Offres d'emploi

Date de l'annonce : jeudi 3 octobre 2019

Intitulé du poste : 2019/10/03 – Ingénieur  en  analyse  de  données  cliniques  (Data  science  engineer)   à  Neurospin  (CEA­‐Saclay)  

Type de structure : NeuroSpin est  un  centre  international  de  recherche  en  imagerie  cérébrale  situé  sur  le  campus   de  l'Université  Paris-­‐Saclay   (http://joliot.cea.fr/drf/joliot/Pages/Entites_de_recherche/NeuroSpin.aspx). L'objectif  de NeuroSpin est  de  repousser  les  limites  actuelles  de  l'imagerie  cérébrale  par   IRM/SRM  à  ultra-­‐haut  champ  (UHF),  et  de  l’imagerie  MEG/EEG  afin  d’élucider  la  structure  et  le   fonctionnement  du  cerveau  sain  et malade,  à  tous  les  âges.    
Regroupant  les  forces  de  multiples  institutions  dont  le  CEA,  l'Inserm,  l'INRIA  et  le  CNRS,   NeuroSpin  est  dirigé  par  Stanislas  Dehaene,  Membre  de  l'Académie  des  Sciences.  Il  rassemble   180  chercheurs  dans  trois domaines  principaux  :  Recherche  en  IRM  et  neuro-­‐informatique (UNIRS,  C  Poupon,  UNATI,  Jean-­‐François  Mangin,  et  PARIETAL,  B  Thirion),  neuroimagerie   cognitive  (UNICOG,  Stanislas  Dehaene)  et  imagerie  clinique  et translationnelle  (UNIACT,   Lucie  Hertz-­‐Pannier).
NeuroSpin  est  équipé  de  deux  IRM  corps  entier  3T  et  7T  de  pointe  et  de  3  IRM  précliniques  à  7T,   11,7T  et  17T.  Un  système  11.7T  corps  entier,  première  mondiale,  est  en  cours  d'installation.  Des   systèmes  MEG à  306  canaux,  EEG  à  256  canaux  sont  également  disponibles.  Une  installation   clinique  permet  de  mener  des  protocoles  de  recherche  avec  des  volontaires  humains  de  tous   âges  (patients  et  témoins  sains),  avec  8 lits  de  jour,  des  salles  d'examen,  une  installation  de  soins   infirmiers,  un  faux  scanner.   Une  installation  préclinique  (rongeurs  et  primates),  et   des   plateformes  pour  l'électronique,  la  mécanique,  la  chimie, l'histologie et  la  culture  cellulaire,   complètent  l’installation.
Les  équipes  de  NeuroSpin  développent  des  outils  logiciels  avancés  pour  le  traitement  d'images   structurelles  (BrainVisa),  l'analyse  de  données  fonctionnelles   (Nipy,  Nilearn),  l'imagerie  de   diffusion  (Connectomist), l'analyse  M/EEG  (MNE).  Un  système  d'archivage  de  données  de  150   téraoctets,  un  grand  cluster  informatique  local  et  l'accès  au  nouveau  supercalculateur  du  CEA   sont  disponibles.  L'environnement  de  Neurospin bénéficie  enfin  du  nouveau  bâtiment  NeuroPSI, dédié  aux  neurosciences  fondamentales  inauguré  en  2019.    

Contexte et mission : NeuroSpin cherche  à  renforcer  son  engagement  en   recherche  clinique  en   recrutant  un   Ingénieur.e  de  support  à  l’analyse  de  données  (Data  science  engineer),  à  l’interface  entre  les   équipes  méthodologiques  et  les cliniciens-­‐chercheurs  pour  la  mise  au  point  d’analyses  dédiées   aux  projets  en  neurologie  adulte,  psychiatrie,  et  pathologies  du  développement  cérébral.
Les  équipes  méthodologiques  de  NeuroSpin  sont  à  l’origine du  développement  de  plateformes   de  très  haut  niveau  d’analyse  d’images   cérébrales   anatomiques,  micro-­‐structurelles,   fonctionnelles  et  de  connectivité, pour  la  recherche  en  méthodologie  et  en  neurosciences   cognitives  de  populations  adultes  à  cerveau  ‘normal’  (sujets  sains,  psychiatrie,  etc..).   Cependant,  les  problématiques  de  recherche  clinique,  chez  l’adulte comme  chez  l’enfant,   nécessitent  des  adaptations méthodologiques  plus  ou  moins  complexes  et  l’utilisation  d’outils   multiples  pour  prendre  en  compte  les  atypies  ou  anomalies  de  forme  et/ou  de  signal  des   cerveaux  étudiés   (lésions  cérébrales   -­‐   atrophies,  ou  tumeurs,  anomalies  de  signal,  et   modifications  liées  à  l’immaturité  cérébrale  chez  l’enfant),  les  échantillons  de  petite  taille,  les   données  de  qualité  sous optimale  (mouvements),  les  données  manquantes  (non  coopération   des  sujets  par  ex).
Le  poste  d’ingénieur.e  d’interface  clinique  ,  en  CDI,  a  pour  objectif  de  contribuer  au  transfert  en   recherche  clinique  chez  l’adulte  et  l’enfant  de  méthodes  d’analyse  d’images  cérébrales  à  l’état   de  l’art,  qu’elles soient  développées  à  NeuroSpin  ou  dans  d’autres  centres:  morphométrie,   connectivité  structurelle  et  cyto-­‐architectonie  (diffusion),  IRM   fonctionnelle,  connectivité fonctionnelle,  statistiques  adaptées,  ...   L’ingénieur.e, au  contact  direct  avec  les  cliniciens-­‐chercheurs  au  sein  de  UNIACT,  agira  en  interaction  étroite  avec  les  équipes  méthodologiques  dans  le  cadre  de  la  cellule  transversale  de   support  méthodologique  afin  de faciliter les  interactions  entre  équipes  et  d’enrichir  le  support  à   l’analyse  d’images  (mise  à  disposition,  documentation,  mise  à  jour,  adaptation  éventuelle,  aide   à  la  prise  en  main…  des  outils  méthodologiques  sélectionnés).

Lieu : Ile de France (Neurospin CEA Saclay)

Rémunération :

Diplômes requis : Diplôme d’ingénieur (ou équivalent)

Compétences requises : Expérience  en  analyse  d’images  cérébrales,  traitement  du  signal.     Intérêt  pour  les  problématiques  de  santé  (maladies  neurologiques,  psychiatriques,  handicap,   troubles  du  neurodéveloppement)   Connaissances  des  langages  informatiques  (Python,  R,  Matlab   ...),  des  outils  d’intégration   continue  (GitHub,  Azur,  ...)   Aisance  en  anglais  oral  et  écrit.   Bonne  capacité  à  interagir  avec  les  équipes  de  méthodologie,  et  à  traduire  les  demandes   cliniques  en  outils.     Autonomie  et  goût  pour  le  travail  en  équipe.   Une  connaissance  des  problématiques  abordées  en  neurosciences  serait  un  plus.     Une  thèse  de  sciences  dans  le  domaine  serait  appréciée.  

Contact : Les  candidatures (CV complet et lettre de motivation)  doivent  être  adressées (date limite 28 octobre 2019) à : Maryline  HEVIN   (UNIACT,  Neurospin CEA  Saclay) Maryline.hevin@cea.fr     +33  1  69  08  74  83.  Les  candidats  présélectionnés  seront  invités  à  présenter  leurs  projets  à  NeuroSpin  en  novembre   2019.  

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