Journée de colloque : Utilisation des IA génératives comme appui à la programmation et au scripting pour la biologie

L’intelligence artificielle générative s’intègre de plus en plus aux pratiques de programmation scientifique, en particulier en bioinformatique. Ce colloque vise à rassembler des expériences, des outils et des perspectives sur l’utilisation de l’IA générative (telle que ChatGPT, Copilot, Devin, etc.) pour le développement de scripts et de logiciels pour la biologie.

La matinée sera consacrée à des présentations introductives et une table ronde où développeures, chercheurs, enseignants et  formateurs partageront leurs retours d’expérience concrets (prompting, code généré, réussites et limites).

L’après-midi sera dédiée à des ateliers pratiques encadrés, permettant aux participants de tester collectivement la pertinence et les limites des IA génératives pour les assister dans divers cas d’usage scientifique (chargement de données, parsing, analyse de séquences, visualisation…), en R ou en Python.

Les ateliers pratiques de l’après-midi sont limités à 50 participants. En cas de forte affluence, une sélection des candidatures pourra être effectuée afin de garantir des conditions d’apprentissage optimales. Cette sélection prendra en compte les projets et les attentes des candidats. Il est donc essentiel de répondre avec précision à l’ensemble des questions du formulaire si vous souhaitez être pris·e  en considération pour participer aux ateliers pratiques de l’après-midi.

Le symposium est co-organisé par le réseau MERIT, l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et l’Université Paris Cité (iPOP-UP), et aura lieu sur le campus des Grands Moulins, 5, rue Thomas Mann, 75013 Paris.

Inscription : https://iabioscripting.sciencesconf.org/registration?lang=fr

Programme

Heures	Evénement
08:30 – 09:00	Accueil des participants
09:00 – 10:30	Introduction et enjeux de l’utilisation des IA génératives dans les pratiques bioinformatiques (Amphitheatre A1 – Hall aux Farines) – Modéré par B. Cosson & J. van Helden
09:00 – 09:30	Evolution des outils IA pour le scripting et le codage, et perspectives. – David Janiszek
09:30 – 10:00	Utilisation de grands modèles de langage génomique – Guillaume Gautreau
10:00 – 10:30	Utilisation d’IA générative dans un processus pédagogique – Pierre Poulain
10:30 – 11:00	Pause café (Amphitheatre A1 – Hall aux Farines)
11:00 – 11:30	Retour d’utilisateur de Copilot : présentation de quelques cas, intérêt et limitations – Nicolas Sabouret
11:30 – 12:30	Retours d’expérience-Table ronde (Amphitheatre A1 – Hall aux Farines) – Modéré par J. van Helden & B. Cosson
11:30 – 11:40	Adaptation pédagogique d’un pipeline RNAseq par Devin (Amphitheatre A1 – Hall aux Farines) – Sandrine Caburet
11:40 – 11:50	Présentation de Pléïade (Amphitheatre A1 – Hall aux Farines) – David Janiszek
11:50 – 12:00	Accélérer sans déraper : maîtriser son code à l’ère de l’IA – Vincent Rawnez
12:30 – 14:00	Déjeuner (Amphitheatre A1 – Hall aux Farines)
14:00 – 15:30	Ateliers pratiques encadrés (salle info 273 + 281 +289 – Lamarck B) – I. Messak
15:30 – 16:00	Pause café (salle info 273 + 281 +289 – Lamarck B)
16:00 – 17:00	Ateliers pratiques encadrés (salle info 273 + 281 +289 – Lamarck B) – I. Messak
17:00 – 17:30	Discussion finale (salle info 273 + 281 +289 – Lamarck B) – Modéré par B.Cosson/J. van Helden
17:30 – 17:30	Fin de l’événement