FLI
Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.
Liste des annonces
Post-doctoral Position – molecular imaging and theranostic agents for dysangiogenic diseases
The successful candidate will develop expertise in radiopharmaceutical development and molecular imaging (PET/CT and SPECT/CT) in the frame of the THERAnanoSTIC ANR project, and more widely in preclinical models of cardiovascular and oncologic dysangiogenic diseases. As part of a collaborative multi-disciplinary team, the postdoctoral associate will lead the radio-theranostic research initiative and will be responsible for:
• Development of novel imaging and therapeutic agents
• Testing lead agents in pre-established and new in vitro and in vivo model systems
• Perform corroborative ex vivo assays (e.g. flow cytometry, immunohistochemistry, gammacounting, autoradiography) assessment
The candidate will have access to state-of-the art lab equipment, departmental and interdepartmental core facilities to ensure success of this research initiative in C2VN and CERIMED, on the Health Campus “La Timone” in Marseille, France. The postdoctoral associate will be encouraged and supported in all aspects of career development and is expected to publish in leading scientific journals, present in national and international conferences, and participate in independent and collaborative grant applications.
Applicants with experience in radiochemistry, biochemistry, preclinical imaging and ex vivo assays
are encouraged to apply. Previous expertise with radiochemistry is not required, however, the applicant must be enthusiastic about learning and mastering these skills.
Developer on a medical image processing platform F/H
The objective of FLI-IAM node is to propose an infrastructure to store, manage and process in-vivo imaging data coming from human or pre-clinical procedures. We contribute to an archiving and management infrastructure of in-vivo images as well as provide solutions to process and manage the acquired data through dedicated software and hardware solutions. In addition, we have built a versatile image analysis and data management solution for in-vivo imaging that will allow the interoperability between distributed production sites and distributed users, heterogeneous and distributed storage solution implementing raw and meta-data indexing.
In this context and within the last years we have collected and maintained different kind of data, using the web-based image database, called Shanoir, and different kind of processing algorithms, using the Virtual Imaging Platform.
The Virtual Imaging Platform (VIP) is a web portal developed at CREATIS for the simulation and processing of massive data in medical imaging. One of the VIP main aims is to provide access to distributed computing resources in a transparent way for the end users. VIP has thus the capacity to manage large and complex workloads (generate, schedule and execute multiple jobs) automatically, while requiring no specific skills from its users. It is VIP developers and administrators that are in charge of making this possible. The VIP instance currently deployed at CREATIS uses mainly the storage and computing resources provided by the EGI e-infrastructure. A growing number of projects with various requirements (sometimes security driven) require access to computing and storage resources (e.g., local clusters, private/public clouds) that are not member of the EGI federation.
Within this context, the recruited developer will work on extending and adapting VIP for the use of such private computing and storage resources. He/She will be under the supervision of the manager of the VIP platform and will interact with the other VIP engineers and the FLI-IAM engineering team. He/She will be hosted at the CREATIS lab (Villeurbanne).
MISSION
The main objectives of the position are:
• Requirement analysis and design
o Understanding of the current VIP implementation for job management on EGI
o Analysis of requirements and technical solutions for the integration of the new computing resources available
o Choice of the solution to be implemented and specifications
• Software development and testing
o Implementation of the chosen solution(s) within VIP and related dependencies
o Implementation of the associated tests
o Continuous integration (CI)
• Deployment and configuration
o Automation on the deployment and configuration procedure on the targeted infrastructure (ideally with Ansible scripts)
CDD Ingénieur.e developpement de codes de calcul haute performance (HPC)
L'équipe Ginkgo de l'Unité BAOBAB de NeuroSpin, dirigée par Cyril Poupon, recrute un.e ingénieur H/F en CDD en charge du développement de codes de calcul à haute performance (HPC), de visualisation à haute performance et de services web pour l’analyse et la mise à disposition de Big Data individuelles de très haute résolution en IRM de diffusion et en microscopie PLI.
Initiée dans le cadre du Human brain Project (HBP, https://human-brain-project.eu) depuis plus de dix ans, la collaboration entre les deux équipes s’est renforcée au travers de la création de l’Institut franco-allemand AIDAS créé conjointement par le CEA et le FZJ, qui vise notamment au déploiement des techniques de calcul à haute performance et d’intelligence artificielle pour cartographier le cerveau humain à des échelles spatiales jamais atteintes jusqu’à présent. Les équipes Ginkgo et Fiber Architecture s’intéressent plus précisément aux connexions cérébrales et ont développé depuis plus de 2 décennies des expertises en IRM de diffusion, en imagerie optique polarisée (ou PLI) et en reconstruction des fibres (ou tractographie) qui permettent aujourd’hui l’inférence des connexions cérébrales à partir de données d’IRM de diffusion
acquises in ou ex vivo, ou à partir de données microscopiques ex vivo de PLI. Récemment, dans le cadre du projet HBP, l’équipe de NeuroSpin a scanné une pièce anatomique (mise à disposition par l’équipe du Pr Christophe Destrieux de l’unité iBrain de Tours) pendant plus de deux années sur un instrument d’imagerie par résonance magnétique (IRM) doté d’un champ magnétique de 11.7 tesla qui a permis d’obtenir pour la première fois au monde sur un cerveau complet des données d’imagerie anatomique et de diffusion de résolution mésoscopique (~100um). En parallèle, les équipes française et allemande ont scanné en IRM et scannent actuellement en PLI une seconde pièce anatomique qui devrait permettre d’obtenir des
données de résolution microscopique de ces connexions sur l’ensemble du cerveau.
Les deux équipes développent actuellement de nouvelles méthodes d’inférence de la connectivité anatomique (dite également de tractographie) qui reposent sur un modèle de verres de spin permettant une approche globale du problème plus robuste au bruit des images et plus enclin à permettre la reconstruction du problème inverse d’inférence des connexions à partir de l’information locale de leur directionnalité. Elles développent également de nouveaux modèles locaux des processus biophysiques en jeu en IRM de diffusion et en PLI qui permettent d’estimer localement des paramètres caractéristiques de la microstructure du tissu cérébral.
Inserm Chaire Neurotechnologies – Signal processing
The project is to develop new methodologies for processing electrophysiological brain signals (EEG, MEG, iEEG, ECoG, LFP, etc.) to i) develop physiological, pathophysiological and theoretical models of neural interactions and anatomo-functional connectivity, ii) to investigate the relationships between clinical evaluation and metrics of neural dysfunctions to identify biomarker(s) for accurate patient stratification and develop data-driven predictive models of functional outcomes and therapeutic responses and iii) to design assessment and/or therapeutic devices that can be easily used in clinical routine, transportable, usable by patients easily and with secure remote monitoring. On-line and transportable new approaches to optimize personalized neuropathological evaluation and care, that can be used in or out of the hospital, are central to LIB research. One of the best illustrations in this field in LIB is the development of portable device to collect in-ear EEG and mobile app interfaces that enables out hospital EEG monitoring. The recruited researcher will have strong expertise in signal processing of brain signals, have a high-quality scientific publication record and have demonstrated evidence in working in a multi-disciplinary team. In addition, experience in leadership of research groups and experience in the strategic planning, acquisition and implementation of R&D projects are desirable in this context. Lastly, good knowledge in deep learning would be appreciated.
The recruited researcher will reinforce teaching in courses related to computer sciences and signal processing within the bachelor’s and master’s level courses in computing and robotic automation at SU. The undergraduate courses provide an initial introduction to data science and to key approaches in artificial intelligence. Master’s courses are more specialized and organized around a dedicated cursus. The recruited researcher will be particularly called upon to strengthen courses related to advanced image and signal processing within the Master’s degrees in “Computer Science” or “Engineering of Intelligent Systems” or “Robotic Automation”. The recruited researcher will be encouraged to introduce practical laboratory instruction based on his/her research into all levels of training at SU and to contribute to the international program Computer Science Master-level.
More details following the link : https://eva3-accueil.inserm.fr/sites/eva/chaires/2023/session2/Documents/Job_profil_%20Chair_2023_U1146_Neurotechnologies_SU.pdf
Assistant ingénieur en expérimentation et instrumentation biologiques
Missions L’Assistant-e ingénieur-e rejoindra l’équipe de la Plateforme d’Imageries du Vivant pour assurer les missions principales suivantes :
1/ réaliser et adapter les protocoles d'imagerie échographique et de bioluminescence sur des modèles murins de pathologie.
2/ participer au fonctionnement général de la plateforme et de son animalerie.
Activités principales :
Réalisation des protocoles : manipulation des animaux, anesthésie, échographie, Imagerie optique, analyse des images et pose de mesures.
Adaptation des protocoles d’imagerie : A partir de protocoles de référence, adapter les conditions d’acquisition aux besoins spécifiques d’un projet. Analyser les résultats pour valider cette adaptation.
Gestion de projets : réception des demandes, participation à la définition des protocoles, suivi des projets, remise des résultats.
Compléter les informations de projet et d’utilisation machine pour le suivi de la qualité.
Participation au fonctionnement de l’animalerie dédiée de la plateforme.
Gestion des stocks et des commandes.
Activités associées
Activités spécifiques ou transverses :
Participation à la politique qualité de la plateforme.
Tutorat d’apprentis ou de stagiaire (1/an).
Coordination fonctionnelle de projet possible.
INGENIEUR.E CHEF.FE DE PROJET EN DEVELOPPEMENT TECHNOLOGIQUE ET EXPERIMENTAL CDD
Au sein de la plateforme TherA-Tech et sous la responsabilité de son directeur, vous serez en charge du pilotage et de la conduite de projets de développements technologiques expérimentaux, incluant la conception et la réalisation de protocoles expérimentaux, de la coordination du suivi technique de l'infrastructure, de la gestion du budget et des ressources allouées. A ce titre, vous coordonnerez une équipe d’ingénieurs et techniciens.
Vos activités principales :
- Étudier les besoins scientifiques, techniques et expérimentaux, proposer des méthodes de mesure, de caractérisation ou d'observations adaptées et établir des offres de prestation
- Analyser les contraintes métrologiques et concevoir ou faire évoluer la chaîne d'expérimentation et de mesure
- Concevoir des développements technologiques mutualisés et innovants, en relation avec les projets des utilisateurs ou partenaires, et établir le cahier des charges
- Organiser le suivi des réalisations, valider et qualifier les dispositifs ou les méthodes aux différentes étapes
- Conseiller les utilisateurs et les partenaires sur les possibilités et limites des techniques disponibles, sur l'interprétation des données
- Assurer une veille technologique
- Piloter la réalisation des mesures, les interpréter et les valider
- Gérer et encadrer l'ensemble des ressources humaines, techniques et financières allouées aux expériences et à la plateforme
- Mettre en place les procédures de traçabilité et d’assurance qualité
- Participer à la rédaction de dossiers dans le cadre des demandes de financement
- Promouvoir les services de la plateforme et prospecter
- Présenter, diffuser et valoriser les réalisations
Conditions particulières d’exercice :
- Coordination directe de 4 personnes (ingénieurs et techniciens)
- Astreintes ponctuelles en fonction des programmes et projets de recherche
Modalités de recrutement :
Emploi de catégorie A (niveau Ingénieur de Recherche)
Poste proposé à la mobilité interne (personnels de l’établissement) ou en Contrat à Durée Déterminée de 3 ans (renouvelable)
Emploi à pourvoir à compter du 1er septembre 2023
Date limite de candidature : 30 juin 2023
PRECLINICAL IMAGING RESEARCH SCIENTIST (M/F) LABORATORY MANAGER
Activities:
▪ Be responsible for managing the “Therapeutic Ultrasound” laboratory in accordance with company requirements and in compliance with ethical standards.
▪ Design and supervise experimental work of research scientists/research associates to investigate in vivo the therapeutic efficacy of ultrasound combined with gas microbubbles.
▪ Scientific and technological watch, identification of opportunities and implementation of new technological ideas in relation with preclinical/clinical therapeutic application.
▪ Motivated by the development of new ideas / innovation: manage the drafting of Disclosure of Invention and Patent application.
▪ Management of report writing and scientific reporting (reports, scientific manuscript, poster or oral presentations during congresses and symposia).
▪ Responsible to implement laboratory infrastructure (material acquisitions, new technology, development of methods) and Health, Safety and Environment rules in the laboratory.
▪ Be able to defend new idea/project under his/her responsibility in front of different audiences: at Geneva site and at GR&D levels.
▪ Be able for a specific research project, to define objectives, conduct project meetings and monitor activities according to set timelines.
▪ Be able to manage collaborations with industrial or academic partners (Swiss or International) and contract negotiation.
We offer:
▪ A position in an international company working on medicinal products with high added value.
▪ An extremely stimulating field of research within a scientific environment highly specialized and qualified.
▪ A working environment with state-of-the-art technologies
▪ Flexible working time with possibility of home office
▪ A challenging job with means to succeed and possibilities for education and training programs
Preclinical Imaging Research Scientist (M/F)
We offer:
▪ A position in an international company working on medicinal products with high added value.
▪ An extremely stimulating field of research within a scientific environment highly specialized and qualified.
▪ A working environment with state-of-the-art technologies
▪ Flexible working time with possibility of home office
▪ A challenging job with means to succeed and possibilities for education and training programs.
The following missions will be devoted to the laboratory manager :
▪ Be responsible for managing the “Therapeutic Ultrasound” laboratory in accordance with company requirements and in compliance with ethical standards.
▪ Design and supervise experimental work of research scientists/research associates to investigate in vivo the therapeutic efficacy of ultrasound combined with gas microbubbles.
▪ Scientific and technological watch, identification of opportunities and implementation of new technological ideas in relation with preclinical/clinical therapeutic application.
▪ Motivated by the development of new ideas / innovation: manage the drafting of Disclosure of Invention and Patent application.
▪ Management of report writing and scientific reporting (reports, scientific manuscript, poster or oral presentations during congresses and symposia).
▪ Responsible to implement laboratory infrastructure (material acquisitions, new technology, development of methods) and Health, Safety and Environment rules in the laboratory.
▪ Be able to defend new idea/project under his/her responsibility in front of different audiences: at Geneva site and at GR&D levels.
▪ Be able for a specific research project, to define objectives, conduct project meetings and monitor activities according to set timelines.
▪ Be able to manage collaborations with industrial or academic partners (Swiss or International) and contract negotiation.
Thèse sur la conception d’un agent radiomarquable universel sélectif pour l’imagerie TEP et le traitement par RTIV
L'imagerie moléculaire, en particulier l’imagerie de tomographie par émission de positons (β+) (TEP) est devenue indispensable au diagnostic de nombreuses maladies comme les cancers. L'essor de cette technique non invasive est lié à l’obtention d’images tridimensionnelles, après injection d’un radiotraceur, permettant de localiser et quantifier des cibles spécifiques à la pathologie. Les radiotraceurs sont également employés pour le traitement de cancer par radiothérapie interne vectorisée (RTIV). Ces radiotraceurs associent majoritairement un agent de ciblage, interagissant avec un biomarqueur de la pathologie, et un agent chélatant complexant un radionucléide permettant l'enregistrement d'images. Récemment une nouvelle technique de radiomarquage au fluor-18 par chimie de complexation (i.e., formation du complexe d'aluminium-fluor-18) a vu le jour et est devenue une technique de choix pour le développement de nouveaux radiotraceurs. En fonction de la nature des agents chélatants, différents radionucléides peuvent être complexés par les traceurs. Le fluor-18 (18F) et le gallium-68 (68Ga) sont des radionucléides de choix pour l'imagerie TEP et le lutétium-177 (177Lu) pour la RTIV, mais ces trois radionucléides possèdent des propriétés de complexation différentes. Ainsi, l’aluminium-fluor-18 peut être complexé par des agents chélatants de types HBED-CC et NOTA, le gallium-68, par des agents chélatant de types HBED-CC, NOTA et DOTA et le lutécium-177, par des agents chélatant de type DOTA.
L’objectif de ces travaux de thèse est d'optimiser la structure chimique d'un nouvel agent chélatant bifonctionnel (ACB), développé au cours d'une thèse précédente, pouvant être (i) radiomarqué à l’aluminium-fluor-18, au gallium-68et au lutécium-177 par chimie de complexation, et (ii) couplé à des peptides de ciblage par bioconjugaison. Le but est de préparer des « peptides-chélatants » pouvant être utilisés en imagerie TEP et en RTIV pour une application en théranostic (thérapie + diagnostic) s’insérant dans une démarche de médecine personnalisée.
Methodological developments in micro-MRI and NMR spectroscopy
MISSION
The engineer will conduct research in MRI, principally at 11.7T on an NMR spectrometer equipped
with a micro-imaging probe:
- for the in vitro and in vivo study of animal models such as Zebrafish, complex cellular systems (organoids,
3D cultures) or for the ex vivo study of fresh or fixed tissues
- for the study of bio sourced gels based on polysaccharids (starch, arabinoxylanes) or protein (corn zein) in order to conceive bio polymer matrices with controlled functionalities allowing, for example, the liberation of active principles initially contained in these matrices. This research work contains several interconnected contributions:
WP1: Elaboration of experimental set-ups adapted to the study of multicellular systems, and zebrafish larvae.
WP2: Validation of the sequences adapted to the study of multicellular systems, zebrafish larvae and tissues.
Adaptation of the protocols for the in vivo imaging of the zebrafish.
WP3: Optimization of the study of dynamic monitoring of functional bio sourced matrices. Implementation of the study of dynamic monitoring of functional bio sourced matrices.
The candidate will need an ability to imagine and conceive experimental plans adapted to the study of multicellular systems, zebrafish larvae (WP1) and hydrogels whose shape/form evolves through time (WP3). The candidate will carry the realization of the experiments with the MRI (WP2 and WP3), their interpretation and traceability, from data to analysis reports, and their valorization in communications in conferences and articles in scientific journals.