FLI
In this section, you will find internships, thesis, post-doctorates, fixed-term and permanent contract vacancies in the network’s partner laboratories.
Liste des annonces
Postdoctoral Position – Computational Imaging for Ovarian Cancer
Project Overview :
This project focuses on developing machine learning, data fusion, and medical image analysis methods to objectively improve cancer prognosis prediction. The project is centered on computational treatment of medical images (CT, MRIs, histology slides).
About the Position :
We are seeking a highly motivated postdoctoral researcher with strong computational expertise to lead the development of models integrating imaging and multi-omics data. The successful
candidate will work at the interface of medical imaging, artificial intelligence, and translational oncology.
Your responsibilities will include:
-Extracting and integrating histopathology (pathomics) and radiology (radiomics) data
(work on deep features, clustering, habitat imaging…).
-Developing and validating models for virtual biopsy, digital twin
-Designing robust tools for imaging data pre-processing.
-Contributing to national and European research grants.
-Supervising and mentoring BSc, MSc, and PhD students on innovative research projects.
What We Offer:
- Fully funded postdoctoral position (up to 3.5 years) within an internationally recognized
research environment.
- Opportunity to work within a dynamic, interdisciplinary, and international team at the
crossroads of AI, oncology, and precision imaging.
- Access to cutting-edge platforms, including high-field MRI (3T/9.4T), spatial histology,
transcriptomics, proteomics, and imaging mass cytometry.
Full-time | 1-year contract renewable up to 3.5 years | Start date: late 2025 / early 2026
Ingénieur de recherche
La recherche au CERCO porte sur la personne humaine et le candidat sera amené à être fréquemment en contact direct avec les sujets venant participer aux expérimentations (volontaires et patients atteints de pathologies neurologiques ou psychiatriques avec handicap). L'ingénieur de recherche sera le référent principal d'un équipement d'expérimentation à implanter dans le cadre de la création d'une nouvelle plateforme appartenant à l'infrastructure nationale biologie santé FRANCE LIFE IMAGING (FLI).
L'expert.e en développement d'expérimentation MEG (Magnéto-EncéphaloGraphie) intégrera le Service Pilotage des Plateformes Expérimentales qui comprend une titulaire (IR CNRS responsable du service) et des contractuel.lles dont actuellement deux IR CNRS, un IR Université, un assistant CHU et, en recrutement un AI CNRS.
LA CAMPAGNE D'INSCRIPTION EST OUVERTE DU 10 JUIN AU 10 JUILLET 2025.
L'ingénieur de recherche en techniques expérimentales est chargé d'organiser l'activité au sein de la plateforme MEG-OPM (Magnétoencéphalographie basée sur les Magnétomètres à pompage optique). Dans un premier temps, en association avec l'ingénieure responsable du pilotage expérimental, il/elle devra participer à l'implantation de l'équipement MEG (Magnétoencéphalographie) nouvelle génération avec le fournisseur et avec un groupe d'utilisateurs de renommée internationale. Il/elle aura pour tâche de fédérer l'ensemble des acteurs autour du cahier des charges lié à l'installation de ce nouvel équipement en cours d'acquisition, ainsi qu'aux différents matériels annexes nécessaires aux expérimentations. De plus il/elle accompagnera les utilisateurs, dans la rédaction de leurs protocoles de recherche qui concernent soit des thématiques très applicatives telles que l'épilepsie, les comas jusqu'à des recherches très fondamentales sur le fonctionnement neuronal.
ACTIVITES PRINCIPALES :
- Coordonner l'acquisition, l'installation et l'utilisation des équipements nécessaires aux différentes expérimentations (vidéo-projecteur, eyetracker, boutons réponse, système de stimulation auditive,...) à venir et en cours, sous la responsabilité du responsable opérationnel des plateformes, et en lien direct avec les chercheurs et les étudiants;
- Préparer et vérifier le bon fonctionnement des équipements (ordinateur, d'acquisition, systèmes logiciels) au sein de la plateforme;
- Accompagner les chercheurs dans le choix de leur design expérimental (paradigme de stimulation, position des capteurs, nombre de répétitions, modalité de stimulation, contrôle des paramètres confondants, ...) pour optimiser le signal acquis;
- Participer au recueil, à la mise en forme et à l'analyse des données enregistrées, en coordination avec les investigateurs, en vue de leur interprétation;
- Proposer des évolutions dans l'acquisition et l'analyse des données en fonction des besoins (qualité du signal, nombre de capteurs, type de protocoles de stimulation,...)
- Assurer la sauvegarde et l'organisation des données acquises (datamanagement);
- Organiser et contrôler l'utilisation collective des appareils;
- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité d'utilisation des appareils;
- Participer à la mise en place d'une démarche qualité;
- Superviser les plannings d'utilisation des ressources de la plateforme.
ACTIVITES ASSOCIEES :
- Structurer une veille technologique;
- Valoriser les résultats de recherche par des publications et des communications scientifiques ou méthodologique.
- Proposer de nouvelles approches et outils pour améliorer les expérimentations.
- Encadrer et accompagner les doctorants, post-doctorants et étudiants de Master.
Compétences :
Savoir-faire :
- Avoir une expérience en acquisitions de données de MEG (magnétoencéphalographie);
- Posséder des compétences approfondies en développement logiciel (MATLAB®, PYTHON);
- Savoir traduire une demande scientifique en spécifications techniques;
- Maîtriser l'anglais technique, lu et écrit (niveau B2, selon le cadre Européen de référence).
- Avoir mené un projet de recherche en autonomie serait apprécié
Savoirs :
- Formation supérieure dans le domaine de l'instrumentation des équipements liés aux enregistrements (électrophysiologie et/ou biomécanique) (niveau Master,);
- Connaissances générales des instruments utilisés pour les enregistrements : MEG (magnétoencéphalographie, EEG électroencéphalographie, EMG électromyographie, TMS stimulation magnétique transcrânienne;
- Connaissances en traitement du signal issu de la MEG si possible sinon du signal issu de l'EEG;
- Connaissance de la réglementation de la recherche sur la personne humaine.
Savoir-être :
- Savoir s'intégrer dans une équipe dynamique et travailler en étroite relation avec le responsable du projet et d'autres chercheurs/personnels techniques, sous la responsabilité des responsables opérationnels/scientifiques;
- Faire preuve d'une grande autonomie, d'un bon relationnel, ainsi que d'une bonne capacité d'interaction et de communication;
- Faire preuve d'empathie pour la prise en charge de volontaires venant participer aux expérimentations potentiellement atteints de pathologies.
Pour postuler : https://profilsdemplois.cnrs.fr/index_public_referens?destination=CE2025
JUNIOR FELLOW IN BIOMEDICAL ENGINEERING – INTERFACE BIOENGINEERING, BIOMATERIALS & DIGITAL HEALTH
The Junior Fellow will be employed by ESPCI Paris-PSL and will have a dual role in research and teaching.
Research:
The Junior Fellow will be affiliated with a PSL laboratory aligned with their research interests and will conduct research under the supervision of a host team member. Research will focus on topics related to biomedical engineering, biomaterials science and/or data science applied to health. Projects involving innovative technologies for health data acquisition (in vitro, in vivo, clinical), analysis, and exploitation are encouraged. Topics may include (but are not limited to):
• Design and assessment of theranostic and imaging technologies,
• Design and assessment of wearable or implantable biosensors,
• Design and assessment of in vitro materials or devices for screening and diagnostics,
• Analysis and medical use of data produced by these technologies. Candidates are invited to propose a research project and a potential host team from among the laboratories of ESPCI Paris-PSL, Chimie ParisTech-PSL, MINES Paris-PSL, EPHE-PSL, and ENS-PSL. The project may be original or support an existing initiative. Collaborative projects across multiple labs are welcome.
Teaching:
The Junior Fellow will contribute to the new PSL Master program in Health Engineering (ST4Health), delivering 64 hours/year of teaching in English and participating in course coordination. They will teach core concepts in material sciences, biomedical engineering, and/or data science applied to health for M1/M2 students. They will supervise biomedical engineering development projects and collaborate with PSL technical platform managers (Imaging, FabLab, WetLab, etc.). Depending on their expertise, they may also teach and supervise M2 student projects in the “Biomaterials & Engineering for Health” and “AI & Digital Health” tracks.
CANDIDATE PROFILE
Required Education:
PhD in physics, chemistry, materials science, biomedical engineering, and/or data science applied to health.
Skills :
• Expertise in material sciences, biomedical engineering, and/or health-related data science
• Ability to develop, coordinate, and promote a research project
• Excellent presentation and communication skills
• Proficiency in written and spoken English (C1 level or equivalent)
• Strong interpersonal skills and ability to work in a highly multidisciplinary research team
• Interest in teaching and supervising scientific and technical projects
• Knowledge of health product and technology development processes
• Prior teaching experience is not mandatory but is desirable
APPLICATION CRITERIA
Education level:
Level 8 – PhD or equivalent degree.
Required Documents:
• CV
• Cover letter including a one-page research project proposal
• Proposed host team(s) (name and contact of supervisors)
• Contact information for at least two referees RECRUITMENT DETAILS
• Category: A – Field: Science / Research – Rank: Post-doctoral researcher
• Start Date: From Sept. 01, 2025 – Duration: One year, renewable up to 3 years
• Starting Gross Salary : 2500-3000 €/month depending on experience.
Applications and supporting documents should be sent by email to: recrutement@espci.fr
Applications from individuals with disabilities (RQTH) are encouraged.
CONTACTS
• For information about the recruitment process and work environment:
Ms. Ouassila Soum-El Messaoudi, Director of Human Resources (ouassila.soum@espci.psl.eu)
• For information about the position and teaching/research missions:
Pr. Laurent Corté, Director of the PSL Master Program ST4Health (laurent.corte@minesparis.psl.eu)
Chercheur post-doctorant en imagerie IRM préclinique
La personne recrutée aura la mission principale de développer et d’implémenter des méthodologies IRM pour l’étude des pathologies cérébrales dans des modèles animaux de lésion cérébrale. Plus précisément, nous cherchons des biomarqueurs d’efficacité de thérapies objectivés par l‘imagerie anatomique, fonctionnelle et de perfusion. La personne sera spécialisée en imagerie, idéalement neuroimagerie, et sera en charge des activités de l’IRM préclinique 7T à ToNIC dans l’équipe iDREAM. Elle pourra y développer ses propres projets de recherche. Le/la chercheur.e sera amené.e aussi à manager l’ensemble des activités de l’IRM préclinique 7T (souris/rat/marmousets). De plus, elle aura accès à un scanner micro-TEP. Enfin, ToNIC possède une IRM clinique 3T et une Tomographie par émission de Positons, ainsi la personne sera en contact avec le Plateau Technique IRM/TEP (acquisition et traitement d’images) et les équipes de recherche. Elle aura pour mission secondaire de superviser le continuum entre l’acquisition des images IRM, en relation directe avec les ingénieurs du Plateau Technique ainsi qu’avec les ingénieurs d’application avancée ou de recherche et développement du constructeur Bruker, et les méthodes de post-traitement des images. Elle aura la possibilité de combiner son activité IRM avec de l’imagerie TEP. Elle pourra aussi collaborer avec des chercheurs du site toulousain des laboratoires Cerco, Infinity, IRSD, I2MC, CRCT, Restore, CRCA, etc...
Activités principales
- Manager les activités de l’IRM préclinique
- Proposer des projets de développements de l’IRM dans le cadre de pathologies cérébrales aigues sur des modèles lésionnels chez l’animal
- Concevoir des protocoles d’acquisition des images en choisissant les séquences les mieux adaptées
- Améliorer les performances des séquences d’acquisition
- Expérimenter de nouvelles antennes ou de nouvelles séquences
- Conseiller les chercheurs des unités de recherche dans le montage de leur protocole d’acquisition en imagerie multimodale
- Participer à des enseignements de spécialité médicale ou technologique
- Encadrer des étudiants dans l’acquisition de données d’imagerie
Activités associées
- Développer les méthodes de post-traitement de données d’imagerie
- Implémenter et déployer des méthodes d’analyse d’images avancées
- Formation et encadrement des étudiants
Connaissances
- Connaitre les principes techniques d’imagerie IRM
- Connaître les séquences d’acquisition IRM
- Connaissances générales en neurologie
- Optionnel : Avoir des connaissances approfondies des méthodes de traitement des données de neuroimagerie IRM multimodale (anatomiques, fonctionnelles)
- Optionnel : Expertise avancée traitement des images (modélisation mathématique – machine learning)
- Connaissances en informatique
- Maitriser la manipulation des différents formats d’images médicales
Savoir-faire / Méthodologie
- Monter des projets de recherche
- Répondre à des appels d’offres
- Coordination et planification des différentes phases d'un protocole de recherche
- Expérience de la recherche et des publications dans des revues et conférences scientifiques.
- Gestion d’équipe
Aptitudes
- Avoir des capacités d’initiatives
- Avoir la volonté d’accompagner, de former et de partager ses connaissances
- Avoir un esprit d’équipe développé, bon relationnel
- Avoir le goût du travail rigoureux et le goût de l’innovation permanente
- Autonome et très motivé pour travailler au sein d'une équipe multidisciplinaires
Spécificité / Contrainte du poste
- Environnement IRM
Expérience souhaitée
- Expérience nécessaire dans un laboratoire de recherche en neuroimagerie préclinique
- Expérience en développement de protocoles dans le champ de l’IRM (Bruker)
Chef(fe) de Projet en médecine nucléaire – Coordination du réseau de centres d’acquisition et gestion des données en médecine nucléaire
Dans l’équipe du CATI, le/la candidat(e) sélectionné(e) aura pour missions principales de coordonner le réseau d’acquisition en médecine nucléaire du CATI et de prendre en charge la production sur les données de médecine nucléaire. Plus précisément, les missions seront réparties comme suit.
Coordination du réseau de médecine nucléaire du CATI
● Coordonner le réseau de services de médecine nucléaire (TEP, TEMP) participant à des études gérées par le CATI (suivi des contacts et machines dans les centres du réseau, mise en place et validation des solutions de transfert de données).
● Organiser l’harmonisation et la mise en place des protocoles dans les centres impliqués dans les études gérées par le CATI (programmation des visites, analyse des données de qualification, contacts avec les centres).
Coordination et production dans les études gérées par le CATI avec des données de médecine nucléaire
● Participer aux discussions préliminaires pour définir la prestation du CATI sur le volet médecine nucléaire des nouvelles études (devis et conventions).
● Réaliser et suivre la collecte et le contrôle qualité des données acquises et l’intégration des données de médecine nucléaire dans la base de données CATI.
● Réaliser les prétraitements et traitements des données acquises ; mettre en place, selon les besoins, une analyse de type Centiloïde.
● Préparer et suivre les mises à disposition des données brutes et des traitements et la facturation associée.
● Participer aux spécifications, à la validation et au passage en production des outils de prétraitement, traitement et analyse du CATI.
● Mener les échanges avec les porteurs de projet pour l’exploitation des résultats et la publication des articles sur les études.
Connaissances / compétences :
● Connaissances sur l’imagerie médicale
● Expérience dans un environnement de recherche clinique et en neurosciences
● Des connaissances en médecine nucléaire seraient un plus
● Anglais lu, écrit et parlé
Savoir faire / savoir être :
● Expérience professionnelle en gestion de projet
● Maîtrise des outils informatiques de bureautique
● Expérience précédente sur du traitement de données d’imagerie, si possible sous Linux
● Facilité de communication et sens du relationnel
● Capacité d’adaptation à un environnement de recherche pluridisciplinaire
● Capacité à travailler en équipe
● Organisation et rigueur
Aspects pratiques :
COD de 18 mois renouvelable localisé dans les locaux de l’ICM, à Paris.
Poste à pourvoir au plus tôt
Junior Professor Chair (tenure track position) in Bioimaging and Probes for Health (F/M)
This is a tenure track position with a reduced teaching load leading to a full professor position in between 3 and 6 years. The position will start semester 2 2025.
https://www.galaxie.enseignementsup-recherche.gouv.fr/ensup/cand_CPJ.htm
The position is open to all researchers wishing to develop their activity in Bioimaging and Chemistry for biomedical sciences. The position includes an internationally competitive salary and competitive start-up package.
Wholly committed to excellence in education, training and research, PSL is a global university, which aims to reflect, represent and influence society today and the world of the future in all its diversity. The ENSCP establishment aims to promote new, original teaching methods linked to ground-breaking research projects or in response to challenges in the field of chemistry, such as biomedicine.
In this PSL environment, the SEISAD Team develops projects aimed at elaborating processes and tools for the early detection of pathological signals using chemical and analytical methodologies. In particular, a focus is the development of methodological MRI and associated with multifunctional molecular or nanotheranostics formulations for biomedical applications.
The SEISAD/I-CLeHS is also very active in teaching at the Chimieparistech School and at PSL University. In this context, the I-CLeHS institute is involved in setting up a PSL master's program (M1/M2) "Science and Technology for Health" and "Chemistry". The recruited person will take responsibilities in the new masters's program.
Mission
SEISAD, ICLEHS, PSL https://iclehs.fr/research/seisad/
The teaching project will be part of the graduate programs "Engineering" and "Chemistry" at PSL University, and, in particular, the new master's program "Science and Technology for Health" and “Chemistry” opening in September 2025, teaching at ENSCP engineering School, covering chemistry, biotechnologies to precision medicine. The position will contribute to the organization and coordination of this track and will deliver part of the teachings.
The CPJ holder will have a reduced teaching load during the pre-tenure period which must be mainly devoted to research. (minimum of 64 hours of teaching time per year, then a teaching time as a full professor).
The scientific project will align to the strategy of the SEISAD/ICLEHS research project. SEISAD synthesis Electrochemistry Imaging and Analytical Systems for Diagnostics develops projects aimed at developing processes and tools for the early detection of pathological signals, using chemical and analytical methodologies. In particular, it will be dedicated to the development of methodology in MRI associated to the search, co development and evaluation of novel diagnostic and theranostic imaging agents, nanoparticles and biomaterials, in the field of Health. This includes the co-design and characterization to the evaluation of new imaging probes or formulations, with a view to biomedical applications in preclinical pathologies of interest (cancer, ischemia, inflammation). Methodology in MRI imaging combined with optical imaging is also proposed, involving acquisitions revealing specific contrasts, processing and analysis of multiparametric images, in the MRI facility to handle.
The recruited individual will develop innovative and ambitious methodological skills in MRI bioimaging associated with chemical formulations for theranostics, to address cutting-edge questions in medicine and/or biology. Therefore, we expect both a high level of technical expertise in both bioimaging and chemical formulations and a commitment to health application. The research project conducted as part of this position will complement the present projects inside the SEISAD team.
Application deadline: september 15, 2025
Manipulateur(trice) en ElectroRadiologie Médicale
Missions
Sous la supervision de la Responsable des Activités Précliniques, vous aurez pour mission au sein des équipes précliniques et cliniques de :
- Collaborer à la conception et à la réalisation de protocoles d’imagerie dans le cadre de projets de recherche préclinique et clinique ;
- Participer aux études cliniques en IRM interventionnelle et diagnostique avec l’équipe des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg ;
- Veiller au respect des maintenances des équipements d’imagerie précliniques et à leur traçabilité dans un contexte réglementaire (BPL) ;
- Collaborer à la validation réglementaire des équipements d’imagerie préclinique et à la rédaction et mise à jour des modes opératoires associés ;
- Collaborer avec la responsable de blocs pour la préparation des salle opératoires précliniques, l’accompagnement des opérateurs, le nettoyage et le rangement des matériels et équipements.
- Collaborer avec le personnel zootechnique pour la gestion des animaux (modèle porcin) au cours d’une procédure (anesthésie, monitoring et surveillance per-opératoire, soins) ;
- Assurer les responsabilités de Personnel Compétent en Radioprotection (PCR) sur la plateforme préclinique
Formation :
- Diplômé(e) en radiologie médicale, ayant idéalement une première expérience avec le scanner, l’IRM ou les arceaux de radioscopie (robotisés ou non)
Vous êtes :
- Motivé(e) par le milieu de la recherche et de l’innovation médicale ;
- Attiré(e) par le travail en équipe et la diversité des missions ;
- Pro-actif(ve), autonome et rigoureux(se) ;
Vous disposez idéalement des compétences suivantes :
- Radiologie interventionnelle
- Utilisation du logiciel syngo.via (Siemens)
- Capacité à échanger en anglais dans un contexte professionnel
La formation suivante est un plus pour le poste :
- PCR
- Habilitation à l’expérimentation animale (niveau applicateur)
Si ce poste vous intéresse merci d’adresser votre candidature (CV et lettre de motivation obligatoire) à preclinic@ihu-strasbourg.eu
Ingénieur.e de recherche : application avancée de l’imagerie par résonance magnétique (IRM) à 3 et 7 Tesla pour l’étude du développement cérébral chez l’enfant-Neurospin, Hôpital Robert Debré APHP-CDD 2 ans renouvelable
Ce poste s’inscrit dans le cadre de l’Institut Hospitalier Universitaire (IHU) RobertDebré du Cerveau de l’Enfant (IRDCE) dont la thématique de recherche est le développement neuronal et cognitif de l’enfant, de la naissance au début de l’âge adulte (https://cerveau-enfant.org/). Le projet de l’IHU s’appuie en particulier sur l’imagerie par résonance magnétique à 3 et 7 Tesla, et sur un large spectre de modalités dont certaines classiquement utilisées (e.g., imagerie anatomique et morphologique, imagerie de diffusion, imagerie fonctionnelle de repos et de tâche) et d’autres à développer chez l’enfant (e.g, imagerie de relaxométrie, imagerie de perfusion, imagerie spectroscopique). L’ambition est de mettre en œuvre des techniques d’imagerie du cerveau innovantes et pertinentes vis-à-vis des questions scientifiques et des contraintes liées aux jeunes âges des sujets imagés.
Missions et responsabilités :
1. Contribuer à la translation chez l’enfant des innovations méthodologiques
en matière de séquences et modalités d’acquisition à travers :
- Une analyse des besoins spécifiques à l’imagerie du cerveau de l’enfant (e.g., vitesses d’acquisition, mouvements involontaires pendant l’acquisition, bruit acoustique, aspects de débit d’absorption spécifique DAS, ergonomie, adaptation des protocoles à l’âge et la maturité des tissus cérébraux chez le jeune enfant) et aux études en
cours d’élaboration à l’IRDCE
-La proposition de solutions d’imagerie adaptées aux besoins et aux contraintes liées à l’imagerie pédiatrique basées sur des développements en interne (ex : solution de transmission parallèle,
« compressed sensing », acquisition non-cartésienne, séquences « custom »), ou sur des partenariats de recherche (ex : correction de mouvement), ou commerciales
-Le test des séquences dédiées sur fantôme ou sur volontaires
-L’analyse de la qualité des données
-Le tout permettant une expertise en neuroimagerie pédiatrique
couvrant l’acquisition, la reconstruction et l’analyse des images
2. Contribuer à la production des données d’imagerie sur les plateformes 3T et 7T de l’IRDCE :
-Installer, paramétrer des séquences IRM sur les différentes plateformes (Siemens Healthineers 3T Cima.X & 7T Terra.X, et Philips 3T MR 7700)
-Maintenir ces séquences et les protocoles d’imagerie tout au long des études cliniques
-Harmoniser les protocoles d’imagerie entre les sites et assurer les transferts d’innovation inter-sites
3.Participer à la communication des résultats de la recherche (participation à la rédaction des publications scientifiques, participations en conférences)
4.Conduire une veille scientifique dans le domaine de la neuroimagerie pédiatrique
Thèse – Reconstruction 3D avancée des voies biliaires et du foie pour l’amélioration de la cholangiopancréatographie rétrograde par voie endoscopique (CPRE)
Contexte
La cholangiopancréatographie rétrograde par voie endoscopique (CPRE) est un geste d'endoscopie digestive permettant d'intervenir au niveau des voies biliaires et pancréatiques pour traiter la maladie lithiasique (2 à 4% de la population touchée au cours de sa vie) et les néoplasies bilio-pancréatiques (2000 nouveaux cas de cancer des voies biliaires et 14000 nouveaux cas de cancer du pancréas par an en France). Ce geste invasif de CPRE est techniquement complexe car il nécessite deux étapes distinctes qui peuvent potentiellement chacune échouer. La première est l'accès, par les voies digestives jusqu'au duodénum, à la papille majeure en utilisant un endoscope à vision latérale appelé duodénoscope. La seconde, appelée cannulation, consiste à pénétrer, via cette papille majeure, dans les voies biliaires à l'aide d'un cathéter fin, équipé de différents instruments pour effectuer l’intervention proprement dite. Ce double accès endoluminal, pratiquement unique dans toutes les spécialités médicales, entraîne, de par sa technicité, environ 2% d'échec de la procédure et 20% de gestes complexes source de 4 à 9% de complications qui peuvent être graves pour le patient.
Objectif
Un programme de recherche soutenu par l’ANR (projet MAAGIE) est en cours entre l'hôpital Saint-Antoine et l’hôpital Mondor de l’AP-HP, l'Institut des systèmes intelligents et de robotique (ISIR), le laboratoire d’informatique de Paris (LIP6) et le laboratoire de biomécanique et bio ingénierie (BMBI) dont l'objectif principal est l'amélioration et la sécurisation globale de la CPRE en développant de nouveaux outils d'aide au pilotage et au guidage des instruments utilisés, de manière à diminuer les échecs et les complications de la CPRE au bénéfice du patient. La faisabilité de la reconstruction 3D des voies biliaires, du monitoring 3D peropératoire des voies bilio-pancréatiques, du tracking en temps-réel des instruments de CPRE et de la mise au point d'instruments actifs de nouvelle génération pour la CPRE a été démontré lors de 3 thèses de doctorat soutenues en 2024 [1, 2, 3].
Concernant plus précisément la reconstruction 3D des voies biliaires, un modèle d’apprentissage profond de type U-Net, utilisant une base de données de cholangio-IRM (séquence IRM spécifique permettant de visualiser la bile en hypersignal) a été mis au point et a donné de bons résultats dans de nombreux cas pathologiques, mais reste limité lors de cholangiocarcinome du hile hépatique. En effet, lorsque les voies biliaires sont obstruées, le signal de la bile disparait des cholangio -IRM et il devient très difficile de localiser leurs parois et de proposer une reconstruction 3D réaliste. D'autre part, une première étude de segmentation du foie à partir d’images tomodensitométriques (CT) ainsi qu’un étiquetage des différentes voies biliaires a été proposé dans le but d’évaluer le volume de foie drainé par chaque voie. Cependant cette labélisation automatique est un réel défi car, dans de
nombreux cas pathologiques, cet arbre biliaire est déformé (avec notamment des secteurs très dilatés) rendant son interprétation difficile. Enfin, l’endoscopiste doit avoir à disposition, un outil logiciel ergonomique, automatisé et répondant aux exigences réglementaires, afin de pouvoir facilement en faire usage en pratique clinique.
Descriptif :
Il s'agit donc, dans cette nouvelle thèse, de perfectionner la reconstruction 3D des voies biliaires et celle du foie en vue de son exploitation clinique, en suivant trois pistes d’investigation :
1. Intégrer des connaissances a priori des voies biliaires (propriétés géométriques, et anatomiques) dans les contraintes d’apprentissage du modèle U-Net, afin de prendre en compte les caractéristiques topologiques de l’arbre biliaire
2. Étudier le potentiel d’une fusion de données avec d'autres séquences d'IRM ou d'autres modalités d'imagerie, comme les examens CT disponibles pour chaque patient, pour compléter la localisation des parois des voies biliaires et leur connexion au foie dans toutes les situations cliniques que le médecin peut rencontrer, notamment dans le cas de cholangiocarcinome hilaire
3. Augmenter la base de données d’apprentissage afin de pouvoir passer à un modèle de réseaux de neurones en 3D, permettant alors d’exploiter la profondeur des séquences
Le but final est de proposer un outil ergonomique, interactif et conforme à la règlementation européenne pour un usage médical. L’exploitation clinique du modèle des voies biliaires comportera plusieurs volets :
- Les modèles numériques 3D obtenus profiteront à l’opérateur de CPRE en tant qu’outils d’assistance à la planification du geste : forme de l’arbre biliaire, localisation de la zone à traiter, évaluation du volume hépatique drainé en fonction de la voie biliaire identifiée, etc.
- Ils pourront être exploités comme environnement de réalité augmentée pour la localisation peropératoire (monitoring) et le suivi automatisé des instruments interventionnels de CPRE (tracking).
- Ils serviront de point de départ à la chaine numérique de réalisation de fantômes physiques imprimables en 3D pour l’entraînement et la mise au point de gestuelles particulières (cathéters actifs nouvelle génération).
Les étapes de la démarche scientifique adoptée permettront
• de faire l'état de l'art des méthodes de segmentation intégrant des connaissances a priori (numériques ou thématiques) dans les approches de segmentation d’images IRM/CT par deep learning
• de développer un outil logiciel complet selon les normes en vigueur (EN 62304 et EN 62366) en collaboration avec les utilisateurs cliniciens permettant la reconstruction 3D des voies biliaires et du foie
• d’évaluer l’impact de l’usage de cet outil par les cliniciens de l’hôpital Saint-Antoine et de l’hôpital H. Mondor sur leur pratique
Ce projet de thèse partant d’un besoin clinique clairement identifié et porté par des cliniciens est soutenu par l’ANR MAAGIE.
Profil du candidat recherché : Le candidat aura une formation poussée en traitement d'images, apprentissage profond, analyse de données, programmation et conception logicielle et aura une appétence certaine pour le génie biomédical, intégrant la pluridisciplinarité du domaine (besoin clinique, sécurité et qualité des soins, ingénierie d'aptitude à l'usage, innovation, etc.).
Direction de thèse et équipe projet :
L’encadrement de thèse sera assuré par
- Mme Marine Camus Duboc, professeur des Universités - praticien hospitalier dans le service d’endoscopie digestive de l’hôpital Saint-Antoine. Mme Camus Duboc apportera ses compétences
d'expert clinicien en CPRE à tous les stades de développement du logiciel depuis la phase de spécification jusqu’à l’étape de validation. Le Dr Camus Duboc pratique la CPRE quotidiennement, son expertise clinique est reconnue. Elle a de nombreuses publications scientifiques liées à l’endoscopie digestive notamment sur les techniques interventionnelles bilio-pancréatiques, sur la recherche translationnelle appliquée à l’endoscopie et sur l’intérêt d’outils innovants adaptés à la CPRE.
- Mme Isabelle Claude, maitre de conférences HC, spécialiste du traitement d'images médicales dans l’équipe Interactions Fluides/Structures Biologiques de BMBI qui a déjà participé à l’encadrement de travaux de thèse et de stage-ingénieur à l’interface clinique/ingénierie visant à la reconstruction 3D de vaisseaux sanguins à partir d’images médicales (Fistule artérioveineuse en dialyse, stenting d’anévrysmes cérébraux) et à l’utilisation de modèle de réseaux de neurones en traitement d’images (caractéristiques de textures par réseaux de neurones, reconstruction 3D de voies biliaires).
A l’UTC, l’équipe comprendra également M. Imad Rida (MCF), spécialiste en machine learning et data mining, M. Jérémy Laforêt (IR), spécialiste du développement logiciel et M. Jean-Matthieu Prot, (ECC) spécialiste des affaires réglementaires des dispositifs médicaux.
Publications en rapport avec le projet :
[1] Aymeric Becq, Jérôme Szewczyk, Grégoire Salin, Marion Chartier, Ulriikka Chaput, Romain Leenhardt, Xavier Dray, Lionel Arrive, Marine Camus, ERCP 2.0: Biliary 3D-reconstruction in patients with malignant hilar stricture, Clinics and Research in Hepatology and Gastroenterology, Volume 47, Issue 7, 2023, 102172, ISSN 2210-7401, https://doi.org/10.1016/j.clinre.2023.102172
[2] Abdelhadi Essamlali, Vincent Millot-Maysounabe, Marion Chartier, Grégoire Salin, Aymeric Becq, et al. Bile Duct Segmentation Methods Under 3D Slicer Applied to ERCP: Advantages and Disadvantages. International Journal of Biomedical Engineering and Clinical Science, 2023, 9 (4), pp.66-74. ⟨10.11648/j.ijbecs.20230904.11⟩
[3] Garance Martin, Saad El-Madafri, Aymeric Becq, Jérôme Szewczyk, Isabelle Bloch. Instruments Segmentation in X-ray Fluoroscopic Images for Endoscopic Retrograde Cholangio Pancreatography. Studies in Health Technology and Informatics, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, 294, pp.133-134. ⟨10.3233/shti220416⟩
CDD-Ingenieur-TraitementImages-Bx
Contexte :
L’ingénieur en traitement d’images médicales sera intégré à l’axe de Recherche « Neurosciences » du CHU de Bordeaux sur le site du Groupe Hospitalier Pellegrin. Cet axe de Recherche défini comme prioritaire développe des recherches de pointe dans le domaine de la pathologie vasculaire cérébrale, des atteintes inflammatoires type sclérose en plaques, des démences, de la maladie de Parkinson et de l’épilepsie. L’ingénieur sera en interaction avec les équipes de recherche du CHU et les équipes de recherche en imagerie médicale de l’institut de Bio-imagerie, Université de Bordeaux.
Mission générale :
Il aura pour mission d'accompagner les équipes médicales (neurologues, neuroradiologues) et les équipes de recherche en participant activement aux analyses des imageries médicales, principalement IRM, sur des projets de recherche. Il sera en interaction avec les équipes médicales qui présenteront les problématiques de recherche. L’ingénieur devra savoir proposer des méthodes d’analyses d’images permettant de répondre aux problématiques scientifiques à travers une analyse de la littérature et la mise en œuvre des solutions déjà existantes. Il pourra aussi réfléchir à des solutions innovantes en interaction avec les chercheurs en imagerie médicale. Il devra pouvoir faire un rendu clair des analyses auprès des équipes.
Le présent poste fait l’objet d’un CDD d’1 an, renouvelable 3 fois, à temps plein.
Activités générales de l’ingénieur de recherche hospitalier :
- Définition de la conception technique et des spécifications détaillées d’un projet
- Elaboration de la définition et la faisabilité des projets avec les demandeurs
- Elaboration et proposition des modifications en cours de projet (objectifs, qualité, coûts, délais…) liées à des contraintes d’étude ou de réalisation
- Elaboration et rédaction de rapport d’activité
- Elaboration, mise en place et exploitation de tableaux de bord spécifiques au domaine d’activité
- Réalisation d’études et de travaux de recherche dans son domaine
- Réalisation d’outils et/ou de méthodes spécifiques à son domaine d’activité
- Réalisation ou supervision et contrôle du déroulement du projet
- Recherche de moyens financiers, humains, logistiques pour la mise en œuvre des projets
- Recueil / collecte de données ou informations spécifiques à son domaine d’activité
- Veille spécifique à son domaine d’activité
Missions spécifiques/Particularités du poste
- Recherche et extraction de données depuis l’Entrepôt de Données de Santé du CHU de Bordeaux en lien avec les équipes d’informatique médicale et les équipes de Recherche du Pôle Imagerie Médicale.
- S’assurer du respect du cadre réglementaire (aspects contractuels, consentement/non-opposition, pseudonymisation…) en lien avec l’inclusion des patients, l’exploitation de leurs données et l’utilisation secondaire des données le cas échéant.
- Structuration de bases de données propres à la Recherche incluant des données d’imagerie médicale et des données cliniques.
- Installation et mise en œuvre de solution de post-traitements d’images de type normalisation, recalage, délimitation automatique de lésions focales, parcellisation, volumétrie, analyses de connectivité anatomique et fonctionnelle, corrélation radio-clinique à l’échelle de l’image.
- Mise en œuvre des analyses au travers d’environnements de calcul intensif, calcul distribué, clusters, … (dont outils de gestion des priorités).
- Communication des résultats auprès des équipes investigatrices.
- Rédaction des méthodes utilisées pour la valorisation des résultats.
- Participation à des demandes de financements via la rédaction des méthodes d’analyses envisagées.
- Intervenir lors des colloques, congrès, etc… de Neurosciences et/ou Neuroimagerie
- Construire et/ou renforcer les collaborations entre les spécialistes des disciplines cliniques et les chercheurs et ingénieurs des laboratoires / équipes de recherche locales et régionales, partenaires de projets (Unités Inserm, CNRS, réseaux), ainsi que les partenaires industriels
- Des connaissances en Machine Learning seront un atout.
Toutes les infos : https://chu-bordeaux.softy.pro/offre/150645