, créant ainsi une biopsie hépatique virtuelle. En particulier, l’IRM sera utilisée pour mesurer les propriétés mécaniques, quantifier et caractériser la graisse, estimer le coefficient de diffusion et les temps de relaxation T1 et T2 dans le foie de patients et d’animaux atteints d’hépatopathies stéatosiques. Les paramètres IRM seront combinés avec des paramètres d’échographie-Doppler ultrarapide. Une analyse radiomique et par réseaux neuronaux des données d’imagerie ainsi qu’une intégration avec les données de biomiques seront également menées au sein du projet. Le candidat aura un rôle essentiel dans les études précliniques et cliniques du projet QUID-NASH. Il développera et optimisera des méthodes avancées d’acquisition IRM et de traitement des données. Il s’assurera de la rigueur des conditions d’étude des projets de recherche clinique et préclinique, en interagissant avec les cliniciens et scientifiques impliqués dans le projet.

Recrutement :
Le poste est prévu pour une durée initiale de 12 mois, renouvelable.

2019/05/20 – Poste IE – Ingénieur-e en ingénierie logicielle – CAMPAGNE NOEMI Printemps 2019


Le CRMBM est spécialisé dans le développement et l'application de méthodes et d'instruments de Résonance Magnétique pour l'exploration morphologique, métabolique et fonctionnelle des systèmes nerveux, cardio-vasculaires et musculo-squelettiques chez l’homme et dans des modèles animaux (rongeurs). Le CRMBM est équipé de 3 imageurs IRM précliniques et 3 imageurs IRM cliniques de recherche. L'activité professionnelle sera exercée dans un contexte multidisciplinaire au sein du laboratoire à l'interface entre la recherche fondamentale et la recherche clinique en impliquant de nombreux partenaires académiques, hospitaliers et industriels français et étrangers. L’unité est équipée d'un parc informatique important et hétérogène (Linux, Windows, Mac). L’agent viendra renforcer le pôle informatique du CRMBM composé actuellement de trois membres permanents, chefs de projets et/ou experts en calcul-scientifique. L’agent sera co-encadré par le responsable du pôle informatique (IR CNRS) et la directrice adjointe du CRMBM (IR CNRS). L’agent travaillera en support des projets des équipes de recherche avec l’objectif de fournir une aide technique répondant aux besoins informatiques des différents chercheurs du laboratoire. Il/elle partagera la responsabilité des tâches d’administration système et réseau ainsi que la supervision des serveurs de données et contrôleurs de domaine.

Missions :
Le/La candidat(e) spécialiste en ingénierie logicielle assurera la mise à disposition d’applications et logiciels dédiés au traitement des données acquises par imagerie et spectrométrie par résonance magnétique. Sa principale mission sera focalisée sur le déploiement d’outils existants et la mise en place de nouvelles chaînes de post-traitements « automatisés » dans le domaine de l’analyse d’images acquises en IRM. Sa seconde mission sera d’aider à la gestion et au développement des ressources informatiques du laboratoire avec une forte implication dans les problématiques d'archivage, de sécurisation des données ainsi que dans la réorganisation et la maintenance de la base de données d’imagerie du laboratoire.

Activités :
Traitement du signal et de l'image :
- Développer des chaînes de post-traitements dans le domaine du traitement (notamment de la segmentation et du recalage) d’images multimodalitaires acquises sur l’homme ou l’animal.
- Déployer des outils dédiés à l’analyse de groupes et au suivi longitudinal
- Participer à l’optimisation de méthodes de segmentation connues (basées sur des atlas), et aux phases de tests et de validation (approches par atlas, multi-atlas, deep-learning/CNN)
- Former les utilisateurs / Séminaires internes

Gestion des ressources informatiques du laboratoire:
- Suivre la volumétrie des serveurs de stockage
- Créer des comptes (AD windows) et gestion des droits utilisateurs (Unix/ACL)
- Mettre à jour de systèmes Linux/Windows, gestion d’une grille de calcul Linux (distribution de processus) - Assister les utilisateurs avec les autres membres du service informatique (gestion par ticket)
- Gérer des switchs réseau (brassage de prises) - Étudier et demander des devis pour achat informatique.

Pour plus d’informations sur le profil :
http://crmbm.univ-amu.fr/jobs/poste-ie-ingenieur-e-ingenierie-logicielle-campagne-noemi-printemps-2019/
NUMERO NOEMI : P56002
La campagne se déroule jusqu'au 28 mai 2019 inclus.

2019/05/14 – Chef de projet dispositif médical et imagerie médicale F/H (CDI)

Le chef de projet dispositif médical et imagerie médicale (F/H) travaillera sous la responsabilité du Pilote du Processus du Transfert, sera en charge du montage et de l’exécution de la maturation technico-économique et juridique des projets de transfert (managérial, financier et technique) et contribuera à la détection et la qualification des inventions des chercheurs des associés de la société, obtenus seuls ou en collaboration avec des tiers privés.
Activités principales:
Détecter les projets : Contribuer à la détection des projets d’invention des chercheurs du périmètre des associés
Gérer de manière opérationnelle, des projets de transfert : Gestion technico-économique en lien étroit avec le chercheur porteur du projet, le business developer, le marketeur, l’ingénieur PI, la juriste PI et le Responsable de la BU Santé ; Pilotage et planification de l’exécution du projet (réunions, comité pilotage, livrables, go/no go, reporting projet) selon les impératifs de délai, coût et qualité en garantissant la traçabilité de l’information ; Evaluation des risques et proposition d’actions correctives nécessaires à l’aboutissement ou à l’arrêt du projet ; Préparation du volet technique du dossier de négociation et des due diligences ;
Recruter/superviser : Coordination et supervision des ingénieurs maturation en charge des développements techniques au sein des laboratoires de recherche des associés ;
Négocier d’un point de vue technique et financier : Sélection des fournisseurs / prestataires et contrôle de la réalisation de l’intervention, des livrables ; Elaboration du programme de développement de la maturation sur les aspects techniques, financiers et organisationnels des dossiers d’investissements à partir du cahier des charges fonctionnel, des besoins du marché et des ressources mobilisables chez les associés et en externe ;
Etre force de proposition : Analyser, proposer et suivre la stratégie de protection des dossiers d’invention sur les aspects scientifiques ; Contribuer à la rédaction des titres de propriété intellectuelle et aux réponses des phases d’examen; Participer aux activités de prestation de la direction du transfert en lien avec les autres processus de la société ; Participer à la construction et à l’amélioration des procédures de la direction du transfert en étant force de proposition.
Type de contrat : C.D.I
Statut : CADRE
Durée hebdomadaire du travail : 35h00
Prise de poste : Dès que possible

2019/05/02 – PhD student Biomedical Imaging or (Bio-) Chemistry (f/m/d) in Tübingen, Germany

We are seeking a highly motivated PhD student - Biomedical Imaging or (Bio-) Chemistry (f/m/d) with practical experience in preclinical imaging, hyperpolarized MR metabolism, and quantitative analysis of imaging data. The position (65 %) is initially limited to 1 year with the plan for further extension.

The main roles of this post are to study the function of the microenvironment in current cancer therapies, identify relevant metabolic biomarkers in cancer (and neurology), develop and validate new PET/MRI sensors and collaborate closely with researchers from other lead centers towards delivering the goals of the partnerships.

Interested candidates should apply with a complete CV (including photograph and date of birth), all certificates and grades of University educations and potential jobs/interns as well as the names and contact details of at least one referee (former professor/advisor/mentor).
Interview expenses are not covered.

Application deadline: 01.06.2019.
RESEARCHER PROFILE : First Stage Researcher (R1)
TYPE OF CONTRACT: Temporary
JOB STATUS: Part-time
HOURS PER WEEK: 25

For more information visit the websites below:

http://www.e-smi.eu/index.php?id=vacancies

https://www.ismrm.org/career-center/graduate-positions/

https://euraxess.ec.europa.eu/jobs/398885

2019/04/24 – Ingénieur qualité (CDD 12 mois) – Marseille

L'ingénieur qualité est chargé de mettre en place un système de management de la qualité, en étroite collaboration avec l’équipe, au sein de l’Unité Mixte de Service CERIMED.
Sous la supervision de la secrétaire générale, l’ingénieur qualité réalise les actions nécessaires à l’obtention de la certification ISO 9001. Il participe à la réflexion sur la mise en conformité aux BPL (Bonnes Pratiques de Laboratoire) et conduit les premières étapes de cette démarche.

o Activités principales
Mise en place d’un système de management de la qualité selon les exigences de la norme ISO 9001 en vue de la certification du CERIMED
- Etablir un état des lieux de l’activité et de son fonctionnement
- Constituer une cellule qualité pour la conception et la mise en œuvre du système qualité en identifiant les rôles clés de la démarche. Animer les réunions de travail.
- Structurer et formaliser les processus qualité sur le domaine d’application de la démarche y compris pour les activités support telles que la veille réglementaire.
- Mettre en place la gestion documentaire : règles de gestion des documents et enregistrements, conception et rédaction des documents (procédures et logigrammes, tableaux de suivi…)
- Etablir des outils de mesure et de surveillance du système qualité (objectifs, indicateurs…).
- Mettre en place la gestion des risques et proposer des actions d’amélioration.
- Organiser des audits internes en vue de la certification ISO 9001.

o Activités secondaires
Intégration des exigences BPL dans le système de management de la qualité du CERIMED
- Contribuer à l’élaboration d’un plan d’actions pour la mise en conformité aux BPL
- Réaliser les premières étapes nécessaires à la démarche BPL
- Planifier et mettre en œuvre l’application des exigences BPL dans le système de management de la qualité

Expérience : 3-4 années
Date d'embauche prévue : avant 1/07/2019

2019/04/23 – PhD student – Improving the estimation of dynamic parameters in PET imaging for breast cancer / Dijon

18F-Fluorodeoxyglucose (FDG) Positron Emission Tomography (PET) is a gold standard for the evaluation of tumour metabolism and is now widely used in medical oncology for cancer detection, staging, and more recently therapy monitoring. The concomitant evaluation of tumour perfusion and tumour metabolism is promising for the monitoring of new therapies targeting both tumour perfusion and viability. However, the development of dynamic FDG PET in clinical practice is challenging, due to the poor spatial resolution and signal to noise ratio of dynamic PET images. For example, classical reconstruction algorithms (MLEM) have shown to produce bias in short-duration frames in dynamic PET studies. Such a bias is very problematic for quantitative imaging, particularly when trying to derive an image-derived input function. Currently, both the acquisition procedure and the analysis methodology need to be improved in order to find robust and reproducible PET-based biomarkers that could be useful for the early evaluation of treatment response.

The main objectives of this project are to improve the methods of dynamic FDG PET acquisition and analysis with a new digital PET system. More specifically, it will focus on:
• Simulating pairs of dynamic pristine and PET-like images to mimic the new digital PET system.
• Developing a deep learning algorithm to denoise the dynamic PET-like images.
• Validating the developed denoising technique with the real 4D PET images currently obtained in clinical routine.
• Analysing the image data through textural features (TF) to describe global and local heterogeneities for both perfusion and metabolism.
• Using the TF analysis to predict the evaluation of treatment response with machine learning techniques.

Duration of studentship: 3 years.
Closing date: Monday 13 May 2019.

2019/04/04 – Thèse : « Etude de la saccade oculaire chez l’Homme par neuroimagerie multi-modale » à Grenoble

Contexte Scientifique :
L’analyse d’une scène visuelle par un observateur humain implique de nombreux mécanismes corticaux et sous-corticaux encore mal connus. Si une très grande majorité des études se concentre sur la fixation oculaire (stabilisation de l’oeil) pour en comprendre sa position spatiale et sa durée lorsque l’on explore une scène visuelle, la saccade oculaire (mouvement rapide) est alors négligée et interprétée comme un simple intervalle de transition entre des fixations successives. Le point de vue dual quant à lui, place la saccade oculaire au coeur du processus actif d’exploration de la scène, où il faut trois - quatre fois par seconde, planifier "quand" et "vers où" déplacer le regard puis exécuter ce mouvement d’une fixation à une autre.
Lors de ce travail de thèse, un focus sera fait sur la programmation de la saccade (vers où et quand déplacer le regard) mais aussi la perception visuelle durant la saccade (intra-saccadique) ; ce second aspect ayant peu été étudié.

Tâches :
La saccade oculaire sera étudiée à l’aide de deux techniques complémentaires de Neuroimagerie non invasives : IRM fonctionnelle (IRMf) et électro-encéphalographie (EEG). Durant la première année de la thèse, il s’agira de mettre en place la méthode de localisation de sources EEG informée par l’IRM/IRMf à partir de l’algorithme développé au laboratoire (Samadi, Soltanian-Zadeh, & Jutten, 2016) et de l’évaluer sur des jeux de données standard, issus de "locolisers". Le principe général de la méthode est d'effectuer en séquence la même expérience en IRMf et en EEG de façon à pouvoir bénéficier d'un alignement temporel des données provenant des deux modalités. Cette méthodologie de localisation de sources (voir figure ci-contre) sera ensuite appliquée pour l’analyse de données expérimentales spécifiques pour l’étude de la saccade oculaire : tâche de choix saccadique (Crouzet, Kirchner, & Thorpe, 2010; Kauffmann, et al. 2019) et perception intra-saccadique (Castet, Masson, 2000). Ces deux expériences ont déjà été répliquées au GIPSA-lab avec l’acquisition conjointe des signaux EEG et oculométriques.

Bibliographie :
Samadi, S., Soltanian-Zadeh, H., Jutten, C. (2016). Integrated Analysis of EEG and fMRI Using Sparsity of Spatial Maps. Brain Topographic, 29(5):661-678. doi:10.1007/s10548-016-0506-2 Castet, E., Masson, G.S. (2000). Motion perception during saccadic eye movements. Nature Neuroscience, 3(2):177-183. doi:10.1038/72124 Crouzet, S.M., Kirchner, H., & Thorpe, S.J. (2010). Fast saccades toward faces: Face detection in just 100 ms. Journal of Vision, 10(4):16. doi:10.1167/10.4.16. Kauffmann, L., Peyrin, C., Chauvin, A, Entzmann, L., Breuil, C., Barthelme, S., Guyader, N. (2019). How do face stimuli influence the programming of saccades? Analysis of saccade amplitude and accuracy. Scientific reports, Scientific Reports, 9: 560. doi: 10.1038/s41598-018-36510-0.

2019/03/12 – Poste de chercheur ouvert en mobilité

Le groupe “Mécanique et Génétique du Développement Embryonnaire et Tumoral” a développé des outils magnétiques permettant de mimer quantitativement des mouvements morphogénétiques embryonnaires dans des contextes déficients (1,2,3), ou des pressions de croissance tumorale (3), in vivo. La mise en œuvre de ces technologies (en collaboration avec Christine Ménager, Phenix-U-Sorbonne), couplées au sein du groupe aux technologies de la génétique inhérentes aux systèmes embryonnaires ou tumoraux étudiés, et aux techniques d’imagerie ultrasonores (en collaboration avec Mickael Tanter, Physique pour la Médecine), ont permis de montrer la régulation mécanique de la différentiation des tissus embryonnaires précoces, et la participation des contraintes de pression de croissance tumorales (4) à la dérégulation biochimique tumorigène, in vivo.

Composé actuellement, en membres permanents, de 3 biologistes et d’un physicien, le groupe souhaite renforcer ses forces d’un membre permanent, formé à la physique et/ou à l’imagerie, dans le cadre de ces thématiques. Il bénéficie pour cela d’un poste Inserm ouvert à la mobilité interne dans l’équipe, une procédure mobilité interne au sein du Cnrs pouvant aussi être envisagée.

1- Desprat, N., Supatto, W., Pouille, P.-A., Beaurepaire, E. & Farge, E. Tissue deformation modulates twist expression to determine anterior midgut differentiation in Drosophila embryos. Developmental Cell 15, 470-477, doi:10.1016/j.devcel.2008.07.009 (2008).

2- Brunet, T. et al. Evolutionary conservation of early mesoderm specification by mechanotransduction in Bilateria. Nature communications 4, doi:10.1038/ncomms3821 (2013).

3- Mitrossilis, D., et al., Mechanotransductive cascade of Myo-II-dependent mesoderm and endoderm invaginations in embryo gastrulation. Nature communications, 8: p. 13883. (2017).

4- Fernandez-Sanchez, M. E. et al. Mechanical induction of the tumorigenic beta-catenin pathway by tumour growth pressure. Nature 523, 92-95, doi:10.1038/nature14329 (2015).

http://umr168.curie.fr/fr/equipe-Farge

http://cvscience.aviesan.fr/cv/818/emmanuel-farge

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