Emploi

Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.

Liste des annonces

2016/08/31 PhD student in protease imaging by Dynamic Nuclear Polarization, Bordeaux

TITLE : In vivo proteolysis mapping using Overhauser-enhanced MRI

Proteases, tightly regulated under physiological conditions, become overexpressed in several situations. Any non-invasive tools are welcome to understand such processes in vivio, both for their fundamental features and for diagnosis of related diseases.
The project deals with molecular imaging and is at the crossroad of developmental physics, biochemistry and medicine. The work to be performed is two-fold. First, DNP-NMR (Magnetic Resonance enhanced by Dynamic Polarization) developments are still needed to enhance imaging performance (image quality and acquisition time). MRI sequence developments in acquisition and reconstruction are expected. Second, new DNP-MRI-visible nitroxide probes (developed in collaboration) shall be evaluated for their targeting of certain proteases that can occur in various diseases (cancer, inflammation). The goal is then to target in vivo abnormal proteolysis through DNP-MRI.

2016/08/19 Ingénieur en imagerie, Lyon

Définition générale de la fonction
• Définition des orientations stratégiques en recherche technologique avec le praticien responsable du pôle puis mise en œuvre
• Assurer un soutien technique des équipes para médicales et médicales du PAM dans le cadre des projets de recherche
• Assurer l’interface scientifique auprès des différents constructeurs d’imagerie
• Assurer la formation continue technologique des équipes paramédicales et médicales
• Assurer une veille technologique
• Elaboration de tableaux de bord et d’outils de management techniques
• L’Ingénieur en Imagerie bénéficiera des compétences et de l’expertise des médecins radiologues et nucléaires du Pôle d’Activité Imagerie

Principales activités du poste
• Contribution directe aux projets de recherche en cours
• Participer à la conception des études, à la rédaction du protocole avec les investigateurs et les Attachées de Recherche Clinique et à l’acquisition et analyse d’images
• Participer à la rédaction d’articles scientifiques et à l’encadrement des étudiants en thèse de médecine
• Développement de nouveaux projets dans les thématiques d’intérêt du PAM Imagerie
• Aider les médecins et les Attachées de recherche Clinique du PAM Imagerie à la mise en place des essais cliniques et assurera le suivi et la qualité scientifique et technique des projets de recherche clinique
• Aider à la conception des cahiers d’observation
• Organiser les réunions de travail et préparer les documents nécessaires à ces réunions

2016/08/19 Ingénieur développeur en Neuroimagerie Fonctionelle

L’IRM fonctionnelle (IRMf) permet d’explorer le fonctionnement cérébral en détectant les réseaux neuronaux sollicités dans différentes conditions expérimentales, sensorielles ou cognitives. L'analyse classique des données d'IRMf d'activation repose sur un modèle de régression, où le signal BOLD (Blood Oxygen Level Dependent) acquis dans chaque voxel est décomposé en une composante stimulus-induite (signal d'intérêt) et du bruit. Le signal d'intérêt est construit à partir de deux éléments : D'une part, il est défini à partir du paradigme expérimental au cours duquel les stimuli sensoriels ou cognitifs sont délivrés à intervalles de temps relativement réguliers, induisant chez le participant des activations cérébrales spécifiques. D'autre part, ce signal s'appuie sur un modèle canonique du couplage neurovasculaire, c'est-à-dire d'une forme de réponse impulsionnelle pour ce système qu'on appelle la fonction de réponse hémodynamique (FRH). La plupart des logiciels d'analyse des données en IRMf (SPM, FSL, AFNI) considèrent cette FRH comme constante dans tout le cerveau et identique pour tous les individus alors que de nombreux travaux dans la littérature (cf par exemple [1]) ont montré sa variabilité à travers les régions cérébrales (région motrice et frontales plus lentes que les régions sensorielles) et les classes d'âge, pour ne citer que les résultats chez le sujet sain. Lorsque la FRH du sujet examiné diffère de la canonique, ce qui est le cas pour certains patients, il en résulte une sous-estimation de l’amplitude de réponse, donc un risque de faux résultats négatifs. Cela constitue un frein à la pénétration de l'IRMf comme outil d'investigation en clinique.

Le logiciel PyHRF [2], écrit en langage Python, implémente une approche de détection-estimation conjointe (DEC) de l'activité cérébrale [3-5], où la détection des activations corticales est réalisée conjointement à l’estimation de la FRH inconnue, en analysant les données non lissées spatialement. Cette détection-estimation est réalisée dans différentes parcelles d'intérêt pavant le volume cérébral. Cette approche permet ainsi de dépasser la limite soulignée préalablement qui existe dans les logiciels concurrents.

Récemment les fonctionnalités du logiciel PyHRF ont été étendues pour le rendre déployable et utilisable par des non-spécialistes, notamment en clinique. Très concrètement, le logiciel permet de naviguer dans le cerveau, et notamment dans les régions sollicitées au cours de l'expérience, afin de visualiser les activations et leur décours temporel au travers du profil de FRH estimé. Des tests préliminaires ont été réalisés sur des données cliniques.

Sous la direction des responsables scientifiques du projet et en collaboration avec des neuroradiologues du GIN (Grenoble Institut des Neurosciences), il s’agira de :
- Poursuivre l’évaluation du logiciel et d’y apporter les modifications nécessaires ;
Implémenter une interface homme-machine pour faciliter l’utilisation ;
- Intégrer l’outil dans la chaîne de production de rapports d’expertise (reporting automatique pour intégration dans la routine hospitalière) par exemple au format HTML ;
- Participer a la mise en place d’expériences cliniques supplémentaires.

Le poste offrira :
- L’opportunité de travailler dans un un projet multi-partenaires riche en échange entre des équipes leaders dans leur domaine de recherche en imagerie cérébrale et traitement d’images ;
- L’opportunité de travailler dans un environnement interdisciplinaire, à l’interface entre le monde de la santé, l'imagerie médicale et le traitement d'images
- L’opportunité de travailler dans un environnement couplant des dispositifs diagnostiques cliniques (scanner IRM) et des objectifs opérationnels motivants (amélioration du logiciel pour un projet clinique innovant sur l’accident vasculaire cérébral).

Date de prise de fonction : dès que possible et au plus tard octobre 2016
Durée : 12 mois

Pour être éligible, le dossier de candidature devra comporter :
- Une lettre de motivation pour le poste, détaillée et personnalisée ;
- Un CV complet intégrant l’expérience du candidat ainsi que ses formations académiques ;
- Des lettres de recommandation ou des noms et coordonnées de personnes pouvant apporter leur soutien au candidat.

2016/07/12 Ingénieur en traitement d’image, Bordeaux

Le candidat aura pour rôle le développement d’outils de traitement d’images et leur automatisation en se basant sur les travaux réalisés par les équipes de recherche du site spécialisées dans ce domaine.
Son travail devra permettre à l’ensemble de la communauté en Imagerie Biomédicale d’utiliser de manière simple les nouvelles méthodes de traitement d’images et les appliquer sur un grand nombre d’examens. Les outils qu’il développera seront essentiellement utilisés pour la Neuro-Imagerie chez l’homme et le traitement des images anatomiques, de diffusion et d’IRM fonctionnelle de repos et d’activation.
Le développement d’outils plus spécifiques à l’imagerie pré-clinique (segmentation en imagerie cardiaque, IRMf chez le petit animal, …) pourra également être réalisé.

Le poste est ouvert à partir du 1er Septembre 2016 pour une durée de 1 an renouvelable.

2016/06/28 Permanent researcher position, BrainOmics, Neurospin, CEA

The recruited researcher will explore the role of genetics and environmental disturbances in the variability of rich phenotypes originating from imaging and/or medical, behavioral scores. In collaboration with neuroscientists and physicians, she/he will perform works to discover new biomarkers and markers/models for basic research in neurosciences (e.g. development, ageing). The research will be (not exclusively) performed on the neuroimaginggenetics cohorts being built at NeuroSpin (IMAGEN, EU-AIMS, Senior, ...) for studies in neuroscience, neurodegenerative diseases, psychiatry, oncology (radiomics) or preclinical studies.

Essential Skills and Qualifications

· Ph.D. in applied mathematics, bioinformatics, image processing, biostatistics, machine learning, genetic epidemiology or related disciplines.
· Initial training or current position should bring knowledge in genetics, genetics epidemiology or genomics.
· Experience in applying and developing Machine Learning techniques in massive high-dimensional data. Any experience related to the use/development of biostatistics, machine learning, graphical models for association, heritability, integration studies between imaging phenotypes and genetic, epigenetic and gene expression measures.
· Experience in scientific programming ideally in Python. Experience with domain frameworks in Biostatistics (R/Bioconductor, Galaxy) Neuroimaging (Nipype, SPM, FSL, BrainVisa), Machine Learning (Scikit-learn).
· Good communication skills to work in a multi-professional team. Interest and knowledge in neuroimaging, neuroinformatics and bioinformatics will be appreciated. The candidate has a PhD and spent one or more PostDoc periods in scientific fields related with imaging-genetics. Ideally, she/he published several papers as a first author, and built a professional network in related scientific fields.

The position is very interdisciplinary, and proficiency in each domain is not expected. Therefore, candidates demonstrating skills in one or two domains and a motivated interest in innovative and interdisciplinary approaches are welcome.

Starting time: end of year 2016
Expected answers before end of July 2016
Interviews of the applicants in September 2016.

http://tinyurl.com/NS-ImagingGenetics

2016/06/23 Post-doctoral position in 3D imaging, Lyon

A Postdoctoral position is available for a highly motivated Scientist to join an ongoing research program focused on three dimensional micro-imaging of bone tissue. The position is available in the team “Tomographic Imaging and Therapy” of the CREATIS laboratory specialized in multi-modality Medical Imaging.

Research project:
The team is working with the ESRF (European Synchrotron Radiation Facility) in Grenoble, to develop new imaging methods based on Synchrotron Radiation micro and nano Tomography (SR micro and nano-CT) to characterizing bone tissue.

The medical context of this work is the understanding of bone fragility in disease such as osteoporosis. In the past, extensive work has been devoted to the characterization of the trabecular and cortical bone micro-structure. However, at the cellular scale, the osteocyte system which plays a fundamental role in bone mechano-transduction has received less attention.
To quantify bone tissue at this scale, we use a new state-of-the-art technique developed at the ESRF: synchrotron magnified X-ray phase nano-CT which provides 3D images at spatial resolution up to 30nm.

The goal of the proposed work is to develop 3D image analysis methods to quantify structures at this scale, including the bone cell network and collagen fiber (in particular their 3D orientation).
The work requires methodological developments regarding data acquisition and 3D image analysis (image segmentation and image quantification) with the constraint to process very large data sets (>32 GB/image).

This project will be held in a multidisciplinary and international environment. It is done within the context of the ANR MULTIPS project including 5 research partners in complementary fields: physics, ultrasound imaging, biomechanics, bone research and image analysis.

Date : Sept 2016 – Dec 2017

AI CNRS « développement d’applications informatiques » au CENIR, Paris (EPR)

Mission :
Dans le cadre du fonctionnement du Centre de Neuro-Imagerie de Recherche (CENIR), plateforme de neuro-imagerie multi-modalités (IRM, MEG, EEG, TMS, Marche) de L'Institut du Cerveau et la Moelle Epinière (ICM), l'assistant-ingénieur(e) a pour mission, de développer :
- des outils informatiques fondamentaux (gestion des plannings, système centralisé de gestion de fiches d'informations sur les protocoles, bases de données connectées aux équipements, permettant un suivi de l'activité et de la facturation en relation avec les services administratifs de l'ICM)
- des outils de reporting.

Il/elle est amené(e) à interagir avec l'ensemble du personnel du CENIR, et avec les fonctions supports de l'ICM.

Activités :

Activités principales
- Prendre en main et assurer un état des lieux des applications logicielles existantes au CENIR : outil de planning, système centralisé des fiches d'informations sur les protocoles, bases de données connectées aux équipements, outils de reporting.
- Participer à l'établissement du cahier des charges d'évolution des applications en contact étroit avec les ingénieurs de la plateforme.
- Assurer la programmation et les tests des nouvelles fonctionnalités
- Prendre en charge, tout ou partie, de la mise en oeuvre opérationnelle et le déploiement de l'application auprès du personnel de la plateforme et des fonctions support
- Rédiger des documentations techniques pour les modules développés

Activités associées
- Maintenir les logiciels, diagnostiquer et corriger les dysfonctionnements
- Assurer l'assistance technique auprès des utilisateurs et les former pour la mise en oeuvre

Profil complet : http://web-rh.dsi.cnrs.fr/profilprd/PG_PROFIL_PUBLIC_REFERENS.pAfficheProfilPublic?destination=EPR2016&hidIdConcours=22611
Conditions EPR : https://www.dgdr.cnrs.fr/drhita/concoursita/epr/savoir-epr.htm

La campagne de recrutement sera close le 30 juin 2016.

2016/06/01 Chercheur en imagerie, Philips, Lyon

Principales responsabilités

En tant que Chercheur aux Hospices Civils de Lyon, vous collaborez avec les équipes pré-cliniques et cliniques présentes sur site ainsi que les équipes Philips afin de définir les idées à développer ainsi que la durée des projets, et d’évaluer les prototypes attendus.
Vous créez et implémentez un plan de recherche en cohérence avec les initiatives du CRB (Clinical Research Board), des équipes Imaging Systems et IT, tout en vous appuyant sur les ressources du site.
Vous supervisez la rédaction des rapports techniques, des publications dans les revues scientifiques et vous préparez les demandes de subventions de recherche auprès de la Commission Européenne.
En tant que coordinateur/rice des travaux entre Philips et le site clinique, vous agissez comme point de contact unique pour les HCL et Philips dans le cadre du Research Agreement GOPI.


Votre équipe

Le chercheur GOPI rapporte au Directeur du CRB Europe, une organisation cross-business globale au sein de Philips qui apporte un support et une expertise scientifiques aux projets de recherches de Philips.


Notre offre

Le poste offre une liberté d’initiative importante concernant les projets de recherche, ainsi que pour les publications et le développement de la réputation scientifique de Philips. Vous intégrerez une équipe multidisciplinaire et multi-sites, et vous aurez l’opportunité de d’interagir avec une grande variété de fonctions au sein de Philips (Legal, propriété intellectuelle, Philips Research) ainsi qu’avec un large réseau de spécialistes et de chercheurs sur site.

2016/08/26 Post-doctoral position in pre-clinical ultrasound and optical imaging, Paris

Our team in involved in the H2020 European Project Folsmart ( http://cordis.europa.eu/project/rcn/200186_en.html ) dedicated to the treatment of rheumatoid arthritis using a new strategy targeting folate receptors with a liposome-based nanovector. We are in charge of the pre-clinical evaluation of this nanovector and the investigation of its mechanism of action in mice. We will use in vivo imaging techniques to address these questions, including high resolution ultrasound, opto-acoustics (also called photoacoustics), in vivo bi-photon imaging and ultra-fast ultrasound imaging.

We offer a 2-year post-doctoral position to implement these tools in order to characterize and provide early assessment of the therapy in preclinical models of rheumatoid arthritis. Date of Employment should be between 17th October and the end of December 2016.

References:
Enhancing Methotrexate Tolerance with Folate Tagged Liposomes in Arthritic Mice. Nogueira E, Lager F, Le Roux D, Nogueira P, Freitas J, Charvet C, Renault G, Loureiro A, Almeida CR, Ohradanova-Repic A, Machacek C, Bernardes GJ, Moreira A, Stockinger H, Burnet M, Carmo AM, Gomes AC, Preto A, Bismuth G, Cavaco-Paulo A. J Biomed Nanotechnol. 2015 Dec;11(12):2243-52.
Ultrasound and Doppler micro-imaging in a model of rheumatoid arthritis in mice. Clavel G, Marchiol-Fournigault C, Renault G, Boissier MC, Fradelizi D, Bessis N. Ann Rheum Dis. 2008 Dec;67(12):1765-72.
Single-side access, isotropic resolution, and multispectral three-dimensional photoacoustic imaging with rotate-translate scanning of ultrasonic detector array. Gateau, J., Gesnik, M., Chassot, J.-M., & Bossy, E. (2015). Journal of Biomedical Optics, 20(5), 056004.

2016/04/26 Post-doctoral position in quantitative hepato-pancreatic MR imaging, Paris

The position involves the development, implementation and validation of MR acquisition and post-processing methods to obtain imaging biomarkers of chronic diseases and tumors in the liver and pancreas. Quantitative imaging studies will be performed in phantoms, liver and pancreatic tissue, small animals, and patients. The MR methods include perfusion and diffusion imaging, chemical shift encoded imaging, quantitative susceptibility mapping and MR elastography Advanced image analysis and data integration are part of our ongoing translational research program on quantitative MR imaging of liver and abdominal diseases.

The main purpose of our research team is the development of new imaging biomarkers in inflammation, fibrosis and cancer. Our translational research team is composed of medical doctors, researchers and engineers. The imaging research team is one of the 13 research teams of the Center of Research on Inflammation in Paris. It is part of the French National Institute for Medical Research (INSERM), the University of Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité and is affiliated to the University Department of Gastroenterology and Hepatology (DHU Unity), as well as the French infrastructure for Imaging Research “France Life Imaging”.

The post-doctoral position has a 12-month initial employment basis, and may be renewable.

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