FLI
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2019/01/15 – Stage ingénieur / Master2 : Développement de séquences d’IRM de diffusion pour sonder la cytoarchitecture du cortex cérébral
L’équipe Microstructure de l’unité d’IRM et de Spectroscopie (UNIRS) de Neurospin a pour mission de proposer de nouvelles méthodes de cartographie de la cytoarchitecture (ie organisation cellulaire) du cortex cérébral in vivo, fondées sur l’IRM du processus de diffusion de l’eau qui permet de réaliser de véritables « biopsies » non invasives du tissu cérébral.
Les séquences d’IRM pondérées en diffusion, équipant actuellement le plateau technique des IRM de NeuroSpin, ne disposent pas de certaines fonctionnalités permettant d’exploiter de manière approfondie l’ensemble des approches mises au point par les chercheurs de l’équipe.
Citons par exemple :
- la modularité du schéma d’encodage du processus de diffusion limité au module Pulsed Gradient Spin Echo alors qu’il conviendrait de disposer de modules permettant d’implémenter les approches de type OGSE, T-OGSE, Arbitrary Gradient SE ou encore Steady State Free Precession versus Spin Echo,
- la modularité du schéma de lecture du signal : echoplanaire 2D ou 3D, avec ou sans option multishot, présence ou non d’imagerie parallèle et/ou multibande, utilisation d’approches tirant partie de la parcimonie du signal ou non, - la modularité des préparations du signal : inversion récupération, saturation efficace ou sélection de champ de vue, suppression du signal de graisse.
- la prise en compte du niveau de bruit acoustique afin de le réduire au maximum, et ce d’une part pour améliorer le confort du sujet, mais aussi pour faciliter l’imagerie pédiatrique,
- la capacité de reconstruction en ligne des cartographies de la microstructure issue des approches d’apprentissage profond proposées par l’équipe Microstructure.
Ce stage vise donc au développement d’une séquence d’imagerie de diffusion propriétaire intégrant l’ensemble des fonctionnalités citées précédemment, et de démontrer l’apport de la séquence ainsi développée dans le cadre d’une application chez le sujet sain visant à l’établissement d’une cartographie de la cytoarchitecture du cortex cérébral et de la microstructure de la substance blanche.
Au cours du stage, le candidat :
- se formera à la manipulation et à la programmation des IRM cliniques du centre NeuroSpin,
- réalisera le développement d’une séquence d’IRM de diffusion propriétaire,
- validera le bon fonctionnement de la séquence sur fantômes d’imagerie,
- participera à la mise en place d’un protocole d’imagerie à 3T chez l’homme et à l’acquisition d’une cohorte de données d’IRM de diffusion visant à cartographier la cytoarchitecture,
- analysera les données acquises afin de mettre en place la méthodologie visant à établir un premier atlas de la cytoarchitecture de la substance blanche et du cortex cérébral.
Ce sujet s’inscrit naturellement dans une démarche qui permettra au candidat de poursuivre en thèse au sein de l’équipe s’il remplit les critères d’aptitude à la recherche.
2019/01/15 – Stage ingénieur / Master2 : Développement de séquences d’IRM de diffusion pour sonder la cytoarchitecture du cortex cérébral
L’équipe Microstructure de l’unité d’IRM et de Spectroscopie (UNIRS) de Neurospin a pour mission de proposer de nouvelles méthodes de cartographie de la cytoarchitecture (ie organisation cellulaire) du cortex cérébral in vivo, fondées sur l’IRM du processus de diffusion de l’eau qui permet de réaliser de véritables « biopsies » non invasives du tissu cérébral.
Les séquences d’IRM pondérées en diffusion, équipant actuellement le plateau technique des IRM de NeuroSpin, ne disposent pas de certaines fonctionnalités permettant d’exploiter de manière approfondie l’ensemble des approches mises au point par les chercheurs de l’équipe.
Citons par exemple :
- la modularité du schéma d’encodage du processus de diffusion limité au module Pulsed Gradient Spin Echo alors qu’il conviendrait de disposer de modules permettant d’implémenter les approches de type OGSE, T-OGSE, Arbitrary Gradient SE ou encore Steady State Free Precession versus Spin Echo,
- la modularité du schéma de lecture du signal : echoplanaire 2D ou 3D, avec ou sans option multishot, présence ou non d’imagerie parallèle et/ou multibande, utilisation d’approches tirant partie de la parcimonie du signal ou non, - la modularité des préparations du signal : inversion récupération, saturation efficace ou sélection de champ de vue, suppression du signal de graisse.
- la prise en compte du niveau de bruit acoustique afin de le réduire au maximum, et ce d’une part pour améliorer le confort du sujet, mais aussi pour faciliter l’imagerie pédiatrique,
- la capacité de reconstruction en ligne des cartographies de la microstructure issue des approches d’apprentissage profond proposées par l’équipe Microstructure.
Ce stage vise donc au développement d’une séquence d’imagerie de diffusion propriétaire intégrant l’ensemble des fonctionnalités citées précédemment, et de démontrer l’apport de la séquence ainsi développée dans le cadre d’une application chez le sujet sain visant à l’établissement d’une cartographie de la cytoarchitecture du cortex cérébral et de la microstructure de la substance blanche.
Au cours du stage, le candidat :
- se formera à la manipulation et à la programmation des IRM cliniques du centre NeuroSpin,
- réalisera le développement d’une séquence d’IRM de diffusion propriétaire,
- validera le bon fonctionnement de la séquence sur fantômes d’imagerie,
- participera à la mise en place d’un protocole d’imagerie à 3T chez l’homme et à l’acquisition d’une cohorte de données d’IRM de diffusion visant à cartographier la cytoarchitecture,
- analysera les données acquises afin de mettre en place la méthodologie visant à établir un premier atlas de la cytoarchitecture de la substance blanche et du cortex cérébral.
Ce sujet s’inscrit naturellement dans une démarche qui permettra au candidat de poursuivre en thèse au sein de l’équipe s’il remplit les critères d’aptitude à la recherche.
2019/01/11- Postdoctoral fellowship in neuro oncology image analysis
Glioblastoma multiforme (GBM) is a lethal disease because of a constant relapse. Among the salvage treatments, hypofractionnated stereotactic reirradiation (hFSRT) is one of the main options. Because irradiation induces a vaccine effect, a partner to this project (team of Elizabeth Moyal based in Toulouse) designed and developed a national PhaseI/II clinical trial randomizing hFSRT versus hFSRT associated with the anti-PDL1 Durvalumab. This trial includes a longitudinal follow-up of patients by multiparametric MR imaging.
The aim of this project is to find predictive imaging biomarkers able to i) discriminate between tumor progression and pseudoprogression and ii) to early detect local tumor relapse in the context of hSFRT and Durvalumab treatment combination. This project will imply to use the most advanced image analysis approaches to automatically extract imaging biomarkers from multiparametric MRI dataset. In the context of MRI and GBMs, the most promising image analyses techniques to quantify the evolution of the intratumor heterogeneity are the voxel-by- voxel, the cluster, the texture (Radiomics approaches) and the deep learning analyses.
Contract: Between 30 and 36 months (depending of experience), start April 1st 2019
2019/01/11- Postdoctoral fellowship in neuro oncology image analysis
Glioblastoma multiforme (GBM) is a lethal disease because of a constant relapse. Among the salvage treatments, hypofractionnated stereotactic reirradiation (hFSRT) is one of the main options. Because irradiation induces a vaccine effect, a partner to this project (team of Elizabeth Moyal based in Toulouse) designed and developed a national PhaseI/II clinical trial randomizing hFSRT versus hFSRT associated with the anti-PDL1 Durvalumab. This trial includes a longitudinal follow-up of patients by multiparametric MR imaging.
The aim of this project is to find predictive imaging biomarkers able to i) discriminate between tumor progression and pseudoprogression and ii) to early detect local tumor relapse in the context of hSFRT and Durvalumab treatment combination. This project will imply to use the most advanced image analysis approaches to automatically extract imaging biomarkers from multiparametric MRI dataset. In the context of MRI and GBMs, the most promising image analyses techniques to quantify the evolution of the intratumor heterogeneity are the voxel-by- voxel, the cluster, the texture (Radiomics approaches) and the deep learning analyses.
Contract: Between 30 and 36 months (depending of experience), start April 1st 2019
2018/12/14 – Ingénieur(e) en imagerie – UFR de Médecine
Un poste d'ingénieur (e) en imagerie est à pourvoir au sein de la Fédération de Recherche en Imagerie Multimodalité (FRIM). Récemment labellisée par l'Inserm US-34 et membre de l'infrastructure nationale France Life Imaging (FLI), cette plateforme propose une offre technologique de pointe en imagerie multimodale, en développant depuis 5 ans une recherche de haut niveau en imagerie fonctionnelle et moléculaire. Elle développe une approche translationnelle innovante entre le domaine préclinique et clinique, offre une ouverture importante sur le développement des interfaces académiques et industrielles. Elle comprend deux IRM 7T, une SPECT/CT, une TEP/IRM et un échographe, l'ensemble dédié au petit animal. Cette plateforme s'appuie sur les savoirs de plusieurs unités Inserm du site dont les thématiques d'organe principales sont l'hépatologie et la pathologie digestive (U1149 - CRI) et le cardio-vasculaire pour l'autre (U1148 - LVTS). Elle offre également une expertise sous la forme de collaborations ou de prestations à des équipes externes et des industriels.
Descriptif de la mission du poste
- Vous possédez une expertise dans l'imagerie nucléaire ou l'IRM et avez une réelle envie de vous investir dans la multimodalité ;
- Vous aurez la responsabilité du fonctionnement optimal et du développement de la plateforme sur le plan de l'instrumentation et du traitement d'images, dans ses composantes actuelles et futures, en particulier autour de l'imagerie hybride TEP-IRM ;
- Vous conduirez un projet de recherche scientifique principalement centré sur le développement de l'imagerie multimodale et les corrections physiques à appliquer en imagerie hybride TEP-IRM. Ce travail sera mené en collaboration avec les équipes INSERM locales et avec des partenaires extérieurs.
- Vous concevrez et développerez des approches méthodologiques en imagerie sur petit animal. Vous serez l'interlocuteur/rice privilégié.e de l'ensemble des utilisateurs de la plateforme technologique, qu'ils soient académiques ou industriels.
Activités principales
- Maintenir et optimiser les technologies existantes au sein de la plateforme.
- Mettre en œuvre les technologies innovantes dans le cadre de l'imagerie du petit animal, en relation avec les projets des utilisateurs ou des partenaires. En établir le cahier des charges technologiques des protocoles.
- Participer à des projets de développement technologique de l'imagerie du petit animal par imagerie nucléaire et IRM
- Prendre en charge la veille scientifique et technologique relative à l'imagerie du petit animal et en assurer la diffusion.
- Conseiller les utilisateurs et les partenaires sur les possibilités et limites des techniques disponibles en étroite collaboration avec les chercheurs et médecins.
- Assurer des activités de formation afin de garantir le transfert technologique auprès des utilisateurs et partenaires scientifiques.
- Gérer les relations avec les industriels pour assurer les maintenances et les développements technologiques.
- Piloter la mise en œuvre la démarche qualité.
Activités associées
- Participer à la diffusion et la valorisation des résultats et des développements technologiques de la plateforme.
- Participer à des réseaux professionnels d'échange de savoirs et de savoir-faire.
- Appliquer et faire appliquer en situation de travail les réglementations du domaine en matière d'éthique, d'hygiène et de sécurité.
- Utiliser des logiciels en rapport avec le pilotage des instruments ou l'acquisition, le traitement et l'analyse des données.
- Suivre la bonne application des contrats avec les partenaires et fournisseurs.
- Adapter des contenus pédagogiques au niveau et aux attentes de ses interlocuteurs
Description du profil recherché
Outils spécifiques à l'activité
- Logiciels constructeurs (Mediso, Bruker, etc.) d'acquisition et de reconstruction des données
- Traitement d'image : logiciel PMOD
- Gestion qualité : Benchsys
2018/12/14 – Ingénieur(e) en imagerie – UFR de Médecine
Un poste d'ingénieur (e) en imagerie est à pourvoir au sein de la Fédération de Recherche en Imagerie Multimodalité (FRIM). Récemment labellisée par l'Inserm US-34 et membre de l'infrastructure nationale France Life Imaging (FLI), cette plateforme propose une offre technologique de pointe en imagerie multimodale, en développant depuis 5 ans une recherche de haut niveau en imagerie fonctionnelle et moléculaire. Elle développe une approche translationnelle innovante entre le domaine préclinique et clinique, offre une ouverture importante sur le développement des interfaces académiques et industrielles. Elle comprend deux IRM 7T, une SPECT/CT, une TEP/IRM et un échographe, l'ensemble dédié au petit animal. Cette plateforme s'appuie sur les savoirs de plusieurs unités Inserm du site dont les thématiques d'organe principales sont l'hépatologie et la pathologie digestive (U1149 - CRI) et le cardio-vasculaire pour l'autre (U1148 - LVTS). Elle offre également une expertise sous la forme de collaborations ou de prestations à des équipes externes et des industriels.
Descriptif de la mission du poste
- Vous possédez une expertise dans l'imagerie nucléaire ou l'IRM et avez une réelle envie de vous investir dans la multimodalité ;
- Vous aurez la responsabilité du fonctionnement optimal et du développement de la plateforme sur le plan de l'instrumentation et du traitement d'images, dans ses composantes actuelles et futures, en particulier autour de l'imagerie hybride TEP-IRM ;
- Vous conduirez un projet de recherche scientifique principalement centré sur le développement de l'imagerie multimodale et les corrections physiques à appliquer en imagerie hybride TEP-IRM. Ce travail sera mené en collaboration avec les équipes INSERM locales et avec des partenaires extérieurs.
- Vous concevrez et développerez des approches méthodologiques en imagerie sur petit animal. Vous serez l'interlocuteur/rice privilégié.e de l'ensemble des utilisateurs de la plateforme technologique, qu'ils soient académiques ou industriels.
Activités principales
- Maintenir et optimiser les technologies existantes au sein de la plateforme.
- Mettre en œuvre les technologies innovantes dans le cadre de l'imagerie du petit animal, en relation avec les projets des utilisateurs ou des partenaires. En établir le cahier des charges technologiques des protocoles.
- Participer à des projets de développement technologique de l'imagerie du petit animal par imagerie nucléaire et IRM
- Prendre en charge la veille scientifique et technologique relative à l'imagerie du petit animal et en assurer la diffusion.
- Conseiller les utilisateurs et les partenaires sur les possibilités et limites des techniques disponibles en étroite collaboration avec les chercheurs et médecins.
- Assurer des activités de formation afin de garantir le transfert technologique auprès des utilisateurs et partenaires scientifiques.
- Gérer les relations avec les industriels pour assurer les maintenances et les développements technologiques.
- Piloter la mise en œuvre la démarche qualité.
Activités associées
- Participer à la diffusion et la valorisation des résultats et des développements technologiques de la plateforme.
- Participer à des réseaux professionnels d'échange de savoirs et de savoir-faire.
- Appliquer et faire appliquer en situation de travail les réglementations du domaine en matière d'éthique, d'hygiène et de sécurité.
- Utiliser des logiciels en rapport avec le pilotage des instruments ou l'acquisition, le traitement et l'analyse des données.
- Suivre la bonne application des contrats avec les partenaires et fournisseurs.
- Adapter des contenus pédagogiques au niveau et aux attentes de ses interlocuteurs
Description du profil recherché
Outils spécifiques à l'activité
- Logiciels constructeurs (Mediso, Bruker, etc.) d'acquisition et de reconstruction des données
- Traitement d'image : logiciel PMOD
- Gestion qualité : Benchsys
2018/11/27- Post-Doctorat en traitement d’images médicales à Paris
Un Post-doctorat d’un an est disponible au PARCC-HEGP (PARIS) pour évaluer la fonction porte à partir de la fonction aortique et obtenir la perfusion hépatique en condition d’acquisition dégradée par le mouvement.
Contexte et profil recherché :
Dans le cadre de son activité de recherche et développement de modélisation et d’analyse de la micro-circulation des tissus par Imagerie par Résonance Magnétique (IRM), le laboratoire recrute un Post-Doctorant (H/F) en traitement d’images à orientation médicale.
Le (la) candidat (e) disposera d'une expérience significative en mathématiques et informatique appliquées et des connaissances approfondies en analyse d’image, propriétés statistiques des images, recalage, « dé-bruitage » etc. Par ailleurs, une maîtrise des environnements techniques Matlab ou Python, est requise.
Les missions confiées au Post-Doctorant (e) seront :
• Analyse de signal au niveau du foie et des vaisseaux larges. Détection automatique ou semi-automatique des clusters de voxels de même cinétique après injection de produit de contraste.
•Développement d’algorithmes permettant d’inférer le comportement cinétique au sein d’un vaisseau (tronc porte) à partir du comportement cinétique au sein des vaisseaux artériels (aorte).
•Validation des algorithmes à partir d’acquisitions déjà obtenus in vivo dans notre laboratoire.
•Aide au portage des algorithmes dans le système final (intégration dans le logiciel Myriam d’Intrasens).
•Rédaction des documents techniques (Document de conception, de validation, etc.).
2018/11/27- Post-Doctorat en traitement d’images médicales à Paris
Un Post-doctorat d’un an est disponible au PARCC-HEGP (PARIS) pour évaluer la fonction porte à partir de la fonction aortique et obtenir la perfusion hépatique en condition d’acquisition dégradée par le mouvement.
Contexte et profil recherché :
Dans le cadre de son activité de recherche et développement de modélisation et d’analyse de la micro-circulation des tissus par Imagerie par Résonance Magnétique (IRM), le laboratoire recrute un Post-Doctorant (H/F) en traitement d’images à orientation médicale.
Le (la) candidat (e) disposera d'une expérience significative en mathématiques et informatique appliquées et des connaissances approfondies en analyse d’image, propriétés statistiques des images, recalage, « dé-bruitage » etc. Par ailleurs, une maîtrise des environnements techniques Matlab ou Python, est requise.
Les missions confiées au Post-Doctorant (e) seront :
• Analyse de signal au niveau du foie et des vaisseaux larges. Détection automatique ou semi-automatique des clusters de voxels de même cinétique après injection de produit de contraste.
•Développement d’algorithmes permettant d’inférer le comportement cinétique au sein d’un vaisseau (tronc porte) à partir du comportement cinétique au sein des vaisseaux artériels (aorte).
•Validation des algorithmes à partir d’acquisitions déjà obtenus in vivo dans notre laboratoire.
•Aide au portage des algorithmes dans le système final (intégration dans le logiciel Myriam d’Intrasens).
•Rédaction des documents techniques (Document de conception, de validation, etc.).
2018/11/05- Doctorat en imagerie biomédicale (Paris)
Dans le contexte du projet de recherche hospitalo-universitaire « QuidNASH », l’équipe « Laboratoire des Biomarqueurs en Imagerie » du Centre de Recherche sur l’Inflammation (CRI, UMR 1149 Inserm - Université Paris Diderot, Bichat) ouvre au recrutement un poste de doctorat en imagerie.
Le sujet de thèse porte sur l’analyse du rôle de l’angiogenèse dans le développement de la stéatohépatite non alcoolique et vise à étudier l’importance de la mécanotransduction dans l’inflammation et la fibrogenèse. Ce travail se situe dans le cadre du projet QuidNASH qui porte sur le développement de marqueurs multi-omiques de la stéatohépatite non alcoolique dans le diabète.
Dans le cadre du work package préclinique, le (la) doctorant(e) sera amené(e) à réaliser des acquisitions en IRM multiparamétrique (relaxometrie, élastographie, susceptibilité, quantification et caractérisation de la graisse) et échographie-Doppler ultrarapide en ondes planes. Ces acquisitions visent à établir des biomarqueurs d’imagerie pour le diagnostic et la caractérisation de la stéatohépatite non-alcoolique et à étudier les modifications tissulaires hépatiques induites par l’angiogenèse. Elles seront réalisées sur des modèles animaux induits par la diète.
Le ou la doctorant(e) sera en charge du traitement des données d’imagerie. Il ou elle devra également prendre en charge la collection de tissus et procéder à leur analyse morphométrique et biologique, en relation avec les plateaux techniques du site.
Le projet se fera en parallèle avec le bras clinique du projet QuidNASH, avec lequel de nombreux transferts technologiques seront activement favorisés.
La formation d’expérimentation animale de niveau « Concepteur » sera proposée.
2018/11/05- Doctorat en imagerie biomédicale (Paris)
Dans le contexte du projet de recherche hospitalo-universitaire « QuidNASH », l’équipe « Laboratoire des Biomarqueurs en Imagerie » du Centre de Recherche sur l’Inflammation (CRI, UMR 1149 Inserm - Université Paris Diderot, Bichat) ouvre au recrutement un poste de doctorat en imagerie.
Le sujet de thèse porte sur l’analyse du rôle de l’angiogenèse dans le développement de la stéatohépatite non alcoolique et vise à étudier l’importance de la mécanotransduction dans l’inflammation et la fibrogenèse. Ce travail se situe dans le cadre du projet QuidNASH qui porte sur le développement de marqueurs multi-omiques de la stéatohépatite non alcoolique dans le diabète.
Dans le cadre du work package préclinique, le (la) doctorant(e) sera amené(e) à réaliser des acquisitions en IRM multiparamétrique (relaxometrie, élastographie, susceptibilité, quantification et caractérisation de la graisse) et échographie-Doppler ultrarapide en ondes planes. Ces acquisitions visent à établir des biomarqueurs d’imagerie pour le diagnostic et la caractérisation de la stéatohépatite non-alcoolique et à étudier les modifications tissulaires hépatiques induites par l’angiogenèse. Elles seront réalisées sur des modèles animaux induits par la diète.
Le ou la doctorant(e) sera en charge du traitement des données d’imagerie. Il ou elle devra également prendre en charge la collection de tissus et procéder à leur analyse morphométrique et biologique, en relation avec les plateaux techniques du site.
Le projet se fera en parallèle avec le bras clinique du projet QuidNASH, avec lequel de nombreux transferts technologiques seront activement favorisés.
La formation d’expérimentation animale de niveau « Concepteur » sera proposée.